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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pno | ||||||
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タイトル | The MgF3(H2O) transition state analog complex of E. coli YihX | ||||||
要素 | Alpha-D-glucose 1-phosphate phosphatase YihX | ||||||
キーワード | HYDROLASE / phosphatase / HAD superfamily / transition state analog complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose-1-phosphatase / glucose-1-phosphatase activity / manganese ion binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Baumann, P. / Zappala, D. / Jin, Y. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The MgF3(H2O)- transition state analog complex of E. coli YihX 著者: Baumann, P. / Zappala, D. / Jin, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pno.cif.gz | 103.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pno.ent.gz | 77.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pno.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pno_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pno_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pno_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pno_validation.cif.gz | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pno | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 23139.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yihX, b3885, JW5566 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8Y3, glucose-1-phosphatase |
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-非ポリマー , 9種, 246分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #5: 化合物 | ChemComp-IMD / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.97 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20 mg/mL YihX in Tris-HCl 25 mM pH 7.5, NaCl 150 mM, MgCl2 20 mM, NaF 30 mM was mixed 1:1 ratio with precipitant containing MES 55.5 mM, imidazole 44.5 mM pH 6.5, 20% PEG500, 30 mM MgCl2, 30 ...詳細: 20 mg/mL YihX in Tris-HCl 25 mM pH 7.5, NaCl 150 mM, MgCl2 20 mM, NaF 30 mM was mixed 1:1 ratio with precipitant containing MES 55.5 mM, imidazole 44.5 mM pH 6.5, 20% PEG500, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 20% glycerol, 10% PEG4000. The crystals are further soaked with the precipitant supplemented with 50 mM MgCl2 and 100 mM NH4F |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→58.97 Å / Num. obs: 40811 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3532 / CC1/2: 0.664 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→59.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 7.31 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.806 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→59.04 Å
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拘束条件 |
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