PDB-8pqp: Nucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis therm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pqp

タイトル

Nucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 D62N Mutant bound to ImmH-Forodesine

要素

Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex / Transferase / ImmH-Forodesine / Mutant

機能・相同性

deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / transferase activity / Chem-IMH / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.709 Å

データ登録者

Tang, P. / Harding, C.J. / Czekster, M.C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Snapshots of the Reaction Coordinate of a Thermophilic 2'-Deoxyribonucleoside/ribonucleoside Transferase.
著者: Tang, P. / Harding, C.J. / Dickson, A.L. / da Silva, R.G. / Harrison, D.J. / Czekster, C.M.

履歴

登録	2023年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pqp.cif.gz	142.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pqp.ent.gz	112.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pqp_validation.pdf.gz	825 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pqp_full_validation.pdf.gz	825.8 KB	表示
XML形式データ	8pqp_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	8pqp_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/8pqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/8pqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pqqC 8pqrC 8pqsC 8pqtC 8qc0C 8rh3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase

ヘテロ分子

35.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, The corresponding mass of ~62kDa calculated from a calibration curve of Superdex 75 Increase 10/300 GL

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.573, 93.573, 63.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-351- HOH
2	1	B-229- HOH

#1: タンパク質	Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase 分子量: 17819.359 Da / 分子数: 2 / 変異: D62N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア) 株: PCC 7203 / 遺伝子: Chro_1188 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: K9TVX3
#2: 化合物	ChemComp-IMH / 1,4-DIDEOXY-4-AZA-1-(S)-(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9-YL)-D-RIBITOL / Forodesine / Immucillin H / インムシリンH 分子量: 266.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 28% v/v PEG Smear Broad; 0.1 M Sodium Phosphate pH 6.2; 0.2 M Sodium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.709→49.8 Å / Num. obs: 34700 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 16.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.094 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1649 / CC_1/2: 0.4 / R_rim(I) all: 2.464 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
PHASER	2.8.3	位相決定
autoPROC	1.0.5	data processing
autoPROC	1.0.5	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.709→49.799 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2122	1665	4.88 %
R_work	0.1866	-	-
obs	0.1879	34134	97.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.709→49.799 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2485	0	19	93	2597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2570
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.838	3497
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.247	1527
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	454

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.709-1.7593	0.4342	141	0.425	2142	X-RAY DIFFRACTION	79
1.7593-1.8161	0.4181	135	0.3846	2622	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8161-1.881	0.3403	143	0.3204	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.881-1.9563	0.2584	122	0.236	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9563-2.0454	0.2788	123	0.2202	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0454-2.1532	0.2615	127	0.2193	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1532-2.2881	0.2508	152	0.214	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2881-2.4648	0.2653	149	0.2278	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4648-2.7128	0.281	133	0.2282	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7128-3.1053	0.2483	150	0.2179	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1053-3.9121	0.2093	151	0.1869	2804	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1689	0.5251	0.6855	2.3881	0.3212	2.3145	-0.0432	0.0362	-0.0476	-0.1142	-0.1143	-0.0639	0.3422	0.1527	0.1428	0.4566	0.0268	0.1107	0.3888	0.0744	0.5494	1.6031	-22.883	-3.6816
2	2.6492	0.2649	0.0747	1.847	0.0284	0.6415	0.5125	-0.655	-0.833	0.0532	-0.2966	-0.5086	0.6092	-0.153	-0.2078	0.7891	-0.2194	-0.107	0.5645	0.1722	0.5623	-8.3509	-48.2633	8.0511
3	3.6126	-1.7622	0.3472	3.9931	1.2582	0.894	0.0778	1.2744	-0.9158	0.9046	-0.2234	-1.2483	0.8865	0.2486	-0.2344	1.2962	0.0487	-0.2125	1.1835	-0.2716	0.9532	-5.8854	-46.042	-7.8511
4	2.7843	-0.1259	-0.0618	5.6209	-2.6664	8.1716	0.3445	0.0514	-0.5922	-1.3052	-0.1169	-0.3575	0.6625	0.1683	-0.193	1.1522	-0.0673	-0.1509	0.416	-0.0128	0.6533	-15.496	-52.1944	-7.2762
5	3.8895	0.4618	0.7292	2.6208	-0.5145	2.2734	0.3323	-1.0603	-0.3185	0.0285	-0.1766	0.1215	0.1311	-0.3269	-0.1899	0.6997	-0.3367	-0.066	0.7796	0.1355	0.3671	-21.2167	-41.8722	13.186
6	3.6168	0.5579	1.3222	5.0447	-0.4788	3.6321	0.2174	-0.3741	-0.0665	0.4272	-0.3187	-0.4344	0.5166	-0.0277	0.1142	0.483	-0.0288	0.0093	0.4019	0.0623	0.4438	2.6506	-26.6462	10.7557
7	3.247	-2.0581	-4.8872	3.7154	1.502	8.3327	-0.9482	-1.776	-0.2671	0.8024	0.4245	0.1036	0.8949	0.2179	0.3832	0.5909	0.0515	-0.0474	0.7858	0.0464	0.6328	-1.9237	-18.0845	18.1435
8	2.8144	2.3281	-3.4581	5.9087	-2.139	4.444	0.0198	-0.7472	0.2997	0.252	-0.1808	-0.3938	-0.1623	0.1696	0.0242	0.4895	-0.0318	-0.0692	0.5174	-0.0627	0.5583	-7.3334	-11.0236	14.4918

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 69 through 155 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 2 through 43 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 44 through 51 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 52 through 68 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 69 through 155 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 2 through 33 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 34 through 51 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 52 through 68 )

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