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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8prr | ||||||
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タイトル | The structure of nvBagel4 in the presence of Co(II) | ||||||
要素 | Cell surface protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Protein design / symmetric / assembly / self-assembly / beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å | ||||||
データ登録者 | Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of nvBagel4 in the presence of Co(II) 著者: Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8prr.cif.gz | 61.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8prr.ent.gz | 44.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8prr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8prr_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8prr_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8prr_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8prr_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8prr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8prr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9050.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: DICTH_0179 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B5YBJ6 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.0085 M Cobalt chloride, 0.085 M MES pH 6.5, 1.53 M Ammonium sulfate, 15 %(v/v) Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97629 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97629 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.32→54.22 Å / Num. obs: 19215 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 18.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 23.6 / Num. measured all: 361486 |
反射 シェル | 解像度: 1.32→1.34 Å / % possible obs: 41.5 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 1.646 / Num. measured all: 902 / Num. unique obs: 421 / CC1/2: 0.284 / Rpim(I) all: 1.231 / Rrim(I) all: 2.073 / Net I/σ(I) obs: 0.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.32→39.48 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 41.01 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.32→39.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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