PDB-8pp5: Unitary crystal structure of positively supercharged ferritin var...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pp5

タイトル

Unitary crystal structure of positively supercharged ferritin variant Ftn(pos)-m1 (Mg Formate condition)

要素

Ferritin heavy chain, N-terminally processed

キーワード

OXIDOREDUCTASE / protein design / protein engineering / protein interfaces / superlattice / nanocage / ferritin / protein container / charged nanocage

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lang, L. / Beck, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2024
タイトル: Assembly Requirements for the Construction of Large-Scale Binary Protein Structures.
著者: Lang, L. / Bohler, H. / Wagler, H. / Beck, T.

履歴

登録	2023年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pp5.cif.gz	438.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pp5.ent.gz	352.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pp5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pp5_validation.pdf.gz	458 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pp5_full_validation.pdf.gz	459.8 KB	表示
XML形式データ	8pp5_validation.xml.gz	45.1 KB	表示
CIF形式データ	8pp5_validation.cif.gz	66.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/8pp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/8pp5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pp2C 8pp3C 8pp4C 6h6u C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (14) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

B: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

C: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

D: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

E: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

F: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

ヘテロ分子

122 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

B: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

C: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

D: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

E: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

F: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

B: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

C: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

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E: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

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A: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

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B: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

C: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

D: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

E: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

F: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法
489 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.898, 126.898, 187.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-415- HOH
2	1	C-423- HOH
3	1	D-419- HOH

#1: タンパク質	Ferritin heavy chain, N-terminally processed 分子量: 20302.033 Da / 分子数: 6 / 変異: C90K, N98R, C102K, H105K N25R, N109K, D123K, E162R / 由来タイプ: 組換発現詳細: Ftn-pos-m1, positively charged human heavy chain ferritin with one crystal contact mutation reverted. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / プラスミド: pET-22b(+) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold / 参照: UniProt: P02794
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 916 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: reservoir: 0.19M Magnesium Formate Ftn(pos)-m1: 4 mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 0.9 M NaCl 2microliter reservoir + 1microliter Ftn(pos)-m1 +1 microliterL 50mM Tris pH 7.5 0.3 M NaCl Temp details: held constant

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→105.09 Å / Num. obs: 145913 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 10.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.174 / R_pim(I) all: 0.082 / R_rim(I) all: 0.193 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.61-105.09	11.1	0.058	932	0.997	0.027	0.064
1.75-1.78	6.4	3.671	6557	0.184	2.24	4.335

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データスケーリング
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→105.086 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.186 / WR_factor R_work: 0.156 / SU B: 3.105 / SU ML: 0.084 / Average fsc free: 0.9755 / Average fsc work: 0.9841 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1925	4906	4.926 %
R_work	0.1603	94696	-
all	0.162	-	-
obs	-	99602	99.991 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.449 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.545 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.545 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→105.086 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8568	0	10	916	9494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	8746
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.507	1.66	11733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.514	1.594	19096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.605	5	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.773	5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.558	10	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.117	10	481
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	10236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	7001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	4238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	4652
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.03	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.182	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.39	2.541	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.383	2.541	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.366	4.556	5150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.366	4.556	5151
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.165	3.041	4619
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.165	3.041	4620
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.464	5.332	6583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.463	5.332	6584
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.412	27.911	10463
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.371	26.96	10178

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.253	410	0.221	6960	0.222	7371	0.958	0.969	99.9864	0.216
2.052-2.108	0.243	321	0.193	6815	0.195	7136	0.964	0.976	100	0.185
2.108-2.169	0.212	354	0.176	6618	0.178	6972	0.969	0.981	100	0.166
2.169-2.236	0.211	315	0.168	6501	0.17	6816	0.973	0.983	100	0.157
2.236-2.309	0.198	343	0.162	6182	0.164	6525	0.976	0.984	100	0.15
2.309-2.39	0.206	318	0.157	6003	0.16	6322	0.975	0.986	99.9842	0.144
2.39-2.48	0.21	253	0.159	5870	0.161	6123	0.975	0.986	100	0.144
2.48-2.582	0.198	275	0.146	5619	0.149	5894	0.978	0.988	100	0.134
2.582-2.696	0.199	253	0.147	5447	0.149	5700	0.978	0.988	100	0.135
2.696-2.828	0.198	242	0.148	5157	0.15	5399	0.976	0.988	100	0.137
2.828-2.981	0.18	231	0.15	4897	0.152	5128	0.982	0.987	100	0.142
2.981-3.161	0.193	263	0.159	4627	0.161	4890	0.981	0.987	100	0.153
3.161-3.379	0.192	223	0.171	4324	0.172	4547	0.978	0.985	100	0.165
3.379-3.65	0.191	196	0.17	4074	0.171	4270	0.981	0.987	100	0.167
3.65-3.998	0.178	269	0.154	3655	0.156	3924	0.983	0.989	100	0.153
3.998-4.469	0.15	189	0.128	3382	0.129	3571	0.986	0.991	100	0.13
4.469-5.159	0.157	145	0.129	3003	0.13	3148	0.989	0.993	100	0.134
5.159-6.314	0.234	159	0.183	2487	0.186	2647	0.979	0.987	99.9622	0.185
6.314-8.914	0.185	89	0.16	1971	0.161	2061	0.986	0.988	99.9515	0.169
8.914-105.086	0.188	58	0.216	1104	0.214	1167	0.98	0.96	99.5715	0.249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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