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- PDB-8pui: human PHOX2B C-terminal domain including the polyA fragment at 298K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pui
タイトルhuman PHOX2B C-terminal domain including the polyA fragment at 298K
要素Paired mesoderm homeobox protein 2B
キーワードTRANSCRIPTION / CCHS / polyA / homorepeat / trinucleotide repeat expansion
機能・相同性
機能・相同性情報


medullary reticular formation development / parasympathetic nervous system development / efferent axon development in a lateral line nerve / retrotrapezoid nucleus neuron differentiation / negative regulation of type B pancreatic cell proliferation / noradrenergic neuron development / cell differentiation in hindbrain / respiratory system development / autonomic nervous system development / hindbrain tangential cell migration ...medullary reticular formation development / parasympathetic nervous system development / efferent axon development in a lateral line nerve / retrotrapezoid nucleus neuron differentiation / negative regulation of type B pancreatic cell proliferation / noradrenergic neuron development / cell differentiation in hindbrain / respiratory system development / autonomic nervous system development / hindbrain tangential cell migration / cellular response to carbon dioxide / noradrenergic neuron differentiation / brainstem development / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / motor neuron migration / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / enteric nervous system development / glial cell differentiation / sympathetic nervous system development / cellular response to BMP stimulus / type B pancreatic cell proliferation / dopaminergic neuron differentiation / skeletal muscle cell differentiation / inner ear development / membrane depolarization / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of neuron differentiation / response to activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Paired mesoderm homeobox protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Anton, R. / Trevino, M.A. / Pantoja-Uceda, D. / Felix, S. / Babu, M. / Cabrita, E.J. / Zweckstetter, M. / Tinnefeld, P. / Vera, A.M. / Oroz, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-109276RA-I00 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Alternative low-populated conformations prompt phase transitions in polyalanine repeat expansions.
著者: Anton, R. / Trevino, M.A. / Pantoja-Uceda, D. / Felix, S. / Babu, M. / Cabrita, E.J. / Zweckstetter, M. / Tinnefeld, P. / Vera, A.M. / Oroz, J.
履歴
登録2023年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Paired mesoderm homeobox protein 2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5351
ポリマ－7,5351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Paired mesoderm homeobox protein 2B / Neuroblastoma Phox / NBPhox / PHOX2B homeodomain protein / Paired-like homeobox 2B


分子量: 7535.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHOX2B, PMX2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star (DE3) / 参照: UniProt: Q99453

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC
121isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
151isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
161isotropic13D H(CCO)NH
171isotropic13D HNCO
181isotropic13D HN(CO)CA
191isotropic13D CBCA(CO)NH
1101isotropic13D HNCA

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] human PHOX2B, 5 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.03 % w/v sodium azide, 0.5 mM DSS, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N/13C_XS20 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMhuman PHOX2B[U-100% 13C; U-100% 15N]1
5 mMpotassium phosphatenatural abundance1
10 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance1
0.03 % w/vsodium azidenatural abundance1
0.5 mMDSSnatural abundance1
試料状態イオン強度: 10 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin4.1.2Bruker Biospincollection
NMRFAM-SPARKY3.19Lee, W.; Tonelli, M.; Markley, J. L. NMRFAM-SPARKY: enhanced software for biomolecular NMR spectroscopy. Bioinformatics 2015, 31 (8), 1325-1327. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu830.chemical shift assignment
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thornton精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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