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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pnx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of D-amino acid aminotransferase from Blastococcus saxobsidens in PMP form | ||||||
要素 | Branched-chain amino acid aminotransferase/4-amino-4-deoxychorismate lyase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Aminotransferase / DAAT / PMP / transaminase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aspartate biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process / lyase activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Blastococcus saxobsidens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Matyuta, I.O. / Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Shilova, S.A. / Popov, V.O. | ||||||
資金援助 | ロシア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural determinants of dual substrate recognition in the transaminase from Blastococcus saxobsidens specific to D-amino acids and R-amines 著者: Shilova, S.A. / Nikolaeva, A.Y. / Matyuta, I.O. / Boyko, K.M. / Popov, V.O. / Bezsudnova, E.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pnx.cif.gz | 73.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pnx.ent.gz | 52 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pnx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pnx_validation.pdf.gz | 763.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pnx_full_validation.pdf.gz | 764.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8pnx_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pnx_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pnx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29018.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Blastococcus saxobsidens (バクテリア) 遺伝子: BLASA_4517 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H6RQF3 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PMP / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 4 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20.55 Å / Num. obs: 30325 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 15.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 23.2 / Num. measured all: 481580 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Num. measured all: 21447 / Num. unique obs: 1744 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.133 / Rrim(I) all: 0.482 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 5.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 2.524 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.965 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→20.55 Å
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拘束条件 |
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