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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pnj | ||||||
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タイトル | Chorismate mutase | ||||||
要素 | chorismate mutase | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / chorismate mutase / cyclohexadienyl dehydratase / chorismate mutase/cyclohexadienyl dehydratase / cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase / bifunctional chorismate mutase / bifunctional cyclohexadienyl dehydratase / bifunctional enzyme / shikimate pathway enzymes / metabolic enzymes / aromatic amino acid synthesis / protein crystal structure | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequoribacter fuscus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.355 Å | ||||||
データ登録者 | Khatanbaatar, T. / Cordara, G. / Krengel, U. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural analysis of chorismate mutase and cyclohexadienyl dehydratase from Pseudomonas aeruginosa 著者: Khatanbaatar, T. / Cordara, G. / Krengel, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pnj.cif.gz | 102 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pnj.ent.gz | 73.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pnj_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pnj_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pnj_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pnj_validation.cif.gz | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pnj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pniC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 47854.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequoribacter fuscus (バクテリア) 遺伝子: EYZ66_08225 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA29 / 参照: UniProt: A0A7Z2NRM1 |
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-非ポリマー , 5種, 48分子
#2: 化合物 | ChemComp-TSA / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1:1 volume ratio of 5 mg/ml protein in 20 mM TRIS-HCl, pH=8, 150 uM NaCl buffer and 0.1M BTP, pH=8.5 0.2M KSCN 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→46.336 Å / Num. obs: 20939 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / CC1/2: 0.959 / Net I/σ(I): 4.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1801 / CC1/2: 0.475 / % possible all: 85 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.355→46.336 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / WRfactor Rfree: 0.284 / WRfactor Rwork: 0.215 / SU B: 9.888 / SU ML: 0.228 / Average fsc free: 0.9393 / Average fsc work: 0.9666 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.283 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.122 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.355→46.336 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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