+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8prp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of nvBagel2 in the presence of Cd(II) | ||||||
要素 | Cell surface protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Protein design / symmetric / assembly / self-assembly / beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Dictyoglomus thermophilum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å | ||||||
データ登録者 | Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of nvBagel2 in the presence of Cd(II) 著者: Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8prp.cif.gz | 29.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8prp.ent.gz | 17.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8prp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8prp_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8prp_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8prp_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8prp_validation.cif.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8prp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8prp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9050.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dictyoglomus thermophilum (バクテリア) 株: ATCC 35947 / DSM 3960 / H-6-12 / 遺伝子: DICTH_0179 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B5YBJ6 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.0425 M Cadmium sulfate, 0.085 M HEPES pH 7.5, 0.85 M Sodium acetate, 15 %(v/v) Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.69 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.69 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.82→31.7 Å / Num. obs: 2236 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 18.3 / Num. measured all: 54030 |
反射 シェル | 解像度: 2.82→2.87 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 1.138 / Num. measured all: 1596 / Num. unique obs: 112 / CC1/2: 0.873 / Rpim(I) all: 0.306 / Rrim(I) all: 1.18 / Net I/σ(I) obs: 2.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.82→31.7 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 19.41 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.82→31.7 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.82→31.7 Å
|