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- PDB-8ps7: Crystal structure of Medicago truncatula LYR4 kinase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ps7
タイトルCrystal structure of Medicago truncatula LYR4 kinase domain
要素LysM-domain receptor-like kinase
キーワードPLANT PROTEIN / Kinase / Immunity / LysM
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / LysM-domain receptor-like kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Simonsen, B. / Gysel, K. / Laursen, M. / Andersen, K.R.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0052855 デンマーク
引用
ジャーナル: New Phytol. / 年: 2025
タイトル: The Medicago truncatula LYR4 intracellular domain serves as a scaffold in immunity signaling independent of its phosphorylation activity.
著者: Simonsen, B. / Rubsam, H. / Kolte, M.V. / Larsen, M.M. / Kronauer, C. / Gysel, K. / Laursen, M. / Feng, F. / Kaya, G. / Oldroyd, G.E.D. / Stougaard, J. / Fort, S. / Radutoiu, S. / Andersen, K.R.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: The Medicago truncatula LYR4 intracellular domain serves as a scaffold in immunity signaling independent of its phosphorylation activity
著者: Simonsen, B. / Rubsam, H. / Kolte, M.V. / Larsen, M.M. / Kronauer, C. / Gysel, K. / Laursen, M. / Feng, F. / Kaya, G. / Oldroyd, G.E.D. / Stougaard, J. / Fort, S. / Radutoiu, S. / Andersen, K.R.
履歴
登録2023年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysM-domain receptor-like kinase
B: LysM-domain receptor-like kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3409
ポリマ－66,8602
非ポリマー1,4817
水3,117173
1
A: LysM-domain receptor-like kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2165
ポリマ－33,4301
非ポリマー7864
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LysM-domain receptor-like kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1244
ポリマ－33,4301
非ポリマー6943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.684, 78.242, 70.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 LysM-domain receptor-like kinase


分子量: 33429.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: 11433363, MTR_5g085790, MtrunA17_Chr5g0439331 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: G7K7K0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.19 % / 解説: Needles
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, sodium cacodylate trihydrate, PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979491 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979491 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.124 Å / Num. obs: 18580 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21.79 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rrim(I) all: 0.24 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.34 Å / Num. unique obs: 929 / CC1/2: 0.62 / % possible all: 70.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→43.12 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.557
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 1465 7.89 %
Rwork0.221 --
obs0.225 18578 56.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4383 0 90 173 4646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4796151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5161670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002785
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.180.3576130.315191X-RAY DIFFRACTION3
2.18-2.260.3212420.2941356X-RAY DIFFRACTION12
2.26-2.370.3218560.3142568X-RAY DIFFRACTION19
2.37-2.490.357650.2882854X-RAY DIFFRACTION28
2.49-2.650.32281020.28121318X-RAY DIFFRACTION44
2.65-2.850.27211830.27392101X-RAY DIFFRACTION70
2.85-3.140.30582640.25092672X-RAY DIFFRACTION90
3.14-3.590.27742500.21153012X-RAY DIFFRACTION100
3.59-4.530.22112440.17973030X-RAY DIFFRACTION100
4.53-43.120.26222460.20993111X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.80662.4763-1.97584.7848-0.09662.4826-0.14150.44090.3165-0.4185-0.1611-0.39570.0967-0.09070.26780.374-0.0071-0.00480.46360.01630.4212-32.63849.2838-2.0069
29.46650.1268-3.08366.0648-4.68224.55630.5339-1.66871.06991.0767-0.605-0.7704-1.21561.1638-0.06210.4998-0.2810.10210.7107-0.01760.3401-20.947416.31883.0988
32.943-0.6987-2.05182.2050.77492.86790.38610.06690.1927-0.0479-0.55410.1993-0.0392-0.67910.09930.2774-0.0078-0.02390.4238-0.01980.0943-21.02637.45-7.1383
41.5423-0.0703-0.19283.96840.01191.62620.01560.0574-0.0099-0.19590.04680.1464-0.35210.1026-0.05180.14440.00320.00090.20010.02170.0678-10.68716.1534-13.6389
52.968-2.36641.88641.9025-1.25843.63830.5954-0.2151-0.3897-0.3588-0.25640.23430.2108-0.5081-0.31690.3892-0.12790.01390.26860.02750.2545-9.52-0.4573.4941
60.8848-0.16030.54020.1099-0.24212.8216-0.005-0.0053-0.2258-0.08540.00140.04010.34460.3698-0.00880.20840.03440.04570.28670.04710.04070.0905-5.3119-4.8706
75.3434-0.5629-1.07081.1021-0.64234.2878-0.31080.63-0.8789-0.0820.13440.14620.3486-0.11170.13180.37440.0860.01230.2594-0.07090.169-1.2275-15.8376-19.9276
81.0023-0.0062-1.18563.61261.04434.04160.05170.26660.054-0.01020.0335-0.4571-0.16560.581-0.11590.10730.01480.06770.41430.04960.09322.52810.8646-17.5508
93.38910.46531.52332.19980.8931.90270.14270.0999-0.2548-0.5028-0.25990.47820.0643-0.42230.12430.32450.0002-0.03640.4571-0.02770.2465-21.466625.8865-31.4627
100.7227-0.8208-0.49461.6558-0.06650.7973-0.01630.0749-0.0914-0.12480.02730.22680.1520.1445-0.01940.1982-0.0265-0.01060.28230.01640.1173-4.93530.15-30.0186
111.7675-0.01030.37232.86760.19723.7137-0.11320.00960.2825-0.18540.1118-0.1165-0.31980.078-0.00960.14280.0005-0.00940.2005-0.00720.05313.911941.2277-20.2973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'B' AND (RESID 340 THROUGH 375 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'B' AND (RESID 376 THROUGH 391 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID 392 THROUGH 446 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 447 THROUGH 492 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 493 THROUGH 522 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 523 THROUGH 577 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 578 THROUGH 599 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 600 THROUGH 636 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 340 THROUGH 446 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 447 THROUGH 534 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'A' AND (RESID 535 THROUGH 636 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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