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- PDB-8pq7: The Potato Late Blight pathogen (Phytophthora infestans) effector... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pq7
タイトルThe Potato Late Blight pathogen (Phytophthora infestans) effector protein Pi04134 in complex with potato protein phosphatase type 1c (PP1c).
要素
  • RxLR effector protein PexRD24
  • Serine/threonine-protein phosphatase
キーワードPLANT PROTEIN / protein complex / plant pathogen interactions / effector protein / phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleoplasm / host cell nucleolus / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RXLR phytopathogen effector protein / RXLR phytopathogen effector protein, Avirulence activity / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / : / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 ...RXLR phytopathogen effector protein / RXLR phytopathogen effector protein, Avirulence activity / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / : / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RxLR effector protein PexRD24 / Serine/threonine-protein phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
Phytophthora infestans (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bentham, A.R. / Banfield, M.J.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
John Innes Foundation 英国
UK Research and Innovation (UKRI)BB/M011216/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012574 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/J/000PR9797 英国
引用ジャーナル: Mol.Plant Microbe Interact. / 年: 2024
タイトル: The WY Domain of an RxLr Effector Drives Interactions with a Host Target Phosphatase to Mimic Host Regulatory Proteins and Promote Phytophthora infestans Infection.
著者: Bentham, A.R. / Wang, W. / Trusch, F. / Varden, F.A. / Birch, P.R.J. / Banfield, M.J.
履歴
登録2023年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_validate_planes
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.22024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase
B: RxLR effector protein PexRD24
C: Serine/threonine-protein phosphatase
D: RxLR effector protein PexRD24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,50811
ポリマ－88,1024
非ポリマー4067
水3,801211
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase
B: RxLR effector protein PexRD24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2235
ポリマ－44,0512
非ポリマー1723
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16500 Å2
手法PISA
2
C: Serine/threonine-protein phosphatase
D: RxLR effector protein PexRD24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2856
ポリマ－44,0512
非ポリマー2344
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.492, 57.036, 59.015
Angle α, β, γ (deg.)84.35, 86.49, 89.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase


分子量: 33600.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 遺伝子: 102587690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1C5B8
#2: タンパク質 RxLR effector protein PexRD24


分子量: 10450.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phytophthora infestans (真核生物)
遺伝子: PexRD24, PITG_04314 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0N0Z8
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium fluoride, 0.1 M BIS-TRIS propose pH 8.5, 20 % PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91188 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→58.62 Å / Num. obs: 40927 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 3300 / CC1/2: 0.84 / Rrim(I) all: 0.527

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5INB

5inb


解像度: 2.1→58.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 14.158 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25141 1979 4.8 %RANDOM
Rwork0.20246 ---
obs0.20482 38877 97.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.062 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.54 Å2-0.24 Å20.74 Å2
2---0.82 Å2-1.22 Å2
3---3.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→58.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5889 0 16 211 6116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0126024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.6528118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5471.5813368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0275726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.926534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.565101097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021400
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5052.2822916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5012.2822916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1074.083638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1074.0823639
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6692.5123108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6682.5143109
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2664.5044481
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.34523.066981
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.36323.056949
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 134 -
Rwork0.268 2843 -
obs--96.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.49950.9468-0.11133.1511-0.43171.91160.0168-0.3052-0.28850.2725-0.08460.22330.281-0.18440.06780.0804-0.03240.04720.05790.02830.078422.2242-32.54051.1786
22.2554-0.31221.18941.6058-1.34865.103-0.01780.36760.1503-0.1766-0.0388-0.0183-0.20270.19110.05660.0597-0.00750.01790.0860.00820.049724.7637-12.9245-20.2894
32.2535-0.98260.11472.5265-0.44292.16980.03620.26680.2436-0.2574-0.09310.0738-0.4488-0.14290.05690.1460.0377-0.03540.04290.02510.0447-5.49064.4393-20.1893
42.07730.2732-1.23141.7459-0.85975.63360.0668-0.2099-0.10920.1531-0.0824-0.05130.19650.14960.01550.0453-0.0129-0.04110.02320.01650.0831-2.3941-14.84420.0545
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 295
2X-RAY DIFFRACTION2B68 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 295
4X-RAY DIFFRACTION4D69 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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