PDB-8pru: Engineered form of T thermophiles AHIR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pru

タイトル

Engineered form of T thermophiles AHIR

要素

Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Protein-engineering / Ketol-acid reductoisomerase / Thermostable protein

機能・相同性

機能・相同性情報

ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Roberts, M. / Powell, A. / Lewis, C. / Sinclair, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineered form of T thermophiles AHIR
著者: Roberts, M. / Powell, A. / Lewis, C. / Sinclair, J.

履歴

登録	2023年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pru.cif.gz	707.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pru.ent.gz	573.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8pru_validation.pdf.gz	517.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pru_full_validation.pdf.gz	565.6 KB	表示
XML形式データ	8pru_validation.xml.gz	75.2 KB	表示
CIF形式データ	8pru_validation.cif.gz	96.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8pru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8pru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (10) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

D: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

E: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

F: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

ヘテロ分子

228 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

ヘテロ分子

A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Widely observed assembly for this class of enzyme, which has tetrahedral symmetry, with intimate dimers formed around the particle 2-fold axes
76 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

F: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

ヘテロ分子

C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

E: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.030, 142.720, 126.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 340 / Label seq-ID: 5 - 344

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

#1: タンパク質	Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) / KARI / Acetohydroxy-acid isomeroreductase / AHIR / Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase / ...KARI / Acetohydroxy-acid isomeroreductase / AHIR / Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase type 1 / Ketol-acid reductoisomerase type I 分子量: 37969.254 Da / 分子数: 6 変異: N-terminal MGMT expression artefact, insert of sequence PGHLVRSEYQKGSG between residues 131 and 132 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus (バクテリア) / 遺伝子: ilvC, TT_C0850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q72JC8, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→63.06 Å / Num. obs: 184696 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.154 / R_pim(I) all: 0.085 / R_rim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 1.89→1.92 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 1.122 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 9269 / CC_1/2: 0.679 / R_pim(I) all: 0.637 / R_rim(I) all: 1.298 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→63.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 7.796 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.184 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2884	8715	5.399 %
R_work	0.2589	152718	-
all	0.26	-	-
obs	-	161433	97.45 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.788 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.829 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.781 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.611 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→63.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14460	0	25	251	14736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	14758
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	14256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.449	1.645	19932
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.481	1.571	32724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.578	5	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.468	5	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.875	10	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.437	10	672
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	17478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3402
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	12595
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	7230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	8212
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.231	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.146	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.117	4.523	7452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.116	4.523	7452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.952	8.112	9294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.952	8.112	9295
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.707	4.912	7306
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.706	4.911	7303
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.185	8.803	10638
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.183	8.801	10633
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.97	43.173	16457
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.972	43.127	16433
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.024	0.05	9974
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.028	0.05	9974
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.023	0.05	9975
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.024	0.05	9985
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.02	0.05	9973
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.032	0.05	9980
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.026	0.05	10002
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.024	0.05	9989
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.025	0.05	9985
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.03	0.05	9983
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.031	0.05	9985
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.028	0.05	9977
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.023	0.05	9994
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.022	0.05	9979
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.023	0.05	9980

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02445	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02445	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02771	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02771	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02271	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02271	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02366	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02366	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01986	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01986	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03205	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03205	0.0501
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0259	0.0501
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0259	0.0501
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02424	0.0501
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02424	0.0501
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02467	0.0501
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02467	0.0501
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0299	0.0501
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0299	0.0501
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03096	0.0501
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03096	0.0501
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02803	0.0501
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02803	0.0501
13	25	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0233	0.0501
13	26	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0233	0.0501
14	27	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02227	0.0501
14	28	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02227	0.0501
15	29	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02349	0.0501
15	30	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02349	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052		0	0.363	12130	X-RAY DIFFRACTION	99.967
2.052-2.108	0.344	1168	0.337	10631	X-RAY DIFFRACTION	99.9407
2.108-2.169		0	0.308	11490	X-RAY DIFFRACTION	99.9565
2.169-2.236	0.325	1079	0.477	8352	X-RAY DIFFRACTION	84.4618
2.236-2.309	0.416	962	0.601	8327	X-RAY DIFFRACTION	85.6366
2.309-2.39		0	0.276	10466	X-RAY DIFFRACTION	99.7902
2.39-2.48	0.302	858	0.26	9265	X-RAY DIFFRACTION	99.7438
2.48-2.581	0.286	755	0.251	8971	X-RAY DIFFRACTION	99.7232
2.581-2.696		0	0.26	9353	X-RAY DIFFRACTION	99.659
2.696-2.827	0.314	681	0.26	8233	X-RAY DIFFRACTION	99.5755
2.827-2.98	0.29	592	0.252	7927	X-RAY DIFFRACTION	99.6141
2.98-3.16	0.308	510	0.249	7572	X-RAY DIFFRACTION	99.5933
3.16-3.377	0.278	358	0.248	7176	X-RAY DIFFRACTION	98.9753
3.377-3.647	0.319	95	0.261	6787	X-RAY DIFFRACTION	96.6709
3.647-3.994	0.404	376	0.256	5941	X-RAY DIFFRACTION	96.2224
3.994-4.463	0.211	540	0.174	5356	X-RAY DIFFRACTION	98.7274
4.463-5.149	0.202	210	0.15	5055	X-RAY DIFFRACTION	99.3396
5.149-6.296	0.224	174	0.193	4327	X-RAY DIFFRACTION	99.6237
6.296-8.861	0.2	223	0.172	3330	X-RAY DIFFRACTION	99.8595
8.861-63.06	0.206	134	0.186	1972	X-RAY DIFFRACTION	99.9525

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)