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万見
- PDB-8pp3: Binary crystal structure of positively supercharged ferritin vari... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pp3
タイトルBinary crystal structure of positively supercharged ferritin variant Ftn(pos) and crystal contact tuned negatively supercharged ferritin variant Ftn(neg)-m1 (Mg formate condition)
要素(Ferritin heavy ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein design / protein engineering / protein interfaces / superlattice / nanocage / ferritin / protein container / charged nanocage
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / autophagosome / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Lang, L. / Beck, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)2056 ドイツ
引用ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2024
タイトル: Assembly Requirements for the Construction of Large-Scale Binary Protein Structures.
著者: Lang, L. / Bohler, H. / Wagler, H. / Beck, T.
履歴
登録2023年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,86830
ポリマ－256,78112
非ポリマー1,08718
水17,583976
1
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)518,79664
ポリマ－515,98224
非ポリマー2,81440
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area99310 Å2
ΔGint-671 kcal/mol
Surface area146320 Å2
手法PISA
2
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)512,67556
ポリマ－511,14024
非ポリマー1,53532
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area95730 Å2
ΔGint-720 kcal/mol
Surface area139460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.007, 127.007, 175.193
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-384-

HOH

21C-388-

HOH

31L-356-

HOH

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要素

-
Ferritin heavy ... , 2種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 21499.246 Da / 分子数: 6
変異: A18K, C90K, N98R, C102K, H105K N25R, N109K, D123K, E162R
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / プラスミド: pet22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: タンパク質
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 21297.514 Da / 分子数: 6 / 変異: C90E, C102E, H105E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / プラスミド: pet22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase

-
非ポリマー , 4種, 994分子

#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 976 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: reservoir: 0.19M Magnesium FormateFtn(pos): 4 mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 1 M NaClFtn(Wildtype): 4mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 0.3 M NaCl2 uL reservoir + 1uL Ftn(pos) + 1uL Ftn(Wildtype) added to ...詳細: reservoir: 0.19M Magnesium FormateFtn(pos): 4 mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 1 M NaClFtn(Wildtype): 4mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 0.3 M NaCl2 uL reservoir + 1uL Ftn(pos) + 1uL Ftn(Wildtype) added to coverslide in this order.
Temp details: held stable

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→72.1 Å / Num. obs: 391240 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 5.7 % / Num. unique obs: 16153 / CC1/2: 0.135

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0267精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→59.774 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.022 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2413 16135 4.124 %
Rwork0.2185 375076 -
all0.22 --
obs-391211 97.689 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.427 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.518 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.518 Å2-0 Å2
3---1.036 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→59.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17100 0 38 976 18114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01317559
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01616396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.64123600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3991.59237817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.82452071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.02723.4661102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.733153331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.64915105
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.22124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0220056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024134
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.23686
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1660.214680
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.28428
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.27665
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0670.27
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0320.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1750.244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1060.289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6872.3898293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6852.3888291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2133.57510361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2113.57510361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6212.7059266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6212.7069267
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9733.9413239
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9733.9413240
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.74228.07220106
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.73327.97719938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.5900.36824524X-RAY DIFFRACTION82.9775
1.59-1.63300.3626080X-RAY DIFFRACTION90.3548
1.633-1.6810.3664510.34726366X-RAY DIFFRACTION95.8983
1.681-1.7320.32412790.3225791X-RAY DIFFRACTION99.2884
1.732-1.7890.30413300.28225066X-RAY DIFFRACTION99.9092
1.789-1.8520.28412120.25124276X-RAY DIFFRACTION99.9922
1.852-1.9220.28512440.23423419X-RAY DIFFRACTION99.9554
1.922-20.26211970.2222522X-RAY DIFFRACTION99.9831
2-2.0890.24511990.20721557X-RAY DIFFRACTION99.9605
2.089-2.1910.24211300.220621X-RAY DIFFRACTION99.9724
2.191-2.310.25110550.19919598X-RAY DIFFRACTION99.9806
2.31-2.450.2299540.19518639X-RAY DIFFRACTION99.9796
2.45-2.6190.2339160.19717451X-RAY DIFFRACTION99.9837
2.619-2.8290.2248400.20216318X-RAY DIFFRACTION99.9883
2.829-3.0990.2248260.20514963X-RAY DIFFRACTION99.943
3.099-3.4640.2387270.21213511X-RAY DIFFRACTION99.986
3.464-40.226000.19912020X-RAY DIFFRACTION99.9762
4-4.8980.2185220.18810155X-RAY DIFFRACTION99.9906
4.898-6.9240.243890.2257868X-RAY DIFFRACTION99.9637
6.924-59.7740.2562640.224331X-RAY DIFFRACTION99.7828

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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