PDB-8poj: TEAD2 in complex with an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8poj

タイトル

TEAD2 in complex with an inhibitor

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Inhibitor / TEAD / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell differentiation / Formation of axial mesoderm / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Guichou, J.F.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Development of LM-41 and AF-2112, two flufenamic acid-derived TEAD inhibitors obtained through the replacement of the trifluoromethyl group by aryl rings.
著者: Fnaiche, A. / Melin, L. / Suarez, N.G. / Paquin, A. / Vu, V. / Li, F. / Allali-Hassani, A. / Bolotokova, A. / Allemand, F. / Gelin, M. / Cotelle, P. / Woo, S. / LaPlante, S.R. / Barsyte- ...

履歴

登録	2023年7月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8poj.cif.gz	182.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8poj.ent.gz	144.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8poj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/8poj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/8poj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p29C 8pomC 8ponC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.146, 61.686, 79.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.35, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 27489.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: histidine tag at the c-terminus of the protein / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物	ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZUL / 4-fluoranyl-2-[(3-phenylphenyl)amino]benzoic acid 分子量: 307.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₄FNO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.8M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9697 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9697 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→48.39 Å / Num. obs: 31478 / % possible obs: 93.68 % / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.74
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / Num. unique obs: 1816 / CC_1/2: 0.572

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→48.39 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2684	1571	4.99 %
R_work	0.2173	-	-
obs	0.2199	31478	82.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→48.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3267	0	37	0	3304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3381
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	4562
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.637	453
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	582

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.52	0.4584	145	0.4167	2725	X-RAY DIFFRACTION	82
2.52-2.61	0.4087	145	0.3887	2785	X-RAY DIFFRACTION	85
2.61-2.72	0.3652	137	0.3501	2781	X-RAY DIFFRACTION	84
2.72-2.84	0.3936	160	0.3345	2656	X-RAY DIFFRACTION	83
2.84-2.99	0.3639	174	0.3173	2709	X-RAY DIFFRACTION	83
2.99-3.18	0.3144	132	0.2694	2730	X-RAY DIFFRACTION	83
3.18-3.43	0.265	119	0.2363	2796	X-RAY DIFFRACTION	84
3.43-3.77	0.2813	137	0.2028	2701	X-RAY DIFFRACTION	82
3.77-4.32	0.2798	135	0.1979	2695	X-RAY DIFFRACTION	82
4.32-5.44	0.1667	135	0.1593	2720	X-RAY DIFFRACTION	82
5.44-48.39	0.2576	152	0.1787	2609	X-RAY DIFFRACTION	80

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2558	1.5846	2.15	1.821	-0.3308	2.5482	0.2607	-0.3874	-0.086	0.1241	-0.2394	-0.1884	-0.0556	-0.3001	-0.0501	0.529	-0.0559	-0.0768	0.703	-0.039	0.5862	-30.8955	-11.903	28.1225
2	4.9327	0.8032	-1.6003	1.7162	0.7681	4.1805	-0.2819	-0.0472	-0.8462	-0.0742	0.1296	-0.2629	0.4445	-0.9306	0.1595	0.7269	-0.1338	-0.024	0.6812	0.0542	0.7284	-42.6083	-16.5321	22.3317
3	5.6224	-1.0469	0.258	1.2184	1.7354	4.9503	-0.3161	0.8769	0.5782	-0.8787	0.2885	-0.5309	-0.3952	1.0342	0.0702	0.7155	-0.0315	-0.0529	1.0009	0.0649	0.7295	-17.123	-3.1835	16.9148
4	2.473	-0.7204	-2.1065	3.2768	-0.4872	3.821	-0.6342	0.3295	-0.2245	-0.5354	0.2271	0.0982	-0.0879	0.1532	0.4015	0.5637	0.0481	-0.1272	0.3109	-0.0138	0.4984	-32.04	-12.9265	16.6562
5	1.4716	0.6976	0.8493	0.2416	-0.2295	2.2804	-0.041	-0.1138	0.3322	0.0195	-0.0705	0.0473	-0.2248	0.0006	0.2193	0.4257	0.0471	-0.1382	0.7083	0.0103	0.5658	-33.3419	-3.3811	25.572
6	4.7244	0.9339	-2.008	3.2764	-1.1328	2.2927	0.183	-0.1849	0.6372	0.0259	0.3879	0.4409	-0.7418	-0.351	-0.695	0.9183	0.2008	-0.0265	0.72	-0.0178	0.6139	-33.8862	3.2255	21.5907
7	3.2561	0.8231	0.963	1.0752	1.4396	3.4203	0.2144	-0.4387	-0.4109	0.0567	-0.1105	-0.1338	-0.155	-0.4953	-0.1311	0.5634	0.0095	0.0475	0.9669	0.0014	0.6006	-38.545	-5.8301	33.4669
8	6.1643	-2.0187	-2.4648	6.8421	4.0912	8.8558	-0.4912	0.5295	-0.4359	-0.2514	0.3002	1.5356	-0.597	-1.3188	0.1674	0.6375	0.0818	0.0165	0.6423	0.0798	0.6567	-41.3266	-8.3696	5.0792
9	2.1029	1.021	1.4003	0.5092	-0.2218	4.9834	-0.0548	-0.2153	0.2855	0.1591	0.0397	-0.1046	0.4709	0.3603	0.0655	0.5233	0.0968	-0.037	0.5495	-0.0206	0.6598	-28.5326	-6.3926	16.5553
10	5.2437	2.6602	-0.6314	3.986	-1.7234	4.4633	-0.037	-0.0147	-1.4596	-0.7573	0.1821	-0.7293	1.2864	0.1095	-0.0789	0.7984	0.054	-0.1787	0.611	-0.0242	0.6162	-27.1302	-18.4364	16.8531
11	6.1663	1.2204	-2.5314	3.3928	-0.8775	6.1471	0.1689	0.5648	-0.0307	-0.2778	0.3576	0.2993	-0.3728	-0.4436	-0.4211	0.7067	0.0746	0.1143	0.731	0.0749	0.709	-42.3088	22.3737	20.2502
12	4.0296	0.0553	-3.2847	1.0762	-0.2262	7.3493	0.1157	-0.4681	0.2598	0.1133	0.1717	0.1123	-0.2934	0.4787	-0.2426	0.717	0.0588	-0.0097	0.5624	-0.009	0.6905	-36.7381	19.6362	21.1346

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 219 through 238 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 239 through 266 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 267 through 293 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 294 through 325 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 326 through 351 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 352 through 362 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 363 through 380 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 381 through 395 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 396 through 430 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 431 through 446 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 222 through 293 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 294 through 446 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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