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- PDB-8pt9: JNK1 covalently bound to BD838 cyclohexenone based inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pt9
タイトルJNK1 covalently bound to BD838 cyclohexenone based inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 8
キーワードSIGNALING PROTEIN / MAPK kinase / MAPK / inhibitor / covalent / JNK / Michael acceptor warhead
機能・相同性
機能・相同性情報


JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / basal dendrite / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / Activation of BIM and translocation to mitochondria / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / positive regulation of cyclase activity / histone deacetylase regulator activity ...JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / basal dendrite / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / Activation of BIM and translocation to mitochondria / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / positive regulation of cyclase activity / histone deacetylase regulator activity / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of protein metabolic process / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / regulation of macroautophagy / response to UV / response to mechanical stimulus / stress-activated MAPK cascade / energy homeostasis / JNK cascade / protein serine/threonine kinase binding / negative regulation of protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation / cellular response to amino acid starvation / NRIF signals cell death from the nucleus / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / cellular response to reactive oxygen species / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm / histone deacetylase binding / cellular response to mechanical stimulus / cellular senescence / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / rhythmic process / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of protein localization / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to oxidative stress / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / response to oxidative stress / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mitogen-activated protein kinase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sok, P. / Poti, A. / Remenyi, A.
資金援助 ハンガリー, 1件
組織認可番号国
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)KKP 126963 ハンガリー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Reversible covalent c-Jun N-terminal kinase inhibitors targeting a specific cysteine by precision-guided Michael-acceptor warheads.
著者: Balint, D. / Poti, A.L. / Alexa, A. / Sok, P. / Albert, K. / Torda, L. / Foldesi-Nagy, D. / Csokas, D. / Turczel, G. / Imre, T. / Szarka, E. / Fekete, F. / Bento, I. / Bojtar, M. / Palko, R. ...著者: Balint, D. / Poti, A.L. / Alexa, A. / Sok, P. / Albert, K. / Torda, L. / Foldesi-Nagy, D. / Csokas, D. / Turczel, G. / Imre, T. / Szarka, E. / Fekete, F. / Bento, I. / Bojtar, M. / Palko, R. / Szabo, P. / Monostory, K. / Papai, I. / Soos, T. / Remenyi, A.
履歴
登録2023年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年10月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 8
B: Mitogen-activated protein kinase 8
C: Mitogen-activated protein kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,8766
ポリマ－126,0983
非ポリマー1,7783
水362
1
A: Mitogen-activated protein kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6252
ポリマ－42,0331
非ポリマー5931
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6252
ポリマ－42,0331
非ポリマー5931
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mitogen-activated protein kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6252
ポリマ－42,0331
非ポリマー5931
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.552, 106.552, 99.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 8 / MAP kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated ...MAP kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated protein kinase JNK1 / c-Jun N-terminal kinase 1


分子量: 42032.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The dephosphorylated inactive JNK1-beta-1 with BD838 covalent inhibitor at the ATP binding pocket
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8, JNK1, PRKM8, SAPK1, SAPK1C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45983, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-DVI / methyl (1S,3S)-1-methyl-3-[[3-[[3-methyl-4-[(4-pyridin-3-ylpyrimidin-2-yl)amino]phenyl]carbamoyl]phenyl]carbamoyl]-4-oxidanylidene-cyclohexane-1-carboxylate


