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- PDB-8pu1: Structure of the toxin/antitoxin complex FaRel/ATfaRel2 with APCPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pu1
タイトルStructure of the toxin/antitoxin complex FaRel/ATfaRel2 with APCPP
要素
  • ATfaRel2
  • RelA/SpoT domain-containing protein
キーワードANTITOXIN / Toxin / toxSAS / RSH / small alormone synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF6718 / Family of unknown function (DUF6718) / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / CACODYLATE ION / N-PROPANOL / RelA/SpoT domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Coprobacillus sp. D7 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Garcia-Pino, A. / Talavera Perez, A. / Dominguez Molina, L.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)PDR T.0090.22 ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the toxin/antitoxin complex FaRel/ATfaRel2 with APCPP
著者: Garcia-Pino, A. / Talavera Perez, A. / Dominguez Molina, L.
履歴
登録2023年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATfaRel2
B: RelA/SpoT domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,84918
ポリマ－33,3772
非ポリマー1,47216
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)227.810, 227.810, 227.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-540-

HOH

21B-564-

HOH

31B-613-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATfaRel2


分子量: 8501.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coprobacillus sp. D7 (バクテリア)
遺伝子: DXB93_19740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E3DY87
#2: タンパク質 RelA/SpoT domain-containing protein


分子量: 24875.225 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y128F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coprobacillus sp. D7 (バクテリア)
遺伝子: DXB93_19735 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E3DY42

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非ポリマー , 6種, 351分子

#3: 化合物
ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3% v/v 2-Propanol and 0.1 M Sodium, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→52.26 Å / Num. obs: 55679 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 68.4 % / Biso Wilson estimate: 40.61 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.47
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 78533 / CC1/2: 0.399 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (24-FEB-2021)精密化
autoPROCデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.702→52.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Blow DPI: 0.097 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.091
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2457 2784 5 %RANDOM
Rwork0.2242 ---
obs0.2253 55679 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.702→52.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2238 0 89 337 2664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082369HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.863178HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d833SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes394HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2369HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.37
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion293SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2490SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.702→1.71 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.6297 -4.94 %
Rwork0.6486 1059 -
obs--97.1 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -51.2751 Å / Origin y: -12.968 Å / Origin z: -42.2611 Å
111213212223313233
T0.0144 Å20.0076 Å20.0199 Å2--0.0107 Å2-0.0088 Å2---0.0258 Å2
L0.5633 °2-0.3118 °20.0025 °2-0.1741 °2-0.1115 °2--0.6728 °2
S-0.0153 Å °-0.0714 Å °0.0294 Å °0.0004 Å °0.037 Å °-0.0328 Å °-0.0729 Å °0.0264 Å °-0.0217 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { *|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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