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- PDB-8po9: Polyethylene oxidation hexamerin PEase Cibeles (XP_026756460) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8po9
タイトルPolyethylene oxidation hexamerin PEase Cibeles (XP_026756460) from Galleria mellonella
要素Arylphorin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Polyethylene oxidation enzyme / PEase / XP_026756460 / Cibeles
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain ...Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain / Hemocyanin/hexamerin / Di-copper centre-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / GLYCINE / Arylphorin
類似検索 - 構成要素
生物種Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Illanes-Vicioso, R. / Ruiz-Lopez, E. / Sola, M. / Bertocchini, F. / Palomo, E.A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2021-129038NB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Plastic degradation by insect hexamerins: Near-atomic resolution structures of the polyethylene-degrading proteins from the wax worm saliva.
著者: Mercedes Spínola-Amilibia / Ramiro Illanes-Vicioso / Elena Ruiz-López / Pere Colomer-Vidal / Francisco Rodriguez-Ventura / Rosa Peces Pérez / Clemente F Arias / Tomas Torroba / Maria Solà ...著者: Mercedes Spínola-Amilibia / Ramiro Illanes-Vicioso / Elena Ruiz-López / Pere Colomer-Vidal / Francisco Rodriguez-Ventura / Rosa Peces Pérez / Clemente F Arias / Tomas Torroba / Maria Solà / Ernesto Arias-Palomo / Federica Bertocchini /
要旨: Plastic waste management is a pressing ecological, social, and economic challenge. The saliva of the lepidopteran larvae is capable of oxidizing and depolymerizing polyethylene in hours at room ...Plastic waste management is a pressing ecological, social, and economic challenge. The saliva of the lepidopteran larvae is capable of oxidizing and depolymerizing polyethylene in hours at room temperature. Here, we analyze by cryo-electron microscopy (cryo-EM) 's saliva directly from the native source. The three-dimensional reconstructions reveal that the buccal secretion is mainly composed of four hexamerins belonging to the hemocyanin/phenoloxidase family, renamed Demetra, Cibeles, Ceres, and a previously unidentified factor termed Cora. Functional assays show that this factor, as its counterparts Demetra and Ceres, is also able to oxidize and degrade polyethylene. The cryo-EM data and the x-ray analysis from purified fractions show that they self-assemble primarily into three macromolecular complexes with striking structural differences that likely modulate their activity. Overall, these results establish the ground to further explore the hexamerins' functionalities, their role in vivo, and their eventual biotechnological application.
履歴
登録2023年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arylphorin
B: Arylphorin
C: Arylphorin
D: Arylphorin
E: Arylphorin
F: Arylphorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)518,36180
ポリマ－502,6686
非ポリマー15,69374
水28,6261589
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.750, 196.580, 224.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 18 through 247 or resid 249...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 18 through 247 or resid 249...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 18 through 247 or resid 249 through 688))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 18 through 247 or resid 249...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 18 through 247 or resid 249...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 18 through 247 or resid 249...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11TYRTYRPHEPHEAA18 - 24718 - 247
d_12GLUGLUPROPROAA249 - 688249 - 688
d_21TYRTYRPHEPHEBB18 - 24718 - 247
d_22GLUGLUPROPROBB249 - 688249 - 688
d_31TYRTYRPHEPHECC18 - 24718 - 247
d_32GLUGLUPROPROCC249 - 688249 - 688
d_41TYRTYRPHEPHEDD18 - 24718 - 247
d_42GLUGLUPROPRODD249 - 688249 - 688
d_51TYRTYRPHEPHEEE18 - 24718 - 247
d_52GLUGLUPROPROEE249 - 688249 - 688
d_61TYRTYRPHEPHEFF18 - 24718 - 247
d_62GLUGLUPROPROFF249 - 688249 - 688

