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- PDB-8pun: Old Yellow Enzyme from the thermophilic Ferrovum sp. JA12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pun
タイトルOld Yellow Enzyme from the thermophilic Ferrovum sp. JA12
要素NADPH dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / OYE / thermophilic / ene-reductase / FMN / flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


: / NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ethyl-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / YTTRIUM (III) ION / NADPH dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ferrovum sp. JA12 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Polidori, N. / Gruber, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundDOC 46-821 オーストリア
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Structure, Oligomerization, and Thermal Stability of a Recently Discovered Old Yellow Enzyme.
著者: Polidori, N. / Babin, P. / Daniel, B. / Gruber, K.
履歴
登録2023年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22025年2月19日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32025年5月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH dehydrogenase
B: NADPH dehydrogenase
C: NADPH dehydrogenase
D: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,82931
ポリマ－163,0254
非ポリマー3,80427
水11,566642
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17400 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area45550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.712, 187.712, 129.317
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYSERSER(chain 'A' and (resid -1 through 12 or resid 14...AA-1 - 1218 - 31
12SERSERASNASN(chain 'A' and (resid -1 through 12 or resid 14...AA14 - 1733 - 36
13LEULEULEULEU(chain 'A' and (resid -1 through 12 or resid 14...AA19 - 8238 - 101
14ILEILEARGARG(chain 'A' and (resid -1 through 12 or resid 14...AA85 - 90104 - 109
15PHEPHEPROPRO(chain 'A' and (resid -1 through 12 or resid 14...AA92 - 144111 - 163
16PROPROLEULEU(chain 'A' and (resid -1 through 12 or resid 14...AA146 - 152165 - 171
17THRTHRARGARG(chain 'A' and (resid -1 through 12 or resid 14...AA154 - 195173 - 214
18ASPASPLYSLYS(chain 'A' and (resid -1 through 12 or resid 14...AA197 - 255216 - 274
19GLYGLYARGARG(chain 'A' and (resid -1 through 12 or resid 14...AA257 - 354276 - 373
21GLYGLYSERSER(chain 'B' and (resid -1 through 12 or resid 14...BB-1 - 1218 - 31
22SERSERASNASN(chain 'B' and (resid -1 through 12 or resid 14...BB14 - 1733 - 36
23LEULEULEULEU(chain 'B' and (resid -1 through 12 or resid 14...BB19 - 8238 - 101
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25PHEPHEPROPRO(chain 'B' and (resid -1 through 12 or resid 14...BB92 - 144111 - 163
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27THRTHRARGARG(chain 'B' and (resid -1 through 12 or resid 14...BB154 - 195173 - 214
28ASPASPLYSLYS(chain 'B' and (resid -1 through 12 or resid 14...BB197 - 255216 - 274
29GLYGLYARGARG(chain 'B' and (resid -1 through 12 or resid 14...BB257 - 354276 - 373
31GLYGLYSERSER(chain 'C' and (resid -1 through 12 or resid 14...CC-1 - 1218 - 31
32SERSERASNASN(chain 'C' and (resid -1 through 12 or resid 14...CC14 - 1733 - 36
33LEULEULEULEU(chain 'C' and (resid -1 through 12 or resid 14...CC19 - 8238 - 101
34ILEILEARGARG(chain 'C' and (resid -1 through 12 or resid 14...CC85 - 90104 - 109
35PHEPHEPROPRO(chain 'C' and (resid -1 through 12 or resid 14...CC92 - 144111 - 163
36PROPROLEULEU(chain 'C' and (resid -1 through 12 or resid 14...CC146 - 152165 - 171
37THRTHRARGARG(chain 'C' and (resid -1 through 12 or resid 14...CC154 - 195173 - 214
38ASPASPLYSLYS(chain 'C' and (resid -1 through 12 or resid 14...CC197 - 255216 - 274
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43LEULEULEULEU(chain 'D' and (resid -1 through 12 or resid 14...DD19 - 8238 - 101
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46PROPROLEULEU(chain 'D' and (resid -1 through 12 or resid 14...DD146 - 152165 - 171
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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
NADPH dehydrogenase


