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- PDB-8po8: Structure of Escherichia coli HrpA in complex with ADP and oligon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8po8
タイトルStructure of Escherichia coli HrpA in complex with ADP and oligonucleotide poly(dC)11 forming an i-motif
要素
  • ATP-dependent RNA helicase HrpA
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
キーワードHYDROLASE / Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA modification / 3'-5' RNA helicase activity / helicase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RNA helicase HrpA / RNA helicase HrpA, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3418) / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation ...RNA helicase HrpA / RNA helicase HrpA, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3418) / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / SUCCINIC ACID / DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent RNA helicase HrpA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Xin, B.G. / Yuan, L.G. / Zhang, L.L. / Xie, S.M. / Liu, N.N. / Ai, X. / Li, H.H. / Rety, S. / Xi, X.G.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870788 中国
Other governmentZ101021903
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the N-terminal APHB domain of HrpA: mediating canonical and i-motif recognition.
著者: Xin, B.G. / Huang, L.Y. / Yuan, L.G. / Liu, N.N. / Li, H.H. / Ai, X. / Lei, D.S. / Hou, X.M. / Rety, S. / Xi, X.G.
履歴
登録2023年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase HrpA
B: ATP-dependent RNA helicase HrpA
C: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,03910
ポリマ－178,9004
非ポリマー1,1396
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9090 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area54990 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.260, 105.973, 177.552
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase HrpA


分子量: 86313.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: hrpA, b1413, JW5905 / プラスミド: pET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: P43329, RNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 3136.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 137分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG 3350 4% Tacsimate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97777 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→90.997 Å / Num. obs: 48761 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 47.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.521→2.564 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.852 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2508 / CC1/2: 0.774 / Rpim(I) all: 0.356 / Rrim(I) all: 0.925 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSBUILT 20190315データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.52→63.98 Å / SU ML: 0.3631 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.7553
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 2392 4.91 %
Rwork0.2105 46330 -
obs0.212 48722 93.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→63.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9732 400 72 131 10335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003310397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.746514131
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05081613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.72294083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.52-2.570.36931590.33652785X-RAY DIFFRACTION98.79
2.57-2.630.33341400.29662850X-RAY DIFFRACTION99.9
2.63-2.690.32541000.32241847X-RAY DIFFRACTION64.17
2.69-2.760.31051480.2712859X-RAY DIFFRACTION99.97
2.76-2.830.33271700.25082845X-RAY DIFFRACTION99.97
2.83-2.910.26011430.24992885X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.010.29671310.25962895X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.120.29791250.26912894X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.240.32731450.27652885X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.390.28781510.23712867X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.570.26391100.22862161X-RAY DIFFRACTION74.29
3.57-3.790.26931150.20752549X-RAY DIFFRACTION87.09
3.79-4.080.21571090.19512110X-RAY DIFFRACTION72.78
4.08-4.490.16981660.162900X-RAY DIFFRACTION100
4.49-5.140.17651640.16332930X-RAY DIFFRACTION100
5.14-6.480.24241740.20122957X-RAY DIFFRACTION100
6.48-63.980.19981420.15813111X-RAY DIFFRACTION99.09
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8100473245-0.6313938290062.323998631071.55684621188-3.161471458737.360461904590.0439744828775-0.1414393327470.1713148401340.3085035326920.4056056367770.311482319131-0.390882102149-0.168998801315-0.4648972615710.4564592962210.0340995722648-0.002741612002750.3198833450640.08432070812180.439445899626-19.818477868886.183555712751.7223322529
