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- PDB-8pnl: Outward-open conformation of a Major Facilitator Superfamily (MFS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pnl
タイトルOutward-open conformation of a Major Facilitator Superfamily (MFS) transporter MHAS2168, a homologue of Rv1410 from M. tuberculosis, in complex with an alpaca nanobody
要素
  • Nb_H2
  • Putative triacylglyceride transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Major Facilitator Superfamily transporter / Nanobody / Outward-open conformation / Triacylglyceride extraction
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative triacylglyceride transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Remm, S. / Schoeppe, J. / Hutter, C.A.J. / Gonda, I. / Seeger, M.A.
資金援助 スイス, European Union, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationPP00P3_144823 スイス
European Research Council (ERC)consolidator grant nr 772190European Union
University of Zurichgrant nr. FK-17-035 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for triacylglyceride extraction from mycobacterial inner membrane by MFS transporter Rv1410.
著者: Sille Remm / Dario De Vecchis / Jendrik Schöppe / Cedric A J Hutter / Imre Gonda / Michael Hohl / Simon Newstead / Lars V Schäfer / Markus A Seeger /
要旨: Mycobacterium tuberculosis is protected from antibiotic therapy by a multi-layered hydrophobic cell envelope. Major facilitator superfamily (MFS) transporter Rv1410 and the periplasmic lipoprotein ...Mycobacterium tuberculosis is protected from antibiotic therapy by a multi-layered hydrophobic cell envelope. Major facilitator superfamily (MFS) transporter Rv1410 and the periplasmic lipoprotein LprG are involved in transport of triacylglycerides (TAGs) that seal the mycomembrane. Here, we report a 2.7 Å structure of a mycobacterial Rv1410 homologue, which adopts an outward-facing conformation and exhibits unusual transmembrane helix 11 and 12 extensions that protrude ~20 Å into the periplasm. A small, very hydrophobic cavity suitable for lipid transport is constricted by a functionally important ion-lock likely involved in proton coupling. Combining mutational analyses and MD simulations, we propose that TAGs are extracted from the core of the inner membrane into the central cavity via lateral clefts present in the inward-facing conformation. The functional role of the periplasmic helix extensions is to channel the extracted TAG into the lipid binding pocket of LprG.
履歴
登録2023年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / reflns / reflns_shell
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative triacylglyceride transporter
B: Nb_H2
C: Putative triacylglyceride transporter
D: Nb_H2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,2334
ポリマ－140,2334
非ポリマー00
水00
1
A: Putative triacylglyceride transporter
B: Nb_H2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1172
ポリマ－70,1172
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25240 Å2
2
C: Putative triacylglyceride transporter
D: Nb_H2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1172
ポリマ－70,1172
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area26080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.780, 160.700, 82.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Putative triacylglyceride transporter / Sugar (And other) transporter family protein


分子量: 57082.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)
遺伝子: C731_2106, MHAS_02168 / プラスミド: pACE_C3GH_MHAS2168
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: K5B8L6
#2: 抗体 Nb_H2


分子量: 13033.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Nanobody / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pBXNPHM3_Nb_H2 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.652.63
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
293.151脂質キュービック相法5.7380 mM NaH2PO4, 0.1 M sodium citrate (pH 5.7), 28% (v/v) PEG400, 2.4% (v/v) 1,4-butanediole
293.152脂質キュービック相法5.8420 mM NaH2PO4, 0.1 M sodium citrate (pH 5.8), 28% (v/v) PEG400, 2.4% (v/v) 1,4-butanediole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→44.7 Å / Num. obs: 39032 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.65 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 8.77
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.7-2.771.63829110.3471.8381
2.77-2.851.34528020.4161.5091
2.85-2.930.99627310.5611.121
2.93-3.020.84826930.6560.9541
3.02-3.120.6625750.7630.7421
3.12-3.230.5224960.8220.5861
3.23-3.350.36324110.9030.4091
3.35-3.490.28223180.9370.3191
3.49-3.640.21122130.9560.241
3.64-3.820.15420890.9780.1761
3.82-4.020.11820130.9890.1321
4.02-4.270.09118980.9940.1021
4.27-4.560.07617840.9940.0861
4.56-4.930.06616840.9960.0741
4.93-5.40.06715260.9970.0761
5.4-6.040.07214050.9950.0821
6.04-6.970.05512110.9970.0631
6.97-8.540.03610210.9990.0411
8.54-12.070.0278110.9990.0311
12.07-500.0264400.9990.0291

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→44.7 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2915 1952 5 %
Rwork0.245 --
obs0.2474 39014 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8824 0 0 0 8824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.729
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6153111
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091536
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.770.39141410.35522673X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.840.32621380.31552620X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.930.3171390.29122655X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.020.37051410.29492679X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.130.33321390.29082633X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.250.3021400.27182654X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.40.30441400.25082662X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.580.28081380.24532636X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.80.2941380.25612611X-RAY DIFFRACTION98
3.81-4.10.33951400.24872663X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.510.31161380.23082632X-RAY DIFFRACTION99
4.51-5.160.29331400.23642658X-RAY DIFFRACTION99
5.16-6.50.30581400.26882643X-RAY DIFFRACTION99
6.5-44.70.22141400.20272643X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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