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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8poe | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of tissue-specific lipid scramblase ATG9B homotrimer, refined with C3 symmetry applied | ||||||||||||||||||
![]() | Autophagy-related protein 9B | ||||||||||||||||||
![]() | LIPID TRANSPORT / membrane protein / lipid scramblase / autophagy / phagopore / lipid transporter / Atg9 / Atg9B | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() phospholipid scramblase activity / programmed necrotic cell death / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / bone morphogenesis / reticulophagy / Macroautophagy / autophagosome assembly ...phospholipid scramblase activity / programmed necrotic cell death / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / bone morphogenesis / reticulophagy / Macroautophagy / autophagosome assembly / autophagosome / trans-Golgi network / recycling endosome membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Chiduza, G.N. / Pye, V.E. / Tooze, S.A. / Cherepanov, P. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: ATG9B is a tissue-specific homotrimeric lipid scramblase that can compensate for ATG9A. 著者: George N Chiduza / Acely Garza-Garcia / Eugenia Almacellas / Stefano De Tito / Valerie E Pye / Alexander R van Vliet / Peter Cherepanov / Sharon A Tooze / ![]() 要旨: Macroautophagy/autophagy is a fundamental aspect of eukaryotic biology, and the autophay-related protein ATG9A is part of the core machinery facilitating this process. In addition to ATG9A ...Macroautophagy/autophagy is a fundamental aspect of eukaryotic biology, and the autophay-related protein ATG9A is part of the core machinery facilitating this process. In addition to ATG9A vertebrates encode ATG9B, a poorly characterized paralog expressed in a subset of tissues. Herein, we characterize the structure of human ATG9B revealing the conserved homotrimeric quaternary structure and explore the conformational dynamics of the protein. Consistent with the experimental structure and computational chemistry, we establish that ATG9B is a functional lipid scramblase. We show that ATG9B can compensate for the absence of ATG9A in starvation-induced autophagy displaying similar subcellular trafficking and steady-state localization. Finally, we demonstrate that ATG9B can form a heteromeric complex with ATG2A. By establishing the molecular structure and function of ATG9B, our results inform the exploration of niche roles for autophagy machinery in more complex eukaryotes and reveal insights relevant across species. ATG: autophagy related; CHS: cholesteryl hemisuccinate; cryo-EM: single-particle cryogenic electron microscopy; CTF: contrast transfer function: CTH: C- terminal α helix; FSC: fourier shell correlation; HDIR: HORMA domain interacting region; LMNG: lauryl maltose neopentyl glycol; MD: molecular dynamics simulations; MSA: multiple sequence alignment; NBD-PE: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-(7-nitro-2-1,3-benzoxadiazol-4-yl ammonium salt); POPC: palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine; RBG: repeating beta groove domain; RMSD: root mean square deviation; SEC: size-exclusion chromatography; TMH: transmembrane helix. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 273.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 203.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 75.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17789MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 105667.008 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Homotrimer of ATG9B / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.303 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8.5 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.5; 200 mM NaCl; 1 mM TCEP; 10% glycerol supplemented with 0.001% w/v lauryl maltose neopentyl glycol and 0.0002% w/v cholesteryl hemisuccinate |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 50 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 46296 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.2 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 37217 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 6818472 | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104050 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coeffecient | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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