PDB-8pom: TEAD2 in complex with an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pom

タイトル

TEAD2 in complex with an inhibitor

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Inhibitor / TEAD / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell differentiation / Formation of axial mesoderm / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Guichou, J.F.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Development of LM-41 and AF-2112, two flufenamic acid-derived TEAD inhibitors obtained through the replacement of the trifluoromethyl group by aryl rings.
著者: Fnaiche, A. / Melin, L. / Suarez, N.G. / Paquin, A. / Vu, V. / Li, F. / Allali-Hassani, A. / Bolotokova, A. / Allemand, F. / Gelin, M. / Cotelle, P. / Woo, S. / LaPlante, S.R. / Barsyte- ...

履歴

登録	2023年7月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pom.cif.gz	189.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pom.ent.gz	149.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pom.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/8pom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/8pom	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p29C 8pojC 8ponC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.973, 61.422, 111.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.79, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 27489.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物	ChemComp-ZUP / 2-[[3-(2-phenylethoxy)phenyl]amino]pyridine-3-carboxylic acid 分子量: 334.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₈N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.8M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9697 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9697 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→71.2 Å / Num. obs: 37507 / % possible obs: 97.13 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.59
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 3441 / CC_1/2: 0.865

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→71.2 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2483	1870	5.01 %
R_work	0.2169	-	-
obs	0.2185	37349	97.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→71.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3329	0	56	43	3428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3493
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.147	4722
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.192	470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	502
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	604

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2	0.454	123	0.3863	2481	X-RAY DIFFRACTION	89
2-2.06	0.3862	126	0.3575	2561	X-RAY DIFFRACTION	91
2.06-2.13	0.3765	144	0.3529	2493	X-RAY DIFFRACTION	90
2.13-2.2	0.3308	139	0.2895	2697	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2-2.29	0.3451	124	0.2738	2788	X-RAY DIFFRACTION	99
2.29-2.4	0.3114	140	0.2717	2794	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4-2.52	0.2965	155	0.2701	2781	X-RAY DIFFRACTION	99
2.52-2.68	0.3448	162	0.3043	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
2.68-2.89	0.2881	160	0.2524	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.18	0.2892	147	0.2457	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.64	0.2332	139	0.1995	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4.58	0.1844	167	0.1645	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-71.2	0.2106	144	0.1822	2889	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9472	-0.8638	-1.2746	3.6297	1.3563	7.1154	-0.2667	0.1072	-0.3068	0.0816	-0.1951	0.0041	0.7851	-0.791	0.2025	0.3217	-0.092	0.0457	0.474	-0.0284	0.3107	-12.3539	-19.2586	32.9513
2	3.0651	-1.6036	-0.9798	1.7913	0.6765	4.1734	-0.017	-0.7095	-0.2333	0.8025	0.1776	-0.3293	0.6262	0.7587	-0.1918	0.5947	-0.0245	-0.0515	0.5951	0.0363	0.4192	-0.7255	-19.4539	40.2555
3	4.5666	2.6082	2.7412	3.4315	3.6618	6.3473	-0.1375	-0.8058	0.7552	0.2476	0.1327	-1.5806	-2.1947	1.9656	-0.3213	0.7631	-0.2027	-0.0208	0.8115	-0.2366	0.6572	2.9306	-5.0846	46.9153
4	5.207	-0.3577	-0.1203	3.4357	2.4589	4.6235	0.1164	0.3117	-0.3988	-0.1694	0.1099	-0.511	0.1353	-0.0094	-0.0534	0.4074	-0.0246	0.063	0.2547	0.0485	0.3792	-1.589	-19.2597	33.392
5	4.4284	-0.7352	-3.4337	2.1834	-0.3018	2.9258	0.1046	-0.0614	0.2663	0.3928	0.1961	0.21	-0.0466	-1.152	-0.1393	0.4489	-0.0131	0.032	0.6528	-0.036	0.3881	-15.9593	-12.2637	36.3325
6	9.0626	-0.0709	-5.9744	4.4428	1.7879	5.7515	0.2723	0.4915	0.9008	-0.3606	0.1851	-0.3881	-0.4625	-0.3276	-0.4765	0.4802	0.0509	0.0972	0.4755	0.1475	0.4711	-4.8227	-4.4046	34.955
7	6.3677	-2.372	-2.2965	2.5054	2.6844	3.2972	-0.4036	-0.4901	-1.1228	0.432	-0.2348	0.2297	0.6023	-1.0564	0.4427	0.4272	0.0046	-0.0283	0.9945	0.0664	0.4855	-19.696	-11.9214	35.13
8	4.9168	-4.8115	-1.9693	4.8905	2.107	5.4211	0.5881	0.7887	0.1137	-1.0656	-0.3193	-0.6167	-0.1905	-0.0638	-0.3155	0.4741	-0.0163	0.0826	0.5495	0.0366	0.5465	4.4614	-14.3996	19.5703
9	6.3567	-1.5234	-3.8547	1.9289	2.2213	6.8142	-0.0228	-0.2282	-0.0211	-0.0422	0.0623	-0.2974	-0.2056	0.0695	0.0414	0.4142	0.0094	-0.0078	0.313	0.0802	0.3777	-0.0079	-12.6546	36.2943
10	5.3252	-0.4557	-0.0096	7.3973	3.0979	3.109	-0.0209	-0.1346	-0.5191	0.3363	0.7077	-0.629	1.0738	0.613	-0.3989	0.5373	0.0029	0.0368	0.3774	0.0237	0.4663	0.2176	-24.7497	37.5122
11	7.8592	0.6626	1.744	4.6339	-0.7639	7.4117	-0.1108	0.7821	0.5721	-0.6615	0.3242	0.0116	0.0068	0.3044	-0.2243	0.3993	-0.0158	0.0347	0.4144	0.0765	0.4671	-9.7326	15.7836	26.0224
12	9.2763	0.7932	0.3915	1.5519	0.4525	1.6695	-0.1471	-0.372	0.522	-0.0488	0.1551	0.0671	-0.0338	-0.2035	-0.0004	0.4365	0.0396	0.028	0.3543	0.0817	0.428	-7.7168	13.2389	31.3061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 217 through 248 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 249 through 277 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 278 through 293 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 294 through 325 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 326 through 339 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 340 through 362 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 363 through 380 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 381 through 395 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 396 through 430 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 431 through 446 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 222 through 293 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 294 through 446 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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