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- PDB-8pqp: Nucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pqp
タイトルNucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 D62N Mutant bound to ImmH-Forodesine
要素Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
キーワードPROTEIN BINDING / Complex / Transferase / ImmH-Forodesine / Mutant
機能・相同性5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / : / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / transferase activity / metal ion binding / Chem-IMH / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.709 Å
データ登録者Tang, P. / Harding, C.J. / Czekster, M.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other privateSBS0-YGS014 英国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Snapshots of the Reaction Coordinate of a Thermophilic 2'-Deoxyribonucleoside/ribonucleoside Transferase.
著者: Tang, P. / Harding, C.J. / Dickson, A.L. / da Silva, R.G. / Harrison, D.J. / Czekster, C.M.
履歴
登録2023年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9053
ポリマ－35,6392
非ポリマー2661
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The corresponding mass of ~62kDa calculated from a calibration curve of Superdex 75 Increase 10/300 GL
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15610 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)93.573, 93.573, 63.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-351-

HOH

21B-229-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase


分子量: 17819.359 Da / 分子数: 2 / 変異: D62N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
株: PCC 7203 / 遺伝子: Chro_1188 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: K9TVX3
#2: 化合物 ChemComp-IMH / 1,4-DIDEOXY-4-AZA-1-(S)-(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9-YL)-D-RIBITOL / Forodesine / Immucillin H


分子量: 266.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% v/v PEG Smear Broad; 0.1 M Sodium Phosphate pH 6.2; 0.2 M Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.709→49.8 Å / Num. obs: 34700 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 16.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.094 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1649 / CC1/2: 0.4 / Rrim(I) all: 2.464 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158精密化
PHASER2.8.3位相決定
autoPROC1.0.5data processing
autoPROC1.0.5データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.709→49.799 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2122 1665 4.88 %
Rwork0.1866 --
obs0.1879 34134 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.709→49.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2485 0 19 93 2597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8383497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2471527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.709-1.75930.43421410.4252142X-RAY DIFFRACTION79
1.7593-1.81610.41811350.38462622X-RAY DIFFRACTION97
1.8161-1.8810.34031430.32042732X-RAY DIFFRACTION100
1.881-1.95630.25841220.2362755X-RAY DIFFRACTION100
1.9563-2.04540.27881230.22022750X-RAY DIFFRACTION100
2.0454-2.15320.26151270.21932741X-RAY DIFFRACTION100
2.1532-2.28810.25081520.2142729X-RAY DIFFRACTION100
2.2881-2.46480.26531490.22782757X-RAY DIFFRACTION100
2.4648-2.71280.2811330.22822767X-RAY DIFFRACTION100
2.7128-3.10530.24831500.21792760X-RAY DIFFRACTION100
3.1053-3.91210.20931510.18692804X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.16890.52510.68552.38810.32122.3145-0.04320.0362-0.0476-0.1142-0.1143-0.06390.34220.15270.14280.45660.02680.11070.38880.07440.54941.6031-22.883-3.6816
22.64920.26490.07471.8470.02840.64150.5125-0.655-0.8330.0532-0.2966-0.50860.6092-0.153-0.20780.7891-0.2194-0.1070.56450.17220.5623-8.3509-48.26338.0511
33.6126-1.76220.34723.99311.25820.8940.07781.2744-0.91580.9046-0.2234-1.24830.88650.2486-0.23441.29620.0487-0.21251.1835-0.27160.9532-5.8854-46.042-7.8511
42.7843-0.1259-0.06185.6209-2.66648.17160.34450.0514-0.5922-1.3052-0.1169-0.35750.66250.1683-0.1931.1522-0.0673-0.15090.416-0.01280.6533-15.496-52.1944-7.2762
53.88950.46180.72922.6208-0.51452.27340.3323-1.0603-0.31850.0285-0.17660.12150.1311-0.3269-0.18990.6997-0.3367-0.0660.77960.13550.3671-21.2167-41.872213.186
63.61680.55791.32225.0447-0.47883.63210.2174-0.3741-0.06650.4272-0.3187-0.43440.5166-0.02770.11420.483-0.02880.00930.40190.06230.44382.6506-26.646210.7557
73.247-2.0581-4.88723.71541.5028.3327-0.9482-1.776-0.26710.80240.42450.10360.89490.21790.38320.59090.0515-0.04740.78580.04640.6328-1.9237-18.084518.1435
82.81442.3281-3.45815.9087-2.1394.4440.0198-0.74720.29970.252-0.1808-0.3938-0.16230.16960.02420.4895-0.0318-0.06920.5174-0.06270.5583-7.3334-11.023614.4918
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 69 through 155 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 2 through 43 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 44 through 51 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 52 through 68 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 69 through 155 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 2 through 33 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 34 through 51 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 52 through 68 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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