PDB-8pnh: Chorismate mutase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pnh

タイトル

Chorismate mutase

要素

Bifunctional cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase from Janthinobacterium sp. HH01

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / chorismate mutase / cyclohexadienyl dehydratase / chorismate mutase/cyclohexadienyl dehydratase / cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase / bifunctional chorismate mutase / bifunctional cyclohexadienyl dehydratase / bifunctional enzyme / shikimate pathway enzymes / metabolic enzymes / aromatic amino acid synthesis / protein crystal structure

機能・相同性

3-PHENYLPYRUVIC ACID / Chem-TSA

機能・相同性情報

生物種

Janthinobacterium sp. HH01 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Khatanbaatar, T. / Cordara, G. / Krengel, U.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Chorismate mutase
著者: Khatanbaatar, T. / Cordara, G. / Krengel, U.

履歴

登録	2023年6月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pnh.cif.gz	98.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pnh.ent.gz	70.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pnh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pnh_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pnh_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8pnh_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	8pnh_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pnh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cq4
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase from Janthinobacterium sp. HH01

ヘテロ分子

47.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.511, 74.282, 129.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bifunctional cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase from Janthinobacterium sp. HH01 分子量: 47051.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Janthinobacterium sp. HH01 (バクテリア) 遺伝子: ELX09769.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA29 / 参照: prephenate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-TSA / 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID / (1R,5S)-2-オキサ-8β-ヒドロキシビシクロ[3.3.1]ノナ-6-エン-3α,5-ジカルボン酸分子量: 228.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PPY / 3-PHENYLPYRUVIC ACID / フェニルピルビン酸分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 3.5 mg/mL protein in 20 mM TRIS-HCl, pH 8 storage buffer and crystallization solution containing 0.07 M NPS (0.023 M solidum nitrate, 0.023 M disodium hydrogen phosphate and 0.023 M ammonium ...詳細: 3.5 mg/mL protein in 20 mM TRIS-HCl, pH 8 storage buffer and crystallization solution containing 0.07 M NPS (0.023 M solidum nitrate, 0.023 M disodium hydrogen phosphate and 0.023 M ammonium sulfate) 9% v/w PEG20K 19% v/w 500MME 0.01 M Imidazole 0.008 M phenylpyruvate

結晶

マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3.5 mg/mL protein in 20 mM TRIS-HCl, pH 8 storage buffer and crystallization solution containing 0.07 M NPS (0.023 M solidum nitrate, 0.023 M disodium hydrogen phosphate and 0.023 M ammonium ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→41.51 Å / Num. obs: 31515 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 36.6 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1955 / CC_1/2: 0.364 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
autoPROC		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→37.318 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.267 / WR_factor R_work: 0.213 / SU B: 4.542 / SU ML: 0.129 / Average fsc free: 0.9439 / Average fsc work: 0.9645 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2667	1623	5.158 %
R_work	0.2127	29845	-
all	0.215	-	-
obs	-	31468	97.18 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.439 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.212 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.651 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.318 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2994	0	33	44	3071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3285
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.388	1.647	4499
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.468	1.554	7075
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.263	5	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.027	9.75	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.687	10	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	5.7	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.092	10	153
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	665
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.039	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.438	4.076	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.432	4.075	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.579	6.103	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.581	6.104	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.138	4.556	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.142	4.563	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.114	6.664	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.12	6.676	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.793	57.66	3643
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.797	57.667	3643

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.365	108	0.336	2128	0.337	2338	0.88	0.911	95.6373	0.336
1.949-2.002	0.366	115	0.297	2144	0.301	2298	0.9	0.936	98.3029	0.297
2.002-2.06	0.341	115	0.242	2096	0.247	2244	0.92	0.959	98.5294	0.242
2.06-2.124	0.283	107	0.221	1987	0.224	2145	0.946	0.967	97.6224	0.221
2.124-2.193	0.235	106	0.224	1982	0.224	2133	0.961	0.966	97.8903	0.224
2.193-2.27	0.273	122	0.207	1810	0.211	2009	0.949	0.971	96.1673	0.207
2.27-2.355	0.288	103	0.211	1817	0.215	1955	0.952	0.971	98.2097	0.211
2.355-2.451	0.262	93	0.194	1784	0.198	1921	0.952	0.976	97.7095	0.194
2.451-2.559	0.268	77	0.21	1685	0.213	1818	0.956	0.971	96.9197	0.21
2.559-2.684	0.249	100	0.203	1579	0.206	1736	0.961	0.973	96.7166	0.203
2.684-2.828	0.248	79	0.196	1558	0.198	1675	0.964	0.975	97.7313	0.196
2.828-2.998	0.314	69	0.207	1490	0.212	1590	0.928	0.973	98.0503	0.207
2.998-3.204	0.248	73	0.199	1390	0.201	1493	0.965	0.976	97.9906	0.199
3.204-3.458	0.289	68	0.193	1279	0.197	1404	0.946	0.976	95.9402	0.193
3.458-3.785	0.238	72	0.191	1181	0.194	1300	0.97	0.979	96.3846	0.191
3.785-4.227	0.253	58	0.197	1063	0.2	1174	0.967	0.977	95.4855	0.197
4.227-4.87	0.22	58	0.195	947	0.196	1050	0.972	0.977	95.7143	0.195
4.87-5.939	0.316	43	0.244	843	0.247	918	0.935	0.971	96.5142	0.244
5.939-8.295	0.246	44	0.233	660	0.234	724	0.967	0.973	97.2376	0.233
8.295-37.318	0.387	13	0.251	422	0.255	452	0.95	0.957	96.2389	0.251

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