PDB-8pp4: Binary crystal structure of positively supercharged ferritin vari...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pp4

タイトル

Binary crystal structure of positively supercharged ferritin variant Ftn(pos) and reduced charge negatively supercharged ferritin variant Ftn(neg)-m3 (Mg formate condition)

要素

(Ferritin heavy ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / protein design / protein engineering / protein interfaces / superlattice / nanocage / ferritin / protein container / charged nanocage

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.999 Å

データ登録者

Lang, L. / Beck, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2024
タイトル: Assembly Requirements for the Construction of Large-Scale Binary Protein Structures.
著者: Lang, L. / Bohler, H. / Wagler, H. / Beck, T.

履歴

登録	2023年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pp4.cif.gz	842.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pp4.ent.gz	683.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pp4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/8pp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/8pp4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8pp2C 8pp3C 8pp5C 5jkl 6h6t C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (14) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin heavy chain

B: Ferritin heavy chain

C: Ferritin heavy chain

D: Ferritin heavy chain

E: Ferritin heavy chain

F: Ferritin heavy chain

G: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

H: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

I: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

J: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

K: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

L: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

ヘテロ分子

257 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Ferritin heavy chain

B: Ferritin heavy chain

C: Ferritin heavy chain

D: Ferritin heavy chain

E: Ferritin heavy chain

F: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain

B: Ferritin heavy chain

C: Ferritin heavy chain

D: Ferritin heavy chain

E: Ferritin heavy chain

F: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain

B: Ferritin heavy chain

C: Ferritin heavy chain

D: Ferritin heavy chain

E: Ferritin heavy chain

F: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain

B: Ferritin heavy chain

C: Ferritin heavy chain

D: Ferritin heavy chain

E: Ferritin heavy chain

F: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, Correct nanocage size and shape observed., light scattering, DLS
518 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

H: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

I: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

J: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

K: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

L: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

ヘテロ分子

G: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

H: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

I: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

J: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

K: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

L: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

ヘテロ分子

G: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

H: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

I: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

J: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

K: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

L: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

ヘテロ分子

G: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

H: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

I: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

J: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

K: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

L: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, light scattering
511 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.039, 127.039, 176.961
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-203- CL
2	1	L-202- FE
3	1	L-203- CL
4	1	C-317- HOH
5	1	C-402- HOH
6	1	F-388- HOH
7	1	J-346- HOH

-
Ferritin heavy ... , 2種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein 分子量: 21499.246 Da / 分子数: 6 変異: A18K, C90K, N98R, C102K, H105K N25R, N109K, D123K, E162R 由来タイプ: 組換発現詳細: positively supercharged human heavy chain ferritin previously published in 5JKL/5JKM/6H6T 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / プラスミド: pet22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: タンパク質	Ferritin heavy chain, N-terminally processed 分子量: 21181.443 Da / 分子数: 6 / 変異: A18E / 由来タイプ: 組換発現詳細: Human Heavy chain ferritin with 1 mutation introducing a glutamate on residue 18. Subvariant of supercharged ferritin from the previously published structure 5JKL/5JKM/6H6T 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / プラスミド: pet22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: P02794

#1: タンパク質

Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein

分子量: 21499.246 Da / 分子数: 6
変異: A18K, C90K, N98R, C102K, H105K N25R, N109K, D123K, E162R
由来タイプ: 組換発現
詳細: positively supercharged human heavy chain ferritin previously published in 5JKL/5JKM/6H6T
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / プラスミド: pet22b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase

#2: タンパク質

Ferritin heavy chain, N-terminally processed

分子量: 21181.443 Da / 分子数: 6 / 変異: A18E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human Heavy chain ferritin with 1 mutation introducing a glutamate on residue 18. Subvariant of supercharged ferritin from the previously published structure 5JKL/5JKM/6H6T
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / プラスミド: pet22b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: P02794

