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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8puo | ||||||
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タイトル | Structural determinants of cold-activity and glucose tolerance of a family 1 glycoside hydrolase (GH1) from Antarctic Marinomonas Ef 1 | ||||||
要素 | Beta-glucosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / cold-active enzymes / GH1 family / psychrophiles (好冷生物) / glucose-tolerance | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Marinomonas sp. ef1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Gourlay, L.J. / Nardini, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2024 タイトル: Structural determinants of cold activity and glucose tolerance of a family 1 glycoside hydrolase (GH1) from Antarctic Marinomonas sp. ef1. 著者: Gourlay, L.J. / Mangiagalli, M. / Moroni, E. / Lotti, M. / Nardini, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8puo.cif.gz | 202.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8puo.ent.gz | 158.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8puo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8puo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8puo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51814.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Marinomonas sp. ef1 (バクテリア) 遺伝子: TY87_18135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2M8K1U8, beta-glucosidase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: M-GH1 crystals grew over 2-4 days in 50% protein drop in an optimized condition of PACT condition G1, containing 22% (w/v) PEG 3500, 0.1 M sodium fluoride (NaF) and 0.1 M Tris-HCl pH 8.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→67 Å / Num. obs: 91533 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.986 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 12892 / CC1/2: 0.805 / Rrim(I) all: 1.038 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→45.88 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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