PDB-8po5: Lactobacillus plantarum LpdD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8po5

タイトル

Lactobacillus plantarum LpdD

要素

Protein LpdD

キーワード

FLAVOPROTEIN / UbiD / UbiX / LpdD

機能・相同性

: / Bacterial proteasome assembling chaperone-like protein / : / Protein LpdD

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Gahloth, D. / Leys, D.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: The prFMNH 2 -binding chaperone LpdD assists UbiD decarboxylase activation.
著者: Gahloth, D. / Fisher, K. / Marshall, S. / Leys, D.

履歴

登録	2023年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月29日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/8po5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/8po5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8p4wC 8pzhC 8pzoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein LpdD

B: Protein LpdD

ヘテロ分子

31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein LpdD

ヘテロ分子

A: Protein LpdD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein LpdD

ヘテロ分子

B: Protein LpdD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.500, 92.980, 126.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-365- HOH
2	1	B-374- HOH

#1: タンパク質	Protein LpdD / Gallate decarboxylase subunit D 分子量: 15874.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus (バクテリア) / 遺伝子: lpdD, lp_0272 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpB1_S (その他) 参照: UniProt: F9UT68
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Tris-Cl pH8.5, 0.2M Magnesium chloride, 30% PEG4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→75.0334 Å / Num. obs: 18833 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 33.5 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.83
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / Num. unique obs: 1841 / CC_1/2: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→75.0334 Å / SU ML: 0.2329 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6817 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2518	877	4.66 %
R_work	0.1945	17950	-
obs	0.197	18827	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→75.0334 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1917	0	2	144	2063

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	1957
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8659	2663
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0572	315
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	341
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.8311	1163

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.23	0.3205	151	0.2832	2937	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.23-2.4	0.3002	140	0.2512	2952	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.4-2.65	0.2444	119	0.2214	3001	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.65-3.03	0.27	153	0.2124	2963	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.03-3.82	0.2743	170	0.1771	2973	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3.82-74.99	0.1991	144	0.1654	3124	X-RAY DIFFRACTION	99.03

