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万見
- PDB-8poo: Low resolution structure of inactive conformation of the Ktr cati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8poo
タイトルLow resolution structure of inactive conformation of the Ktr cation channel in presence of ATP and c-di-AMP
要素
  • Ktr system potassium uptake protein A
  • Ktr system potassium uptake protein B
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ktr channel
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:chloride symporter activity / potassium ion transmembrane transporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. ...TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ktr system potassium uptake protein A / Ktr system potassium uptake protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.77 Å
データ登録者Cereija, T.B. / Teixeira-Duarte, C.M. / Morais-Cabral, J.H.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia ポルトガル
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: c-di-AMP determines the hierarchical organization of bacterial RCK proteins.
著者: Rocha, R. / Jorge, J.M.P. / Teixeira-Duarte, C.M. / Figueiredo-Costa, I.R. / Cereija, T.B. / Ferreira-Teixeira, P.F. / Herzberg, C. / Stulke, J. / Morais-Cabral, J.H.
履歴
登録2023年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Ktr system potassium uptake protein B
J: Ktr system potassium uptake protein B
A: Ktr system potassium uptake protein B
B: Ktr system potassium uptake protein B
C: Ktr system potassium uptake protein A
D: Ktr system potassium uptake protein A
E: Ktr system potassium uptake protein A
G: Ktr system potassium uptake protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,0418
ポリマ－322,0418
非ポリマー00
水00
1
I: Ktr system potassium uptake protein B
J: Ktr system potassium uptake protein B

C: Ktr system potassium uptake protein A
D: Ktr system potassium uptake protein A
E: Ktr system potassium uptake protein A
G: Ktr system potassium uptake protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,0986
ポリマ－225,0986
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
2
A: Ktr system potassium uptake protein B
B: Ktr system potassium uptake protein B
C: Ktr system potassium uptake protein A
D: Ktr system potassium uptake protein A
E: Ktr system potassium uptake protein A
G: Ktr system potassium uptake protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,0986
ポリマ－225,0986
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.795, 143.686, 160.669
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.372, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Ktr system potassium uptake protein B / K(+)-uptake protein KtrB


分子量: 48471.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: ktrB, yubG, BSU31100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32081
#2: タンパク質
Ktr system potassium uptake protein A / K(+)-uptake protein KtrA


分子量: 32038.717 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: ktrA, yuaA, BSU31090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32080

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5 700 mM KCl 24% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98013 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.77→49.53 Å / Num. obs: 15151 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 367.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 5.77→6.45 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.359 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4157 / CC1/2: 0.687 / Rpim(I) all: 0.561 / Rrim(I) all: 1.472 / Rsym value: 1.359 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 5.77→48 Å / SU ML: 1.3149 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 52.9843
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4256 1643 10.9 %
Rwork0.4047 13433 -
obs0.4069 15076 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 362.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.77→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20736 0 0 0 20736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003721148
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.635228724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04363512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00423536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.66657404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.77-5.940.42631070.43971020X-RAY DIFFRACTION90.67
5.94-6.140.50911240.46081148X-RAY DIFFRACTION99.61
6.14-6.350.46041180.46371154X-RAY DIFFRACTION99.84
6.35-6.610.4971740.45331076X-RAY DIFFRACTION99.68
6.61-6.910.44971220.4511128X-RAY DIFFRACTION99.92
6.91-7.270.45251490.46121124X-RAY DIFFRACTION99.84
7.27-7.720.47221250.45361139X-RAY DIFFRACTION99.84
7.73-8.320.43271540.42481112X-RAY DIFFRACTION99.84
8.32-9.150.40241530.40231130X-RAY DIFFRACTION99.84
9.15-10.460.38291390.35081118X-RAY DIFFRACTION99.45
10.47-13.130.38011470.35741121X-RAY DIFFRACTION99.06
13.14-480.46161310.41971163X-RAY DIFFRACTION98.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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