PDB-8put: IF5A in complex with Deoxyhypusine synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8put

タイトル

IF5A in complex with Deoxyhypusine synthase

要素

Probable deoxyhypusine synthase
Translation initiation factor 5A

キーワード

TRANSLATION / Lysine modification / Hypusine / EIF5A

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyhypusine synthase / deoxyhypusine synthase activity / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / translational elongation / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / ribosome binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ennifar, E. / D'agostino, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of archaeal IF5A-DHS complex reveals insights into the hypusination mechanism.
著者: D'Agostino, M. / Simonetti, A. / Motta, S. / Wolff, P. / Romagnoli, A. / Piccinini, A. / Spinozzi, F. / Di Marino, D. / La Teana, A. / Ennifar, E.

履歴

登録	2023年7月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8put.cif.gz	717.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8put.ent.gz	601.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8put.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8put_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8put_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8put_validation.xml.gz	66.5 KB	表示
CIF形式データ	8put_validation.cif.gz	88.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8put ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8put	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable deoxyhypusine synthase

B: Probable deoxyhypusine synthase

C: Probable deoxyhypusine synthase

D: Probable deoxyhypusine synthase

E: Translation initiation factor 5A

F: Translation initiation factor 5A

G: Translation initiation factor 5A

H: Translation initiation factor 5A

ヘテロ分子

201 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable deoxyhypusine synthase

B: Probable deoxyhypusine synthase

E: Translation initiation factor 5A

F: Translation initiation factor 5A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Probable deoxyhypusine synthase

D: Probable deoxyhypusine synthase

G: Translation initiation factor 5A

H: Translation initiation factor 5A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.370, 136.757, 144.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Probable deoxyhypusine synthase / DHS 分子量: 35060.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性) 遺伝子: dys, M164_1240 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4KGY0, deoxyhypusine synthase
#2: タンパク質	Translation initiation factor 5A / Hypusine-containing protein / eIF-5A 分子量: 14511.851 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性) 遺伝子: eif5a, SSO0970 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97ZE8
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM sodium trihydrate acetate pH 8.0, PEG 3360 16%, complex 7mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.874→99.171 Å / Num. obs: 186552 / % possible obs: 48.2 % / 冗長度: 19.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.874→1.908 Å / Num. unique obs: 4501 / CC_1/2: 0.639

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→29.83 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2468	8519	5 %
R_work	0.1896	-	-
obs	0.1924	170330	57.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13910	0	197	150	14257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	14380
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.682	19427
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.116	1926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	2205
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2425

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.4382	42	0.3039	934	X-RAY DIFFRACTION	10
2.02-2.05	0.2783	34	0.2719	965	X-RAY DIFFRACTION	10
2.05-2.07	0.3103	72	0.3109	1093	X-RAY DIFFRACTION	12
2.07-2.1	0.3424	62	0.268	1258	X-RAY DIFFRACTION	13
2.1-2.13	0.2612	79	0.2925	1478	X-RAY DIFFRACTION	16
2.13-2.15	0.3102	105	0.3007	1647	X-RAY DIFFRACTION	18
2.15-2.19	0.3186	96	0.2934	1853	X-RAY DIFFRACTION	20
2.19-2.22	0.2963	107	0.2828	2066	X-RAY DIFFRACTION	22
2.22-2.25	0.2876	120	0.2722	2171	X-RAY DIFFRACTION	23
2.25-2.29	0.2892	146	0.2668	2365	X-RAY DIFFRACTION	25
2.29-2.33	0.3238	148	0.2624	2794	X-RAY DIFFRACTION	30
2.33-2.37	0.3164	150	0.2608	3359	X-RAY DIFFRACTION	35
2.37-2.42	0.2606	196	0.2545	4019	X-RAY DIFFRACTION	42
2.42-2.47	0.2835	238	0.2533	4537	X-RAY DIFFRACTION	49
2.47-2.52	0.2872	310	0.2668	5121	X-RAY DIFFRACTION	54
2.52-2.58	0.3111	307	0.2733	5582	X-RAY DIFFRACTION	60
2.58-2.64	0.2843	360	0.2556	6063	X-RAY DIFFRACTION	65
2.64-2.71	0.3084	363	0.2492	6605	X-RAY DIFFRACTION	70
2.71-2.79	0.2897	343	0.2406	7211	X-RAY DIFFRACTION	76
2.79-2.88	0.2857	360	0.2305	7773	X-RAY DIFFRACTION	82
2.88-2.99	0.2848	474	0.2237	8359	X-RAY DIFFRACTION	89
2.99-3.11	0.2689	462	0.2245	9255	X-RAY DIFFRACTION	98
3.11-3.25	0.2718	503	0.2162	9384	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.42	0.2719	474	0.1956	9458	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.63	0.2361	504	0.1852	9398	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.91	0.223	457	0.1613	9443	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.3	0.222	547	0.146	9347	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.93	0.194	529	0.1362	9402	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-6.2	0.2657	435	0.1641	9485	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2-29.83	0.2093	496	0.1704	9386	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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