PDB-8pur: DexyHemoglobin structure from serial synchrotron crystallography ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pur

タイトル

DexyHemoglobin structure from serial synchrotron crystallography with fixed target

要素

Hemoglobin subunit beta
Hemoglobin, alpha 1

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / Horse hemoglobin / SSX / fixed target

機能・相同性

機能・相同性情報

hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Bjelcic, M. / Sigfridsson Clauss, K. / Aurelius, O. / Milas, M. / Nan, J. / Ursby, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Anaerobic fixed-target serial crystallography using sandwiched silicon nitride membranes.
著者: Bjelcic, M. / Sigfridsson Clauss, K.G.V. / Aurelius, O. / Milas, M. / Nan, J. / Ursby, T.

履歴

登録	2023年7月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pur.cif.gz	127.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pur.ent.gz	96.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pur_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pur_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8pur_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	8pur_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8pur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8pur	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8puqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (3) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (3) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (3)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (3)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (2)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Hemoglobin, alpha 1

B: Hemoglobin subunit beta

ヘテロ分子

32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemoglobin, alpha 1

B: Hemoglobin subunit beta

ヘテロ分子

A: Hemoglobin, alpha 1

B: Hemoglobin subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.290, 63.060, 54.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.010, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Hemoglobin, alpha 1 分子量: 15122.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: A0A3Q2H875
#2: タンパク質	Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain 分子量: 16032.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02062
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.08 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 26%v PEG3350, 10mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→53.504 Å / Num. obs: 29515 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 205 % / CC_1/2: 0.9914 / Net I/σ(I): 12.48
反射シェル	解像度: 1.85→1.916 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1461 / CC_1/2: 0.9049

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→53.504 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.987 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.985 / WR_factor R_free: 0.207 / WR_factor R_work: 0.161 / SU B: 2.697 / SU ML: 0.078 / Average fsc free: 0.97 / Average fsc work: 0.9809 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1622	1474	4.994 %
R_work	0.1299	28041	-
all	0.132	-	-
obs	-	29515	100 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.493 Å²	0 Å²	1.674 Å²
2-	-	-1.483 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.228 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→53.504 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2190	0	86	70	2346

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.03	1.711	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.905	1.624	5032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.491	5	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.972	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.561	10	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.925	10	94
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	533
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.129	0.2	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.062	0.2	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.11	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.066	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.376	6.829	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.365	6.83	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.576	12.284	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.575	12.292	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.357	7.602	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.348	7.597	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.719	13.59	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.722	13.59	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.388	67.403	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.391	67.408	2591

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.299	123	0.262	2062	0.264	2185	0.929	0.943	0.247
1.898-1.95	0.225	91	0.216	2023	0.217	2114	0.957	0.964	0.201
1.95-2.006	0.252	103	0.194	1936	0.197	2039	0.951	0.972	0.176
2.006-2.068	0.191	103	0.166	1882	0.168	1985	0.975	0.982	0.153
2.068-2.136	0.214	106	0.163	1831	0.166	1937	0.971	0.983	0.153
2.136-2.211	0.199	89	0.151	1798	0.153	1887	0.977	0.987	0.145
2.211-2.294	0.21	102	0.154	1706	0.157	1808	0.974	0.986	0.15
2.294-2.387	0.204	84	0.152	1672	0.155	1756	0.975	0.987	0.155
2.387-2.493	0.206	78	0.153	1585	0.156	1663	0.976	0.987	0.161
2.493-2.615	0.195	78	0.147	1521	0.15	1599	0.979	0.988	0.159
2.615-2.756	0.189	81	0.158	1439	0.16	1520	0.976	0.986	0.178
2.756-2.923	0.226	77	0.158	1356	0.161	1433	0.972	0.985	0.179
2.923-3.124	0.239	67	0.165	1301	0.169	1368	0.966	0.983	0.192
3.124-3.373	0.185	64	0.154	1185	0.156	1249	0.975	0.986	0.179
3.373-3.693	0.156	61	0.138	1123	0.139	1184	0.986	0.989	0.164
3.693-4.127	0.122	52	0.113	1008	0.113	1060	0.989	0.992	0.139
4.127-4.761	0.134	31	0.096	904	0.098	935	0.99	0.995	0.121
4.761-5.819	0.165	30	0.115	763	0.117	793	0.987	0.993	0.152
5.819-8.181	0.159	34	0.118	596	0.12	630	0.986	0.992	0.159
8.181-53.504	0.108	20	0.112	349	0.111	369	0.995	0.99	0.135

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関連情報:EMDBヘッダ

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