分子量: 40756.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ferrovum sp. JA12 (バクテリア) / 遺伝子: namA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R0LNE8

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非ポリマー , 9種, 669分子

#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-9D2 / 2-ethyl-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol / トリメチロ-ルプロパン


分子量: 134.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#5: 化合物
ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.05 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Lanthanides mix (0.0005M Yttrium(III) chloride hexahydrate, 0.0005M Erbium(III) chloride hexahydrate, 0.0005M Terbium(III) chloride hexahydrate, 0.0005M Ytterbium(III) chloride hexahydrate), ...詳細: Lanthanides mix (0.0005M Yttrium(III) chloride hexahydrate, 0.0005M Erbium(III) chloride hexahydrate, 0.0005M Terbium(III) chloride hexahydrate, 0.0005M Ytterbium(III) chloride hexahydrate), MOPSO, Bis-Tris, PEG 20000, Trimethylolpropane, NDSB 195

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.3 Å / Num. obs: 102408 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 35.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.09
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 10081 / CC1/2: 0.977

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→48.3 Å / SU ML: 0.2424 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.7269
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 5135 5.04 %
Rwork0.1798 96727 -
obs0.1811 101862 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10940 0 214 642 11796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002611567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.577715722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04571672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042053
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.78924200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.330.311780.25963175X-RAY DIFFRACTION99.67
2.33-2.350.24191520.26253201X-RAY DIFFRACTION99.7
2.35-2.380.271480.24793208X-RAY DIFFRACTION99.97
2.38-2.410.28921680.24193215X-RAY DIFFRACTION99.76
2.41-2.440.29941840.24393179X-RAY DIFFRACTION99.7
2.44-2.480.28271590.22273209X-RAY DIFFRACTION99.56
2.48-2.510.26881910.2323140X-RAY DIFFRACTION99.43
2.51-2.550.24351650.22553216X-RAY DIFFRACTION99.76
2.55-2.590.26891580.22253235X-RAY DIFFRACTION99.82
2.59-2.630.29491650.22033187X-RAY DIFFRACTION99.79
2.63-2.680.25971730.22873187X-RAY DIFFRACTION99.61
2.68-2.730.25171660.2043202X-RAY DIFFRACTION99.53
2.73-2.780.23781660.19863193X-RAY DIFFRACTION99.56
2.78-2.840.2281530.19473222X-RAY DIFFRACTION99.38
2.84-2.90.2511830.20043207X-RAY DIFFRACTION99.71
2.9-2.970.25641980.21133164X-RAY DIFFRACTION99.64
2.97-3.040.24991600.20443249X-RAY DIFFRACTION99.85
3.04-3.120.22611750.20523202X-RAY DIFFRACTION99.68
3.12-3.210.22421850.18473198X-RAY DIFFRACTION99.56
3.21-3.320.19921490.18373247X-RAY DIFFRACTION99.5
3.32-3.440.20791500.16933222X-RAY DIFFRACTION99.03
3.44-3.570.19161550.16513236X-RAY DIFFRACTION99.3
3.57-3.740.22331770.16223183X-RAY DIFFRACTION98.07
3.74-3.930.17961710.15773184X-RAY DIFFRACTION97.67
3.93-4.180.13531670.14493254X-RAY DIFFRACTION99.3
4.18-4.50.14891870.13693242X-RAY DIFFRACTION99.62
4.5-4.950.15781850.13883276X-RAY DIFFRACTION99.6
4.95-5.670.16941880.1583296X-RAY DIFFRACTION99.74
5.67-7.140.18251720.17883355X-RAY DIFFRACTION99.86
7.14-48.30.17422070.15833443X-RAY DIFFRACTION98.28

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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