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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8puv | |||||||||
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タイトル | Trimeric prM/E spike of Tick-borne encephalitis virus immature particle | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / immature particle / tick-borne / flavivirus / spike trimer | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | |||||||||
データ登録者 | Fuzik, T. / Plevka, P. / Smerdova, L. / Novacek, J. | |||||||||
資金援助 | チェコ, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: The structure of immature tick-borne encephalitis virus supports the collapse model of flavivirus maturation. 著者: Maria Anastasina / Tibor Füzik / Aušra Domanska / Lauri Ilmari Aurelius Pulkkinen / Lenka Šmerdová / Petra Pokorná Formanová / Petra Straková / Jiří Nováček / Daniel Růžek / ...著者: Maria Anastasina / Tibor Füzik / Aušra Domanska / Lauri Ilmari Aurelius Pulkkinen / Lenka Šmerdová / Petra Pokorná Formanová / Petra Straková / Jiří Nováček / Daniel Růžek / Pavel Plevka / Sarah Jane Butcher / 要旨: We present structures of three immature tick-borne encephalitis virus (TBEV) isolates. Our atomic models of the major viral components, the E and prM proteins, indicate that the pr domains of prM ...We present structures of three immature tick-borne encephalitis virus (TBEV) isolates. Our atomic models of the major viral components, the E and prM proteins, indicate that the pr domains of prM have a critical role in holding the heterohexameric prM3E3 spikes in a metastable conformation. Destabilization of the prM furin-sensitive loop at acidic pH facilitates its processing. The prM topology and domain assignment in TBEV is similar to the mosquito-borne Binjari virus, but is in contrast to other immature flavivirus models. These results support that prM cleavage, the collapse of E protein ectodomains onto the virion surface, the large movement of the membrane domains of both E and M, and the release of the pr fragment from the particle render the virus mature and infectious. Our work favors the collapse model of flavivirus maturation warranting further studies of immature flaviviruses to determine the sequence of events and mechanistic details driving flavivirus maturation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8puv.cif.gz | 312.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8puv.ent.gz | 250.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8puv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8puv_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8puv_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8puv_validation.xml.gz | 61.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8puv_validation.cif.gz | 91.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8puv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8puv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17947MC 8ppqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53572.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス) 株: Neudoerfl / 参照: UniProt: P14336 #2: タンパク質 | 分子量: 18076.670 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス) 株: Neudoerfl / 参照: UniProt: P14336 #3: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tick-borne encephalitis virus / タイプ: VIRUS 詳細: Immature particles produced using tissue cell cultures Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス) 株: Neudoerfl | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: immature particle / 直径: 600 nm | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: purified immature particles of Tick-borne encephalitis virus | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 280 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11246 詳細: collected in movie mode total 40 fractions per micrograph |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1639578 詳細: picked as sub-particles form original whole immature particle reconstruction | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 552993 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC 詳細: inital alhafol generated model was rigidbody fitted into map by Chimera, manually adjusted in Coot and realspace refined in Phenix | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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