PDB-8puq: MetHemoglobin structure from serial synchrotron crystallography w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8puq

タイトル

MetHemoglobin structure from serial synchrotron crystallography with fixed target

要素

Hemoglobin subunit alpha
Hemoglobin subunit beta

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / Horse hemoglobin / SSX / fixed target

機能・相同性

機能・相同性情報

hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Bjelcic, M. / Sigfridsson Clauss, K. / Aurelius, O. / Milas, M. / Nan, J. / Ursby, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Anaerobic fixed-target serial crystallography using sandwiched silicon nitride membranes.
著者: Bjelcic, M. / Sigfridsson Clauss, K.G.V. / Aurelius, O. / Milas, M. / Nan, J. / Ursby, T.

履歴

登録	2023年7月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8puq.cif.gz	303.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8puq.ent.gz	190.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8puq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8puq_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8puq_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8puq_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	8puq_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8puq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8puq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8purC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (6) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (6) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (4) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (4) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (4) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (6)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (6)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (4)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (4)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (6)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (4)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (4)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Hemoglobin subunit alpha

B: Hemoglobin subunit beta

ヘテロ分子

32.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemoglobin subunit alpha

B: Hemoglobin subunit beta

ヘテロ分子

A: Hemoglobin subunit alpha

B: Hemoglobin subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.530, 63.080, 54.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.020, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain 分子量: 14981.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P01958
#2: タンパク質	Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain 分子量: 16032.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02062
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 26%v PEG3350, 10mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→53.55 Å / Num. obs: 25258 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 176 % / CC_1/2: 0.9903 / R split: 0.075 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 1261 / CC_1/2: 0.7593 / R split: 0.4194

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→53.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.988 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 7.71 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1741	1211	4.795 %
R_work	0.1252	24047	-
all	0.127	-	-
obs	-	25258	100 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.641 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.398 Å²	0 Å²	1.89 Å²
2-	-	-2.054 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.157 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→53.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2180	0	86	93	2359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.037	1.718	3229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.843	1.628	5033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.878	5	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.253	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.414	10	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.422	10	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	544
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.142	0.2	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.068	0.2	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.112	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.104	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.373	5.007	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.356	5.007	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.156	8.99	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.154	8.995	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.95	5.676	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.93	5.672	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.654	10.091	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.661	10.09	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.448	50.872	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.449	50.609	2668

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.287	76	0.269	1764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.001-2.055	0.27	92	0.229	1712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.055-2.115	0.206	89	0.21	1684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.115-2.18	0.218	80	0.183	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.251	0.211	79	0.171	1586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.251-2.33	0.215	74	0.16	1523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.418	0.186	61	0.143	1484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.418-2.516	0.171	71	0.142	1416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.516-2.628	0.199	73	0.135	1368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.628-2.756	0.205	65	0.143	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.756-2.905	0.2	66	0.149	1230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.905-3.08	0.203	66	0.138	1170	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.292	0.207	62	0.134	1108	X-RAY DIFFRACTION	100
3.292-3.555	0.166	56	0.129	1010	X-RAY DIFFRACTION	100
3.555-3.892	0.15	55	0.11	955	X-RAY DIFFRACTION	100
3.892-4.349	0.117	37	0.097	869	X-RAY DIFFRACTION	100
4.349-5.016	0.161	40	0.092	763	X-RAY DIFFRACTION	100
5.016-6.13	0.182	36	0.119	647	X-RAY DIFFRACTION	100
6.13-8.613	0.149	17	0.117	526	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1619	0.3994	-2.1263	2.1177	0.1687	3.5022	-0.0657	0.1894	-0.2485	-0.1025	0.0368	-0.1365	0.2446	0.1455	0.0289	0.0377	0.0201	-0.0061	0.0521	-0.0291	0.033	-20.75	6.7501	13.9984
2	2.5271	-0.5323	0.6406	2.5335	0.1179	3.3403	-0.0177	-0.1817	0.2742	0.0839	0.0194	-0.1828	-0.343	0.1437	-0.0017	0.0412	-0.02	0.0005	0.0256	-0.022	0.0374	-25.3925	24.29	30.2225

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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