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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pn2 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Nal1 protein, allele IR64, from Oryza sativa indica cultivar | |||||||||
要素 | Protein NARROW LEAF 1 | |||||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / Serine protease | |||||||||
機能・相同性 | stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / Peptidase S1, PA clan / nucleoplasm / cytoplasm / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Protein NARROW LEAF 1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Oryza sativa Indica Group (イネ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.63 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang, L.Y. / Rety, S. / Xi, X.G. | |||||||||
資金援助 | 中国, フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024 タイトル: The catalytic triad of rice NARROW LEAF1 involves H234. 著者: Ling-Yun Huang / Na-Nv Liu / Wei-Fei Chen / Xia Ai / Hai-Hong Li / Ze-Lin Zhang / Xi-Miao Hou / Philippe Fossé / Olivier Mauffret / Dong-Sheng Lei / Stephane Rety / Xu-Guang Xi / 要旨: NARROW LEAF1 (NAL1) exerts a multifaceted influence on leaf morphology and crop yield. Recent crystal study proposed that histidine 233 (H233) is part of the catalytic triad. Here we report that ...NARROW LEAF1 (NAL1) exerts a multifaceted influence on leaf morphology and crop yield. Recent crystal study proposed that histidine 233 (H233) is part of the catalytic triad. Here we report that unlike suggested previously, H234 instead of H233 is a component of the catalytic triad alongside residues D291 and S385 in NAL1. Remarkably, residue 233 unexpectedly plays a pivotal role in regulating NAL1's proteolytic activity. These findings establish a strong foundation for utilizing NAL1 in breeding programs aimed at improving crop yield. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pn2.cif.gz | 468 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pn2.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8pn2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pn2_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pn2_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pn2_validation.xml.gz | 80.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pn2_validation.cif.gz | 117.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pn2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17768MC 8pmeC 8pmgC 8pmiC 8pmlC 8pmmC 8pn1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63822.469 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Indica Group (イネ) 遺伝子: NAL1, GFP, LSCHL4, SPIKE, Os04g0615000, LOC_Os04g52479, OsJ_16147 プラスミド: pET15b-sumo / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: B4XT64 #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Nal1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl 100mM NaCl |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 282 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 50000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 5000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 49.02 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 700 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 216590 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 203380 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8PME Accession code: 8PME / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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