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- PDB-8pn5: Crystal structure of the HC7-Glu200Ala mutant complexed to a trig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pn5
タイトルCrystal structure of the HC7-Glu200Ala mutant complexed to a triglycopeptide
要素
  • DUF3472 domain-containing protein
  • Triglycopeptide
キーワードCARBOHYDRATE / Mucinase / glycoprotease / cluster of O-glycans
機能・相同性2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Taleb, V. / Hurtado-Guerrero, R.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness スペイン
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2024
タイトル: A family of di-glutamate mucin-degrading enzymes that bridges glycan hydrolases and peptidases
著者: Narimatsu, Y. / Bull, C. / Taleb, V. / Liao, Q. / Companon, I. / Sanchez-Navarro, D. / Durbesson, F. / Vincentelli, R. / Hansen, L. / Corzana, F. / Rovira, C. / Henrissat, B. / Clausen, H. / ...著者: Narimatsu, Y. / Bull, C. / Taleb, V. / Liao, Q. / Companon, I. / Sanchez-Navarro, D. / Durbesson, F. / Vincentelli, R. / Hansen, L. / Corzana, F. / Rovira, C. / Henrissat, B. / Clausen, H. / Joshi, H.J. / Hurtado-Guerrero, R.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF3472 domain-containing protein
B: DUF3472 domain-containing protein
C: DUF3472 domain-containing protein
D: DUF3472 domain-containing protein
E: DUF3472 domain-containing protein
F: DUF3472 domain-containing protein
G: DUF3472 domain-containing protein
H: DUF3472 domain-containing protein
I: Triglycopeptide
J: Triglycopeptide
K: Triglycopeptide
L: Triglycopeptide
M: Triglycopeptide
N: Triglycopeptide
O: Triglycopeptide
P: Triglycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)582,18361
ポリマ－575,05116
非ポリマー7,13345
水42,8762380
1
A: DUF3472 domain-containing protein
I: Triglycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7958
ポリマ－71,8812
非ポリマー9136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DUF3472 domain-containing protein
J: Triglycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7027
ポリマ－71,8812
非ポリマー8215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DUF3472 domain-containing protein
K: Triglycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7297
ポリマ－71,8812
非ポリマー8485
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DUF3472 domain-containing protein
L: Triglycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6376
ポリマ－71,8812
非ポリマー7564
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: DUF3472 domain-containing protein
M: Triglycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7027
ポリマ－71,8812
非ポリマー8215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: DUF3472 domain-containing protein
N: Triglycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9639
ポリマ－71,8812
非ポリマー1,0827
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: DUF3472 domain-containing protein
O: Triglycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7688
ポリマ－71,8812
非ポリマー8876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: DUF3472 domain-containing protein
P: Triglycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8879
ポリマ－71,8812
非ポリマー1,0057
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)163.331, 260.637, 82.626
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 40分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質
DUF3472 domain-containing protein


分子量: 70581.906 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MFNQRTKNGVKKILAITAASTVFSMFGSSISIIEAASAPGVYVTPKNSVSSDIISIDWSPVQTAPYTYWA VHNWNQGGEAGGYAGFQQQSGFDENGKRTLHFAVWDPISSKEAIKAEYVSPTSVASNFGGEGTGLKIQTT ...詳細: MFNQRTKNGVKKILAITAASTVFSMFGSSISIIEAASAPGVYVTPKNSVSSDIISIDWSPVQTAPYTYWA VHNWNQGGEAGGYAGFQQQSGFDENGKRTLHFAVWDPISSKEAIKAEYVSPTSVASNFGGEGTGLKIQTT YDWKNYNWYRMTMRSWQENGHTKFGQWLKDVSKNQWKLIGIMDFPVPNVTFNYGQTLFQADWLGNGQDVR EARVKNGYGRNISDKKWTSWNTQSIEGQEPLNNNWDGGATSEYLWFKAGGDSRSTIGTGKTFTLNQPSQP EIGKLDYDVKSTYYENEKLNITWQLKDSSTPQFKGKIEIYNNENMTGQPINVINDIKSYQNGISQSISLP TNTYAKIVLTDIFDQTVEKKVKIKNESPNILEGDRFAWSMKGIGDFEFAKLDLNKSTEELQVSLIAGTPH NYFDSTYASIKVQDTSGKVVYNKEIYGNTQQNAESKTVPVKVGNFIELTHLEGGERATLTNLDNNKRESF DKKVIYEVTKDGLKKINQIVNPKPDTEAPTQPQGLYASNVASDSVELKWNPSTDNVGVKEYQVLRDGQLI QTVQETKVTDQNLTANKEYKYTVKAVDTAGNISVQSNILTVTTKSQNVTYEKWDPKKAYTKGDKVEYQGK FYEAVQSYQGNGDPTWIFALSLWQPFKLI
由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: DN401_14795 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド
Triglycopeptide


分子量: 1299.428 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: 糖...
ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 2401分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: MES PEG 8,000 zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→20 Å / Num. obs: 371886 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.72→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 1.264 / Num. unique obs: 53889 / CC1/2: 0.641

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→19.97 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 --RANDOM
Rwork0.208 ---
obs-356688 99.87 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22452 0 428 2388 25268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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