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.96851388774	4.76723652415	-4.27200864103	3.7969752234	-3.55838239505	5.04931197775	-0.344329839026	0.418544414033	-0.318516509048	-0.339808342631	0.414465663439	0.188316218359	0.309045558095	-0.317824731661	0.0429635021312	0.259354119699	0.0199648628636	-0.0225790052588	0.259047625318	-0.0136365952107	0.350354473786	-18.2417882889	-27.9624304791	-12.9511508085
2	3.0683903819	-2.08341555329	-3.92308156908	3.4746463543	2.36698921994	5.17159487654	0.103680630947	0.3150176712	-0.130427987357	-0.0638066583543	-0.112783342916	-0.116435535536	-0.0363021835516	-0.150157960266	0.0521280325508	0.216275454044	-0.0165563532559	-0.02039794844	0.205948376543	0.0404403483605	0.213009974633	-25.0396894185	-23.2853209755	-7.09673430523
3	4.5991462893	-1.12217997759	3.67088705159	4.1638375424	-2.56712565525	6.64866398593	0.225944457932	0.574909212289	0.0597794396204	-0.00977074959308	-0.291315538068	0.0483651065611	-0.548604437152	-0.0414434489099	0.11635726249	0.2721647702	0.0193998181257	0.0468954034481	0.293790628776	-0.0461290959573	0.191356239796	-23.1495035996	-12.0624077181	-5.14691008153
4	4.12856675323	-4.14611152502	1.57262247094	4.28338219798	-1.00553521411	4.201464692	-0.558682720108	0.592032294171	0.2956043766	-0.577478823972	0.299786599823	-1.60849063559	0.820013522014	1.02867121122	0.355394936981	0.570099012594	-0.241019833646	0.0990175937361	0.649693405755	0.00518269024475	0.505815203151	-10.808839833	-8.49022609572	1.06673777957
5	6.88406595674	0.213384782733	-1.97071661252	1.83766941061	0.381262733158	4.54980966857	0.461864008791	0.0681599374884	-0.168200139209	-0.0552415734642	-0.217530205988	0.0475765202012	-0.360169654291	0.167119377564	-0.150805694824	0.356782399232	0.0206522674953	0.00369108823741	0.184450897382	0.00922750619093	0.276813440803	-20.8850434347	-15.6411861886	-10.9817501368
6	3.78352330422	4.15092629624	2.47260198278	5.08833791991	0.873076854381	5.05666258295	0.192933824543	0.845636499023	-0.422063876009	-0.0120545658495	0.0646834415116	-0.239070078952	0.0973064513534	-0.152047661137	-0.290269406058	0.223178447604	0.0601509535988	0.0131051308583	0.205043734808	0.0184552989236	0.217199088779	-22.3307544683	-22.3621249373	-16.7185823532
7	4.29693020221	5.81119572216	-3.93787552998	9.4284106356	-3.65381582134	6.68398133471	0.221927717935	-0.156681942322	0.222809450049	0.190704889817	-0.350386668738	-0.165674306353	-0.0781138044533	0.117241726671	0.0238868158754	0.228261487569	0.0233838379641	-0.0228541640661	0.223153294362	-0.0198781038351	0.252149963969	-35.1365794775	-13.1338635127	-45.1120005416
8	3.6766565567	4.14855557964	1.87615760536	4.55758813223	1.65449189031	3.26190598828	-0.140838501969	0.331146438587	-0.0963035902376	-0.0319398281864	0.173798823395	0.141629820527	0.0481922152411	-0.0478720775839	-0.0736239778124	0.224906378025	-0.0047992504406	-0.0065693823497	0.212862222637	0.0440943049449	0.193569127864	-28.3966196247	-7.1325441597	-40.5157951686
9	7.46838901175	-5.61050795357	1.0658178245	4.84034567672	-1.95885378386	1.77499747882	0.00162116377165	-0.263222132043	-0.151923587666	0.232773963618	0.133575970944	0.264407245179	-0.151580755043	-0.0208121196113	-0.145453501025	0.219556529937	-0.0334492318808	0.0261398232055	0.174597238299	-0.0207578546514	0.196322184161	-30.2821337004	-5.15611571876	-29.2946381278
10	8.86190534478	-7.02610027792	-6.63241634575	8.3142117922	6.19492589768	5.52855635494	-0.153669953123	0.653647412412	-0.218769851372	0.823002642038	-0.131432872698	1.72775119781	0.289576235299	-1.18382160974	0.116190998188	0.429587782866	0.0386168112543	0.18129592852	0.409284353744	-0.00578999028368	0.531668889827	-42.6331959797	0.731931776897	-25.5348127633
11	8.03218112899	-0.26623467247	2.27160983632	3.84964250604	0.0362517469372	3.02727592699	0.179434459837	-0.0558095531631	-0.151933054431	0.06407946392	-0.0885074660295	0.354689553304	0.37719109641	-0.300210029393	-0.0832576170331	0.278234698298	-0.014952883334	0.0118223793141	0.259691097244	-0.00211894868317	0.176772344054	-32.5408585893	-11.026439926	-32.7686080919
12	4.01198861575	-2.88419841861	-3.68587950661	4.65257564175	0.909649695457	4.07473481339	-0.117523663369	0.246412362016	-0.486083728025	0.0652426000174	0.0962847578269	-0.0483629201316	0.1451276737	-0.208207666368	0.030083596793	0.22686793843	-0.0360877826309	-0.0246048083226	0.213262199808	-0.00755859295897	0.155104649035	-31.1000626287	-16.8463099982	-39.4460043023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 52 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 53 through 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 63 through 94 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 95 through 121 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 10 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 11 through 31 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 32 through 52 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 53 through 62 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 63 through 94 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 95 through 121 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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