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- PDB-8ppw: Structure of human PARK7 in complex with GK16S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ppw
タイトルStructure of human PARK7 in complex with GK16S
要素Parkinson disease protein 7
キーワードHYDROLASE / Parkinson disease protein 7 / cyanopyrrolidine / DJ-1
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / peptidyl-cysteine deglycation / peptidyl-arginine deglycation / peptidyl-lysine deglycation / protein deglycation, glyoxal removal / protein deglycation, methylglyoxal removal / : / detoxification of hydrogen peroxide ...tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / peptidyl-cysteine deglycation / peptidyl-arginine deglycation / peptidyl-lysine deglycation / protein deglycation, glyoxal removal / protein deglycation, methylglyoxal removal / : / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of pyrroline-5-carboxylate reductase activity / positive regulation of tyrosine 3-monooxygenase activity / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / positive regulation of L-dopa decarboxylase activity / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of ubiquitin-specific protease activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of NAD(P)H oxidase activity / glycolate biosynthetic process / detection of oxidative stress / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / detoxification of mercury ion / protein deglycase / methylglyoxal metabolic process / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mercury ion binding / protein deglycase activity / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of dopamine biosynthetic process / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of superoxide dismutase activity / lactate biosynthetic process / : / cellular detoxification of aldehyde / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / protein deglycosylation / small protein activating enzyme binding / peroxiredoxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / detoxification of copper ion / negative regulation of protein acetylation / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of androgen receptor activity / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / membrane hyperpolarization / negative regulation of protein export from nucleus / regulation of androgen receptor signaling pathway / cupric ion binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / insulin secretion / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / oxygen sensor activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / hydrogen peroxide metabolic process / nuclear androgen receptor binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / cuprous ion binding / membrane depolarization / single fertilization / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / activation of protein kinase B activity / negative regulation of protein phosphorylation / SUMOylation of transcription cofactors / adult locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein binding / positive regulation of interleukin-8 production / mitochondrion organization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / adherens junction / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / Late endosomal microautophagy / kinase binding / PML body / mitochondrial intermembrane space
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-86F / Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Grethe, C. / Gersch, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GE 3110/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: N-Cyanopiperazines as Specific Covalent Inhibitors of the Deubiquitinating Enzyme UCHL1.
著者: Schmidt, M. / Grethe, C. / Recknagel, S. / Kipka, G.M. / Klink, N. / Gersch, M.
履歴
登録2023年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parkinson disease protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3252
ポリマ－20,0711
非ポリマー2531
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8490 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.823, 66.823, 177.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-423-

HOH

21A-475-

HOH

31A-503-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Parkinson disease protein 7 / Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinsonism-associated deglycase / Protein DJ-1 / DJ-1 / ...Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinsonism-associated deglycase / Protein DJ-1 / DJ-1 / Protein/nucleic acid deglycase DJ-1


分子量: 20071.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, protein deglycase
#2: 化合物 ChemComp-86F / (3~{S})-1-(iminomethyl)-~{N}-pent-4-ynyl-pyrrolidine-3-carboxamide


分子量: 253.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22.3% (v/v) PEG3350, 230 mM KNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→35.23 Å / Num. obs: 66541 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル解像度: 1.53→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 1.416 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2615 / CC1/2: 0.768 / Rrim(I) all: 1.458

