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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pn3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HC7-Glu200Ala mutant complexed to a tetraglycopeptide. | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Mucinase / glycoprotease / cluster of O-glycans | ||||||
機能・相同性 | 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å | ||||||
データ登録者 | Taleb, V. / Hurtado-Guerrero, R. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Catal / 年: 2024 タイトル: A family of di-glutamate mucin-degrading enzymes that bridges glycan hydrolases and peptidases 著者: Narimatsu, Y. / Bull, C. / Taleb, V. / Liao, Q. / Companon, I. / Sanchez-Navarro, D. / Durbesson, F. / Vincentelli, R. / Hansen, L. / Corzana, F. / Rovira, C. / Henrissat, B. / Clausen, H. / ...著者: Narimatsu, Y. / Bull, C. / Taleb, V. / Liao, Q. / Companon, I. / Sanchez-Navarro, D. / Durbesson, F. / Vincentelli, R. / Hansen, L. / Corzana, F. / Rovira, C. / Henrissat, B. / Clausen, H. / Joshi, H.J. / Hurtado-Guerrero, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pn3.cif.gz | 185.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pn3.ent.gz | 139.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pn3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pn3_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pn3_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pn3_validation.xml.gz | 37.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pn3_validation.cif.gz | 56.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pn3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pmuC 8pn5C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 12分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 74159.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: DN401_14795 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1299.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #5: 糖 | ChemComp-A2G / |
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-非ポリマー , 3種, 845分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000 MES Zinc acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.44→20 Å / Num. obs: 140966 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.44→1.52 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 20377 / CC1/2: 0.646 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.44→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.229 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.001 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.44→19.9 Å
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拘束条件 |
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