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.973854825974, -0.0534863940628, -0.220784926066), (0.166402503083, -0.493676950493, 0.853576754323), (-0.15465117166, -0.867999005876, -0.471869410856)-5.84941528985, 21.8752987017, -40.8619393593
2given(0.972387046178, 0.173811370698, -0.155733875058), (-0.0483417517433, -0.502825948209, -0.863034843356), (-0.228312302478, 0.846732350406, -0.480539092388)-3.98507050017, -24.9766593812, -39.6985945559
3given(-0.965271594841, -0.104310660587, 0.239520425601), (-0.0942159774354, -0.716139188011, -0.691569239477), (0.243668007314, -0.690118793747, 0.681441085296)31.1973286629, -19.3812013291, -12.5452683799
4given(-0.988948460364, 0.0944942827488, 0.114244357723), (0.0881508438385, -0.244805831645, 0.965556592605), (0.119207262675, 0.964956442188, 0.233770599531)27.9691292618, 26.081234138, -23.5191031916
5given(-0.993374851274, -0.114559865399, 0.00907976301275), (-0.113132313013, 0.96099367041, -0.252373225965), (0.0201862480127, -0.2517284304, -0.96758736697)25.0970763194, -5.89762444027, -57.2466147297

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Arylphorin / Lhp76


分子量: 83778.000 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Asn 211 and Asn 481 contain glycosilations
由来: (天然) Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ)
参照: UniProt: Q24995

-
糖 , 5種, 12分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 9種, 1651分子

#7: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#13: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#14: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 35 % MPD, 100 mM Li2SO4, 100 mM MES pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.265 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.265 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.3 Å / Num. obs: 209645 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.96 % / Biso Wilson estimate: 38.41 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.21
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 32642 / CC1/2: 0.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→49.26 Å / SU ML: 0.282 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.6561
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 10621 5.07 %
Rwork0.1713 198891 -
obs0.1737 209512 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34547 0 992 1589 37128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008736653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.953349883
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05595207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00796292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.346113669
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.675303100195
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.743475576179
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.719593389377
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.643378829906
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.607976900366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.220.38643370.31526379X-RAY DIFFRACTION96.8
2.22-2.250.34463470.28256541X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.280.30373290.27026618X-RAY DIFFRACTION99.99
2.28-2.310.29933730.24596503X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.340.27793680.246632X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.370.29073360.24146551X-RAY DIFFRACTION99.99
2.37-2.40.29213330.23746638X-RAY DIFFRACTION99.99
2.4-2.440.28133530.22736514X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.480.28843490.22596636X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.520.25963570.21216568X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.560.26493450.19336615X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.610.25093620.19746598X-RAY DIFFRACTION99.99
2.61-2.660.26043580.26572X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.710.26233590.1996553X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.770.2513380.18876673X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.840.24263760.17756578X-RAY DIFFRACTION99.99
2.84-2.910.25883730.18126561X-RAY DIFFRACTION100
2.91-2.990.24023570.17976647X-RAY DIFFRACTION99.99
2.99-3.070.22943570.16996592X-RAY DIFFRACTION99.99
3.07-3.170.24593400.16466636X-RAY DIFFRACTION99.97
3.17-3.290.20113580.15486631X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.420.20843170.15236673X-RAY DIFFRACTION100
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精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|17-695 }
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|901-902 }
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|1090-1135 }
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|18-689 }
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|901-902 }
6X-RAY DIFFRACTION2{ B|1059-1187 }
7X-RAY DIFFRACTION3{ C|18-695 }
8X-RAY DIFFRACTION3{ C|901-902 }
9X-RAY DIFFRACTION3{ C|1054-1100 }
10X-RAY DIFFRACTION4{ D|18-694 }
11X-RAY DIFFRACTION4{ D|901-901 }
12X-RAY DIFFRACTION4{ D|1069-1128 }
13X-RAY DIFFRACTION5{ E|18-688 }
14X-RAY DIFFRACTION5{ E|901-902 }
15X-RAY DIFFRACTION5{ E|1107-1145 }
16X-RAY DIFFRACTION6{ F|18-695 }
17X-RAY DIFFRACTION6{ F|901-902 }
18X-RAY DIFFRACTION6{ F|1017-1126 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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