22.11023538857-0.656935963026-0.7237051244243.245541719130.4921372937682.33798335140.01368096684030.02441880329980.0562424433293-0.0739510484107-0.0105181078996-0.0530479341072-0.05528189649170.00300791698305-0.001533786812850.2573507134720.00964471664316-0.03145344837210.3338039861930.04653797116440.284394240586-4.9366675684961.04740041659.8118129395
33.604210794032.01792346128-0.6130572014462.81429185848-0.8104180001392.55877262318-0.129288979126-0.371005005605-0.2603276947040.3153026407590.1187368117850.534326559850.420491139319-0.4632706996750.01583484271160.3897993968730.02628938891160.08058196739320.4543633275480.07969512523620.5245068429070.62990383851132.268508823372.482506576
42.98904091418-1.510860604731.011044516912.51397357215-0.8796744904611.075960224670.2362724075230.432256366179-0.420726590893-0.386189589306-0.1657537934250.1569001318770.121121788610.0575954811175-0.06510835994370.314543888694-0.0350443604385-0.00815914179030.348816020375-0.03120659763020.298571829248-1.2199459747640.472679712250.6966715886
54.42391664775-0.2006362574930.6670845280174.71217460093-2.601314379223.629226553710.02331444107540.391086224552-0.89078646049-0.3762063610170.01515446828180.4448128808340.36313513147-0.0393890521816-0.01265390897920.421636437423-0.02380229420430.009214888826330.447955864267-0.23903875180.722840125656-21.599867005129.555438673250.8523444039
62.40511724373-0.5867138958111.383984824361.660492916191.303453587522.57931048516-0.1502667134241.170783021580.0454648063542-0.449609818986-0.1863557497560.2621071094150.2600844318120.05308327838740.2815983752891.15556405903-0.08250192264160.07200146080210.979269791173-0.0606532503750.625970036885-43.444824819459.230436442732.706392304
71.843402180270.634911885554-0.0830785676862.15385753931-0.2343086132932.223331736190.01786324243220.0649043248881-0.176786108602-0.07004554725550.0270897198315-0.158360525930.02201265584370.0910520417897-0.04499301416380.2116398207840.00263087460821-0.01126476691930.241245098519-0.007529797346850.241206808153-45.352289310152.039029094266.211262815
81.259956435040.5647243571340.3706614249563.46801421762-1.601868783872.545593949050.27138048243-0.234903535164-0.2056689089720.446798388732-0.203638546833-0.1819782641790.1285736998550.0444476878275-0.05592213331110.387562058523-0.048836451348-0.05399837785160.310098790926-0.004805621541890.312942695796-42.518629703755.143792366787.7946926272
97.066363008471.762466548341.860666953791.797983132041.454826652081.228108780160.06930521346430.5508283733461.181273633-0.2194842187470.08291692184050.627101672615-0.362102425781-0.0392132434143-0.1291585032620.5334552817150.01421222407040.02142207910490.3203303053610.1083268659630.54480878125-41.683909458382.093074115668.0136355179
102.33800836727-0.294390099721-0.4444088315013.486926651260.07546424993985.459034564190.13695954687-0.5817204037850.1468794453770.705018962089-0.0779014082566-0.414365734174-0.1054812104570.280889873742-0.08974928568340.487201775102-0.129220430639-0.09022065486350.433370131781-0.03643969451860.413540435839-26.159440099273.454855392592.0230194184
116.894268271544.776358563880.4227208103217.176266302940.4203869248245.919823024440.1995947187320.892792672299-1.13272246719-0.11619981516-0.252926966963-0.4832929064451.78283533913-1.12760756118-0.01123638281551.14436712287-0.272272873387-0.2799875462550.901377996183-0.05521330538721.34624555882-27.229777461171.219163454341.2832441975
124.615761372470.5618281940661.925916018884.0054467855-0.01434143592433.56055240995-0.256460973194-0.4929299341740.0378739674606-0.41814079597-0.02436958440030.213664372938-0.814407985539-1.157358910080.08230763176291.67995400775-0.109366768118-0.1832077041441.16234988116-0.02766580530211.28234032967-33.623019897170.986346920644.0940917549
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 67 )AA4 - 671 - 64
22chain 'A' and (resid 68 through 248 )AA68 - 24865 - 245
33chain 'A' and (resid 249 through 351 )AA249 - 351246 - 348
44chain 'A' and (resid 352 through 471 )AA352 - 471349 - 468
55chain 'A' and (resid 472 through 626 )AA472 - 626469 - 603
66chain 'B' and (resid 7 through 45 )BD7 - 451 - 39
77chain 'B' and (resid 46 through 287 )BD46 - 28740 - 275
88chain 'B' and (resid 288 through 443 )BD288 - 443276 - 431
99chain 'B' and (resid 444 through 487 )BD444 - 487432 - 472
1010chain 'B' and (resid 488 through 630 )BD488 - 630473 - 615
1111chain 'C' and (resid 1 through 11 )CG1 - 11
1212chain 'D' and (resid 2 through 11 )DH2 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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