分子量: 592.644 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H32N6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 % / 解説: rod shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 12% PEG 3000, 2-4% MPD, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: merohedral / Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.448
反射解像度: 2.7→49.9 Å / Num. obs: 34772 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 371981
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 2.43 / Num. measured all: 49790 / Num. unique obs: 4623 / CC1/2: 0.544 / Rpim(I) all: 0.775 / Rrim(I) all: 2.552 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 1.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→47 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 120.43 / 位相誤差: 25.63 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: Merohedral twinning was identified in the crystal lattice. The structure was refined with Phenix using -H,-K, L twin operator. Finally untwinned structure factors were generated by Phenix and ...詳細: Merohedral twinning was identified in the crystal lattice. The structure was refined with Phenix using -H,-K, L twin operator. Finally untwinned structure factors were generated by Phenix and uploaded to keep compatibility with the PDB deposition pipeline detwinning process. Ideal bond length restraints were used for the 116CYS-BD838 covalent bond (1.7)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2253 1986 5.72 %RANDOM
Rwork0.2065 ---
obs0.2149 34745 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8257 0 132 2 8391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.770.35551400.3112336X-RAY DIFFRACTION94
2.77-2.840.31571460.30382314X-RAY DIFFRACTION94
2.84-2.930.32811460.30212346X-RAY DIFFRACTION94
2.93-3.020.28791510.28922352X-RAY DIFFRACTION94
3.02-3.130.29511400.28052354X-RAY DIFFRACTION94
3.13-3.250.24591320.27912341X-RAY DIFFRACTION94
3.25-3.40.25141360.2572315X-RAY DIFFRACTION94
3.4-3.580.25331440.23532352X-RAY DIFFRACTION94
3.58-3.810.24911440.22172354X-RAY DIFFRACTION94
3.81-4.10.24711500.20542319X-RAY DIFFRACTION94
4.1-4.510.21581400.20172334X-RAY DIFFRACTION94
4.51-5.160.20291430.17952354X-RAY DIFFRACTION94
5.16-6.50.24371360.19782350X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.52120.7717-4.25624.2072-1.13425.1207-0.722-0.3628-0.7032-0.32270.02420.08580.7752-0.2830.69680.70250.03810.07070.70470.00710.59115.9971-69.25252.4268
22.34190.0436-1.1631.5199-0.16642.20260.03170.59570.0853-0.347-0.0170.1533-0.0636-0.3117-0.02170.643-0.0158-0.02230.6796-0.02590.39012.3857-49.3128-9.3485
33.84491.0465-0.78333.914-0.82980.93110.1548-0.1507-0.249-0.3835-0.4706-0.3832-0.57570.22940.31580.7226-0.0687-0.03280.71790.04790.466968.0052-18.098210.0703
41.78690.63940.68041.0319-0.15180.4506-0.1101-0.03090.15260.08950.1298-0.0406-0.2409-0.0304-0.00730.71640.0587-0.00330.6618-0.0450.337351.2491-18.66525.4632
51.6340.7262-0.20140.3214-0.08620.05960.34750.17150.4614-0.1305-0.42240.03230.14290.43280.07070.8514-0.0842-0.00860.8217-0.02480.477747.2609-24.2856-12.0683
62.5617-0.0565-0.072.40820.99540.705-0.07670.2346-0.0814-0.2435-0.02660.1663-0.1557-0.36760.11520.6354-0.0572-0.03830.7675-0.00430.323235.2233-33.1675-7.3113
71.32510.66880.17830.8553-0.08840.9437-0.2733-0.00590.2431-0.21910.101-0.1704-0.3971-0.43220.16151.22340.16930.02810.7150.02220.560650.3747-6.65011.78
85.0292-2.185-0.93274.39162.2161.12520.36830.6442-0.05290.1221-0.8439-0.01250.3192-0.00540.47721.01710.2208-0.05010.98710.01190.5966-8.618115.4206-15.7034
91.8834-0.8555-1.78230.52241.29373.4305-0.04770.22120.29080.8525-0.02740.0294-0.5998-0.14340.07611.43050.02490.1490.90350.17211.16152.689219.9315-0.2153
101.0291-1.0312-0.02862.23510.57940.2485-0.08220.31980.2644-0.361-0.1801-0.01520.2042-0.11790.26521.41610.02120.06661.4069-0.00130.5431.450621.9703-9.9717
111.97870.61130.74591.11050.27622.39330.12650.5031-0.05420.07780.1282-0.05230.1270.3005-0.25910.8310.13180.05760.89780.01630.5859.67831.5121-9.8488
121.90280.2674-0.46791.0062-0.15380.1225-0.0215-0.25490.39430.75260.0926-0.17240.42660.269-0.06950.98110.2241-0.12041.0881-0.00170.58558.94826.9018-3.9546
131.74110.54820.05791.3611-0.36591.28490.0967-0.6002-0.08990.9437-0.0998-0.0855-0.17350.00970.00451.27970.1253-0.00920.94780.08090.583812.9754-7.198610.1291
141.61850.0940.56870.82670.30843.43660.15210.3223-0.29560.23320.415-0.22080.24350.4057-0.56990.95290.0369-0.06671.10490.01280.760721.374-9.7002-7.7269
155.1044-1.0291-4.39061.31652.75956.9454-1.0443-0.60920.45640.32370.47441.0720.04060.6690.5691.052-0.02530.00090.847-0.10451.348310.353125.5924-1.9476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 63 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 64 through 363 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 7 through 63 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 64 through 172 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 173 through 203 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 204 through 321 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 322 through 363 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 8 through 56 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 57 through 78 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 79 through 104 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 105 through 156 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 157 through 182 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 186 through 274 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 275 through 330 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 331 through 362 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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