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSVERSION Jan 31, 2020 BUILT=20200417データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→35.23 Å / SU ML: 0.191 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.8967
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1821 3335 5.01 %
Rwork0.1642 63206 -
obs0.1651 66541 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→35.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1354 0 15 217 1586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00661393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97261886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0615225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8372518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.550.37251670.37632615X-RAY DIFFRACTION98.83
1.55-1.580.3421380.29142619X-RAY DIFFRACTION98.68
1.58-1.60.2711280.25882594X-RAY DIFFRACTION98.84
1.6-1.630.2411250.21822679X-RAY DIFFRACTION99.08
1.63-1.650.22241410.19392608X-RAY DIFFRACTION98.96
1.65-1.680.21751400.19152624X-RAY DIFFRACTION99.07
1.68-1.720.2161560.20222615X-RAY DIFFRACTION99.25
1.72-1.750.24871540.22692636X-RAY DIFFRACTION99.22
1.75-1.790.21721410.20732590X-RAY DIFFRACTION99.2
1.79-1.830.26431390.20412613X-RAY DIFFRACTION99.42
1.83-1.880.21121260.18012653X-RAY DIFFRACTION99.5
1.88-1.930.1591280.18072684X-RAY DIFFRACTION99.33
1.93-1.980.18611290.16532633X-RAY DIFFRACTION99.68
1.98-2.050.19841540.17342613X-RAY DIFFRACTION99.64
2.05-2.120.21351350.17452651X-RAY DIFFRACTION99.68
2.12-2.210.17641800.1662605X-RAY DIFFRACTION99.86
2.21-2.310.1961160.1622691X-RAY DIFFRACTION99.65
2.31-2.430.17861370.15552624X-RAY DIFFRACTION99.89
2.43-2.580.15811390.16442658X-RAY DIFFRACTION99.89
2.58-2.780.22391070.16632689X-RAY DIFFRACTION99.93
2.78-3.060.15691360.1712643X-RAY DIFFRACTION99.89
3.06-3.50.17241530.1482620X-RAY DIFFRACTION99.39
3.5-4.410.14461430.13812626X-RAY DIFFRACTION99.32
4.41-35.230.18031230.15122623X-RAY DIFFRACTION98.18
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.327375788080.2932500471020.6540132671192.16242099152-0.2254548173334.8466918191-0.0796619467888-0.01466247129750.238225428759-0.0668419794003-0.0077888315168-0.072553797504-0.6854514812490.01278412440670.09773023382680.234126522402-0.0204040536044-0.0135969931050.1183916214820.004860000205970.202635461243-20.30521.46914.171
24.4332737695-0.8709412568720.0800780686494.03280994752-1.005684494321.88197342644-0.219852377373-0.2914073750510.642111270752-0.302389520569-0.1368914046650.399951203187-1.0216480163-0.6654272014130.3653376314470.3278690227760.0742217329523-0.03209814977760.195820736328-0.01293714484880.247795596788-26.57624.87112.417
32.84653415948-0.761481328355-0.7585936499963.4998163673-0.3373305113171.668582439630.0366156506327-0.05114843653840.646302207375-0.234445753207-0.1096287637850.219547213494-0.870254240997-0.4386258058860.06730410330350.446193752220.093016812456-0.05416787257860.233959635322-0.01174982786960.298940291709-28.61226.65311.773
44.563212867990.886944780323-0.2095628606171.85054709893-0.8203133130360.362167390666-0.0355281681505-0.259039638180.8550764794910.0368219481505-0.140872337226-0.00101786655317-1.13054477766-0.003249830431240.1758913064110.517425936418-0.0534000716352-0.05192359119250.1809740815070.01541531918620.346990175894-16.72328.85710.944
58.91786665672-1.08421502807-0.1997169539218.30133895397-3.63531236026.985440260870.1171398514520.8674164416060.108664836488-1.57559864055-0.07716121745970.599294594127-0.222893014867-0.505558416499-0.07568321757750.4096777244040.0279479457188-0.06465236092870.3104172183010.01616420578660.242770385089-23.51323.574-2.072
61.80153835123-3.98452964675-0.3912278047859.062571287570.9788438765090.09905519226190.3755932672770.791387696950.700874496711-0.742751265624-0.314369033031-0.702807727719-1.289411572870.442620214635-0.008556211846870.824852058176-0.06567007578320.03656415890830.2790946171680.1128242825880.526010397066-15.52635.7043.309
73.007829179861.319509999440.3773855620583.756456002370.1065852913382.02919981975-0.08433386117330.2693850037910.464089063884-0.138355486296-0.124518750365-0.20648977104-0.6536455482260.4222056422470.2102218560120.42521524013-0.1134929891640.003000565666940.2429146447390.08156596558770.281367878011-10.66925.3791.623
83.386799296070.7582033547-0.8631771335145.07909203354-1.567270773882.21180271133-0.02818899667890.3313557402490.12272176929-0.634164766258-0.240392367046-0.544887021313-0.228764973810.6912488134580.2905554179960.344165703595-0.07216389666790.07496337230790.3038119479670.07064738788630.274310918425-6.89719.1050.126
94.266598500113.247915523921.976018176376.948766616463.138186064366.71032486405-0.02722959214-0.1099243953680.156683943253-0.0558665352352-0.027775559824-0.326303287193-0.5273125705340.5334780692830.08036026334480.179563552876-0.0739271626881-0.0082565392730.2134891406060.03700997261370.200168171381-10.10518.67615.526
102.38686125911-0.3613778774381.272436628051.08358472943-0.2542882028216.29516296312-0.207532332549-0.0456296656173-0.0511455131013-0.2877149208230.168007424419-0.156134704105-0.04691761377360.5695299561720.06437381496560.199443823668-0.07169402219170.01346078730310.2185039852740.0188402225240.194260694157-9.5414.48221.043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:28 )A3 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 29:47 )A29 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 48:64 )A48 - 64
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 65:75 )A65 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 76:85 )A76 - 85
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 86:97 )A86 - 97
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 98:126 )A98 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 127:157 )A127 - 157
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 158:173 )A158 - 173
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 174:188 )A174 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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