-
非ポリマー , 4種, 920分子

#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: reservoir: 0.19M Magnesium FormateFtn(pos): 4 mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 1 M NaClFtn(Wildtype): 4mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 0.3 M NaCl2 uL reservoir + 1uL Ftn(pos) + 1uL Ftn(neg)-m3 added to ...詳細: reservoir: 0.19M Magnesium FormateFtn(pos): 4 mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 1 M NaClFtn(Wildtype): 4mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 0.3 M NaCl2 uL reservoir + 1uL Ftn(pos) + 1uL Ftn(neg)-m3 added to coverslide in this order. Temp details: held constant

結晶

マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.88 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: reservoir: 0.19M Magnesium FormateFtn(pos): 4 mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 1 M NaClFtn(Wildtype): 4mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 0.3 M NaCl2 uL reservoir + 1uL Ftn(pos) + 1uL Ftn(neg)-m3 added to ...
Temp details: held constant

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→49.356 Å / Num. obs: 188549 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
10.95-49.31	1.9	0.014	1166	0.999	0.014	0.02
2-2.03	2	0.392	9193	0.749	0.392	0.555

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
XDS		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
REFMAC	5.8.0267	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.999→49.356 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 4.083 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2207	9438	5.006 %
R_work	0.1814	179110	-
all	0.183	-	-
obs	-	188548	99.872 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.171 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.898 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.898 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.796 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.999→49.356 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17107	0	24	896	18027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	17660
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	16461
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.641	23765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.434	1.593	37999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.881	5	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.968	23.403	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.932	15	3358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.79	15	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	20241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	3771
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	14281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	8442
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	7613
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.005	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.078	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	350
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.698	3.37	8349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.693	3.369	8347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.642	5.041	10447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.639	5.04	10447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.732	3.789	9310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.732	3.789	9311
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.614	5.523	13307
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.614	5.523	13308
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.802	39.187	20354
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.812	39.049	20127

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.999-2.051	0.288	695	0.256	13138	X-RAY DIFFRACTION	99.3322
2.051-2.107	0.272	659	0.232	12907	X-RAY DIFFRACTION	99.9779
2.107-2.168	0.266	668	0.21	12527	X-RAY DIFFRACTION	99.9773
2.168-2.235	0.274	619	0.214	12211	X-RAY DIFFRACTION	99.9922
2.235-2.308	0.25	579	0.194	11895	X-RAY DIFFRACTION	99.984
2.308-2.389	0.236	671	0.188	11329	X-RAY DIFFRACTION	99.9084
2.389-2.48	0.242	591	0.195	11024	X-RAY DIFFRACTION	99.8281
2.48-2.581	0.25	563	0.189	10561	X-RAY DIFFRACTION	99.982
2.581-2.695	0.24	471	0.192	10259	X-RAY DIFFRACTION	99.9721
2.695-2.827	0.24	527	0.184	9722	X-RAY DIFFRACTION	99.9707
2.827-2.98	0.214	503	0.178	9246	X-RAY DIFFRACTION	99.9897
2.98-3.161	0.225	463	0.199	8809	X-RAY DIFFRACTION	99.9784
3.161-3.379	0.258	429	0.202	8196	X-RAY DIFFRACTION	99.9073
3.379-3.649	0.249	367	0.192	7708	X-RAY DIFFRACTION	99.6914
3.649-3.997	0.188	387	0.163	7060	X-RAY DIFFRACTION	99.9597
3.997-4.469	0.167	379	0.134	6334	X-RAY DIFFRACTION	99.9702
4.469-5.16	0.167	287	0.129	5671	X-RAY DIFFRACTION	99.8827
5.16-6.318	0.209	261	0.17	4778	X-RAY DIFFRACTION	99.9207
6.318-8.93	0.174	198	0.147	3699	X-RAY DIFFRACTION	99.7951
8-49.31	0.176	121	0.217	2036	X-RAY DIFFRACTION	98.1793

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関連情報:EMDBヘッダ

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