PDB-8pof: The crystal structure of RsSymEG1 reveals a unique form of smalle...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pof

タイトル

The crystal structure of RsSymEG1 reveals a unique form of smaller GH7 endoglucanases alongside GH7 cellobiohydrolases in protist symbionts of termites

要素

Putative glycosyl hydrolase family7

キーワード

HYDROLASE / GH7 / endoglucanase / cellulase

機能・相同性

Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / cellulase / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / cellulase

機能・相同性情報

生物種

Reticulitermes speratus gut symbiotic protist (ヤマトシロアリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Haataja, T. / Sandgren, M. / Hansson, H. / Stahlberg, J.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: The crystal structure of RsSymEG1 reveals a unique form of smaller GH7 endoglucanases alongside GH7 cellobiohydrolases in protist symbionts of termites.
著者: Haataja, T. / Hansson, H. / Moriya, S. / Sandgren, M. / Stahlberg, J.

履歴

登録	2023年7月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pof.cif.gz	127.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pof.ent.gz	98.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pof_validation.pdf.gz	421.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pof_full_validation.pdf.gz	421.2 KB	表示
XML形式データ	8pof_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	8pof_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/8pof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/8pof	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative glycosyl hydrolase family7

ヘテロ分子

34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.604, 114.604, 49.963
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-624- HOH

#1: タンパク質	Putative glycosyl hydrolase family7 分子量: 33954.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Reticulitermes speratus gut symbiotic protist (ヤマトシロアリ) 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: A4UWN6
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.03 M Sodium fluoride, 0.03 M Sodium bromide, 0.03 M Sodium iodide, 12% v/v PEG 500 MME, 6 % w/v PEG 20000, 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月21日 / 詳細: KB mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→45.8 Å / Num. obs: 27804 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1666 / CC_1/2: 0.821

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→45.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1866	1405	5.055 %
R_work	0.1659	26388	-
all	0.167	-	-
obs	-	27793	99.731 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.646 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.228 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.228 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.457 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2377	0	9	203	2589

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.015	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.226	1.645	3381
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.404	1.587	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.218	5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.246	24.018	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.173	15	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.06	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.149	0.2	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.067	0.2	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.008	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.127	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.171	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.926	2.119	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.924	2.118	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.48	3.172	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.481	3.172	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.37	2.213	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.37	2.214	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.206	3.259	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.205	3.259	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.62	25.215	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.508	24.973	2724

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.257	85	0.21	1902	X-RAY DIFFRACTION	98.9542
1.898-1.95	0.193	94	0.192	1901	X-RAY DIFFRACTION	99.8998
1.95-2.006	0.194	101	0.179	1867	X-RAY DIFFRACTION	99.8985
2.006-2.068	0.227	96	0.172	1763	X-RAY DIFFRACTION	99.8925
2.068-2.136	0.197	88	0.159	1736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.136-2.21	0.188	94	0.158	1671	X-RAY DIFFRACTION	99.9434
2.21-2.294	0.175	104	0.152	1629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.294-2.387	0.146	82	0.141	1543	X-RAY DIFFRACTION	99.9385
2.387-2.493	0.168	94	0.143	1500	X-RAY DIFFRACTION	99.9373
2.493-2.614	0.162	70	0.151	1430	X-RAY DIFFRACTION	99.8004
2.614-2.755	0.187	90	0.154	1337	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.755-2.922	0.195	65	0.164	1302	X-RAY DIFFRACTION	99.563
2.922-3.122	0.186	67	0.171	1207	X-RAY DIFFRACTION	99.7651
3.122-3.371	0.18	52	0.161	1149	X-RAY DIFFRACTION	99.8337
3.371-3.691	0.206	61	0.163	1036	X-RAY DIFFRACTION	99.5463
3.691-4.123	0.159	41	0.163	954	X-RAY DIFFRACTION	99.5996
4.123-4.755	0.204	47	0.158	830	X-RAY DIFFRACTION	98.9842
4.755-5.808	0.162	29	0.179	731	X-RAY DIFFRACTION	99.8686
5.808-8.148	0.202	27	0.207	570	X-RAY DIFFRACTION	99.6661
8.148-45.8	0.204	18	0.193	330	X-RAY DIFFRACTION	98.3051

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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