PDB-8pne: E.coli YihX Wild Type Apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pne

タイトル

E.coli YihX Wild Type Apo

要素

Alpha-D-glucose 1-phosphate phosphatase YihX

キーワード

HYDROLASE / Apo / Phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-1-phosphatase / glucose-1-phosphatase activity / manganese ion binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zappala, D. / Baumann, P. / Jin, Y.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apo structure of E.coli YihX Wild Type
著者: Zappala, D. / Baumann, P. / Jin, Y.

履歴

登録	2023年6月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pne.cif.gz	63.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pne.ent.gz	42.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pne.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pne_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pne_full_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示
XML形式データ	8pne_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	8pne_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pne	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-D-glucose 1-phosphate phosphatase YihX

ヘテロ分子

24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-D-glucose 1-phosphate phosphatase YihX

ヘテロ分子

A: Alpha-D-glucose 1-phosphate phosphatase YihX

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.216, 79.567, 148.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Alpha-D-glucose 1-phosphate phosphatase YihX / Alpha-D-glucose-1-P phosphatase / Alpha-D-glucose-1-phosphatase / Haloacid dehalogenase-like ...Alpha-D-glucose-1-P phosphatase / Alpha-D-glucose-1-phosphatase / Haloacid dehalogenase-like phosphatase 4 / HAD4 分子量: 23829.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: yihX, b3885, JW5566 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8Y3, glucose-1-phosphatase

#1: タンパク質

Alpha-D-glucose 1-phosphate phosphatase YihX / Alpha-D-glucose-1-P phosphatase / Alpha-D-glucose-1-phosphatase / Haloacid dehalogenase-like ...

分子量: 23829.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: yihX, b3885, JW5566 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8Y3, glucose-1-phosphatase

-
非ポリマー , 6種, 172分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20-60 mg/mL YihX protein in the buffer of Tris-HCl 25 mM pH 7.5, NaCl 150 mM, MgCl2 20 mM, NaF 30 mM, was mixed 1:1 ratio with the precipitant containing MES 55.5 mM, imidazole 44.5 mM pH 6. ...詳細: 20-60 mg/mL YihX protein in the buffer of Tris-HCl 25 mM pH 7.5, NaCl 150 mM, MgCl2 20 mM, NaF 30 mM, was mixed 1:1 ratio with the precipitant containing MES 55.5 mM, imidazole 44.5 mM pH 6.5, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 20% glycerol, 10% PEG4000, 20% PEG500

結晶

マシュー密度: 4.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.41 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20-60 mg/mL YihX protein in the buffer of Tris-HCl 25 mM pH 7.5, NaCl 150 mM, MgCl2 20 mM, NaF 30 mM, was mixed 1:1 ratio with the precipitant containing MES 55.5 mM, imidazole 44.5 mM pH 6. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→70.2 Å / Num. obs: 31737 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 2009 / CC_1/2: 0.837

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→70.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.822 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2339	1549	4.881 %
R_work	0.2037	30184	-
all	0.205	-	-
obs	-	31733	99.987 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.854 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.725 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.578 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→70.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1604	0	31	162	1797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.491	1.652	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.521	1.583	3558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.904	5	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.88	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.2	10	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.829	10	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	826
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	887
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.425	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.307	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.103	4.533	801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.108	4.538	798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.582	8.127	995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.597	8.136	996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.368	4.897	885
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.364	4.899	883
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.346	8.689	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.343	8.686	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.32	44.583	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.207	42.337	1971

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.348	94	0.38	2185	0.379	2279	0.751	0.743	100	0.374
1.949-2.003	0.374	119	0.358	2171	0.359	2291	0.701	0.765	99.9564	0.349
2.003-2.061	0.361	105	0.353	2101	0.354	2206	0.716	0.755	100	0.337
2.061-2.124	0.351	112	0.312	1999	0.314	2111	0.816	0.817	100	0.29
2.124-2.194	0.319	98	0.277	1980	0.279	2078	0.836	0.885	100	0.26
2.194-2.271	0.296	112	0.257	1896	0.259	2008	0.903	0.914	100	0.228
2.271-2.356	0.248	90	0.23	1834	0.231	1924	0.944	0.939	100	0.208
2.356-2.452	0.189	86	0.198	1777	0.197	1863	0.971	0.963	100	0.175
2.452-2.561	0.239	93	0.188	1706	0.19	1799	0.961	0.971	100	0.165
2.561-2.686	0.243	91	0.181	1636	0.184	1727	0.957	0.976	100	0.16
2.686-2.831	0.196	67	0.178	1584	0.178	1651	0.975	0.979	100	0.156
2.831-3.003	0.241	81	0.17	1447	0.174	1528	0.966	0.981	100	0.153
3.003-3.21	0.218	60	0.186	1414	0.187	1474	0.967	0.979	100	0.173
3.21-3.466	0.223	74	0.203	1299	0.205	1373	0.964	0.977	100	0.192
3.466-3.796	0.191	69	0.189	1189	0.189	1258	0.98	0.981	100	0.181
3.796-4.242	0.206	59	0.163	1086	0.165	1145	0.979	0.984	100	0.154
4.242-4.896	0.226	53	0.151	969	0.154	1023	0.972	0.986	99.9023	0.144
4.896-5.989	0.174	33	0.168	848	0.168	881	0.981	0.985	100	0.158
5.989-8.439	0.244	34	0.192	658	0.195	692	0.966	0.981	100	0.183
8.439-70.2	0.156	19	0.184	405	0.183	425	0.985	0.972	99.7647	0.172

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