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Yorodumi- PDB-8pqp: Nucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis therm... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8pqp | ||||||
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Title | Nucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 D62N Mutant bound to ImmH-Forodesine | ||||||
Components | Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Complex / Transferase / ImmH-Forodesine / Mutant | ||||||
Function / homology | deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / : / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / transferase activity / Chem-IMH / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.709 Å | ||||||
Authors | Tang, P. / Harding, C.J. / Czekster, M.C. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2024 Title: Snapshots of the Reaction Coordinate of a Thermophilic 2'-Deoxyribonucleoside/ribonucleoside Transferase. Authors: Tang, P. / Harding, C.J. / Dickson, A.L. / da Silva, R.G. / Harrison, D.J. / Czekster, C.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8pqp.cif.gz | 142.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8pqp.ent.gz | 112.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8pqp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/8pqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/8pqp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8pqqC 8pqrC 8pqsC 8pqtC 8qc0C 8rh3C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17819.359 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D62N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (bacteria) Strain: PCC 7203 / Gene: Chro_1188 / Production host: Escherichia coli B (bacteria) / References: UniProt: K9TVX3 #2: Chemical | ChemComp-IMH / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 28% v/v PEG Smear Broad; 0.1 M Sodium Phosphate pH 6.2; 0.2 M Sodium Chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: May 31, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.709→49.8 Å / Num. obs: 34700 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 16.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 21.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.71→1.74 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.094 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1649 / CC1/2: 0.4 / Rrim(I) all: 2.464 / % possible all: 95.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.709→49.799 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.709→49.799 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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