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- PDB-8pts: human GUK1 in complex with compound AT8001 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pts
タイトルhuman GUK1 in complex with compound AT8001
要素Guanylate kinase
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / complex intermediate compound inhibitor / kinase / Guanylate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


dGDP biosynthetic process / dATP metabolic process / : / GDP biosynthetic process / glycoprotein transport / GDP-mannose metabolic process / guanylate kinase / purine nucleotide metabolic process / dGMP metabolic process / Abacavir metabolism ...dGDP biosynthetic process / dATP metabolic process / : / GDP biosynthetic process / glycoprotein transport / GDP-mannose metabolic process / guanylate kinase / purine nucleotide metabolic process / dGMP metabolic process / Abacavir metabolism / guanylate kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ATP metabolic process / photoreceptor inner segment / xenobiotic metabolic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Guanylate kinase / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Guanylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Zimberger, C. / Canard, B. / Ferron, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-0005 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional basis for metabolic activation of the antiviral drug Bemnifosbuvir
著者: Chazot, A. / Zimberger, C. / Feracci, M. / Moussa, A. / Good, S. / Sommadossi, J.P. / Alvarez, K. / Ferron, F. / Canard, B.
履歴
登録2023年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylate kinase
B: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3585
ポリマ－43,5072
非ポリマー8513
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.773, 54.273, 58.957
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-315-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Guanylate kinase / GMP kinase / Guanylate kinase 1


分子量: 21753.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUK1, GMK, GMPK
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q16774, guanylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-EIF / [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-fluoranyl-4-methyl-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate


分子量: 379.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15FN5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12 -17 % PEG330 66mM Na Cacodylate 33mM MES 66mM MgCl2
PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→62.849 Å / Num. obs: 37848 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.763→1.793 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1925 / CC1/2: 0.825 / Rpim(I) all: 0.371 / Rrim(I) all: 0.796 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (17-FEB-2023)精密化
autoPROCdata processing
Aimlessデータスケーリング
MoRDa位相決定
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→62.849 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 --RANDOM
Rwork0.2481 ---
obs0.2497 37848 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→62.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3019 0 56 119 3194
拘束条件
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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