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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pr6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Corynebacterium glutamicum mycoredoxin-3 at 1.7 A resolution. | ||||||
要素 | Thioredoxin family proteinThioredoxin domain | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Mycoredoxin (マイコレドキシン) / Corynebacterium glutamicum / oxidase (酸化酵素) / swapped homodimer / redox biology | ||||||
機能・相同性 | Glutaredoxin-like / Glutaredoxin-like domain (DUF836) / Thioredoxin-like superfamily / Thioredoxin family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Corynebacterium glutamicum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Baranova, E.V. / Wahni, K. / Ezerina, D. / Messens, J. | ||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: Redox Biochem. Chem. / 年: 2023 タイトル: Unveiling the enigmatic traits of Corynebacterium glutamicum mycoredoxin-3: A tiny redox protein displaying swapped homodimer formation and DsbA-like oxidase activity 著者: Wahni, K. / Baranova, E. / Ezerina, D. / Van Molle, I. / Van Laer, K. / Messens, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pr6.cif.gz | 47.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pr6.ent.gz | 31.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pr6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8pr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8pr6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9557.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: AUO95_11055 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q6BKH4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9195 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9195 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→33.4 Å / Num. obs: 19317 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2791 / Rrim(I) all: 0.82 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→32.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.279 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.009 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→32.23 Å
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拘束条件 |
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