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- PDB-8pps: Dimeric RbdA EAL, in apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pps
タイトルDimeric RbdA EAL, in apo state
要素EAL domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Phosphodiesterase / Dimeric / Magnesium bound
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of single-species biofilm formation / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain ...: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / EAL domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cordery, C.R. / Maly, M. / Walsh, M.A. / Tews, I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Diamond Light Source 英国
University of Southampton 英国
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Control of phosphodiesterase activity in the regulator of biofilm dispersal RbdA from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Cordery, C. / Craddock, J. / Maly, M. / Basavaraja, K. / Webb, J.S. / Walsh, M.A. / Tews, I.
履歴
登録2023年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22024年11月27日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EAL domain-containing protein
B: EAL domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,04914
ポリマ－60,2272
非ポリマー82212
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Checked with PDBePISA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.400, 65.720, 172.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 546 - 797 / Label seq-ID: 18 - 269

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 EAL domain-containing protein


分子量: 30113.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA0861 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I580

-
非ポリマー , 5種, 200分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100mM Tris and BICINE pH 9 34% (w/v) ethylene glycol and PEG 8000 mix

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.04 Å / Num. obs: 31120 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 60.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 0.999 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 1890 / CC1/2: 0.665 / Rrim(I) all: 0.918 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP11.7.03位相決定
Coot0.9.8.7モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→46.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.228 / WRfactor Rwork: 0.176 / SU B: 14.806 / SU ML: 0.171 / Average fsc free: 0.9548 / Average fsc work: 0.9692 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.21 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 1495 4.804 %
Rwork0.1839 29625 -
all0.186 --
obs-31120 93.496 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 58.816 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.679 Å20 Å20 Å2
2---1.625 Å20 Å2
3----2.054 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3957 0 50 188 4195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0124122
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.6525576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5311.5669131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0845507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.405538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.03610692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.89910192
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1890.23533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.22019
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.22262
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1130.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2660.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1590.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.194.2692025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.194.2692025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1227.6612533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1217.6622534
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7764.8932097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7754.8932098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.4788.6943043
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.4778.6943044
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.30742.0384527
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.31741.8924506
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.130.057613
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.129750.05008
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.129750.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.3-2.360.304940.32218020.32124160.9010.90978.47680.301
2.36-2.4250.3031000.28919560.2923330.9280.93388.12690.264
2.425-2.4950.3091060.27121060.27323120.9250.94495.67470.24
2.495-2.5710.31040.23620540.23922240.9440.96197.03240.204
2.571-2.6550.27890.21319900.21521540.9540.9796.51810.178
2.655-2.7480.226830.17619370.17820930.9620.98196.51220.146
2.748-2.8510.276710.18718800.1920230.9660.97896.44090.154
2.851-2.9670.247810.17418320.17719730.9620.98296.95890.142
2.967-3.0990.236890.17117100.17418700.9640.98296.20320.147
3.099-3.2490.2681000.18316160.18817910.9590.97895.81240.161
3.249-3.4240.241890.17815540.18117250.9620.98295.24640.163
3.424-3.6310.215870.1814370.18216110.9760.98294.59960.168
3.631-3.8790.226620.17714040.17915450.9660.98494.88670.17
3.879-4.1880.217660.15112930.15414390.9730.98794.44060.149
4.188-4.5840.202740.15211700.15513360.9760.98693.11380.158
4.584-5.1180.278580.17110760.17612170.9580.98493.180.182
5.118-5.8980.239340.1899640.1910760.9690.98492.75090.199
5.898-7.1940.215390.1848200.1859360.9720.98191.77350.196
7.194-10.0520.133340.1446390.1437340.9890.98791.68940.17
10.052-46.040.228350.233850.234720.9660.96288.98310.284
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35890.23950.44541.04680.56981.4798-0.1054-0.0674-0.07530.0526-0.05550.00720.18710.00040.1610.05180.0410.03650.1836-0.01470.0477.1809-23.462-1.9846
21.85440.025-0.80172.1848-0.08671.9731-0.04640.0664-0.0615-0.0375-0.01340.0427-0.0209-0.06830.05970.19770.01580.09970.0060.00390.055824.5943-35.9842-40.9084
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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