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- PDB-8pn1: CryoEM structure of Nal1 protein, allele SPIKE, from Oryza sativa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pn1
タイトルCryoEM structure of Nal1 protein, allele SPIKE, from Oryza sativa japonica group
要素Protein NARROW LEAF 1
キーワードPLANT PROTEIN / Serine protease
機能・相同性stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / Peptidase S1, PA clan / nucleoplasm / cytoplasm / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Protein NARROW LEAF 1
機能・相同性情報
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Huang, L.Y. / Rety, S. / Xi, X.G.
資金援助 中国, フランス, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32071291, 32201042, 32071225, 31870788 中国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)IRP "Helicase-mediated Gquadruplex DNA unwinding and genome stability" フランス
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024
タイトル: The catalytic triad of rice NARROW LEAF1 involves H234.
著者: Ling-Yun Huang / Na-Nv Liu / Wei-Fei Chen / Xia Ai / Hai-Hong Li / Ze-Lin Zhang / Xi-Miao Hou / Philippe Fossé / Olivier Mauffret / Dong-Sheng Lei / Stephane Rety / Xu-Guang Xi /
要旨: NARROW LEAF1 (NAL1) exerts a multifaceted influence on leaf morphology and crop yield. Recent crystal study proposed that histidine 233 (H233) is part of the catalytic triad. Here we report that ...NARROW LEAF1 (NAL1) exerts a multifaceted influence on leaf morphology and crop yield. Recent crystal study proposed that histidine 233 (H233) is part of the catalytic triad. Here we report that unlike suggested previously, H234 instead of H233 is a component of the catalytic triad alongside residues D291 and S385 in NAL1. Remarkably, residue 233 unexpectedly plays a pivotal role in regulating NAL1's proteolytic activity. These findings establish a strong foundation for utilizing NAL1 in breeding programs aimed at improving crop yield.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein NARROW LEAF 1
B: Protein NARROW LEAF 1
C: Protein NARROW LEAF 1
D: Protein NARROW LEAF 1
E: Protein NARROW LEAF 1
F: Protein NARROW LEAF 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,81118
ポリマ－283,6226
非ポリマー3,18912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "D"
d_2ens_1chain "A"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "B"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASNASNGLNGLNDD46 - 45721 - 432
d_12ATPATPATPATPDM1001
d_21ASNASNGLNGLNAA46 - 45721 - 432
d_22ATPATPATPATPAG1001
d_31ASNASNGLNGLNCC46 - 45721 - 432
d_32ATPATPATPATPCK1001
d_41ASNASNGLNGLNBB46 - 45721 - 432
d_42ATPATPATPATPBI1001
d_51ASNASNGLNGLNEE46 - 45721 - 432
d_52ATPATPATPATPEO1001
d_61ASNASNGLNGLNFF46 - 45721 - 432
d_62ATPATPATPATPFQ1001

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.500177603262, -0.865922833882, -0.000104678850827), (-0.865922828274, 0.500177612784, -0.000105566589952), (0.00014377053845, 3.78417626222E-5, -0.999999988949)260.307460072, 150.255195028, 220.018147292
2given(-0.500108627636, 0.865962095772, -0.00100461458271), (0.865962628053, 0.50010865797, -0.000238828047191), (0.000295600414463, -0.000989398651148, -0.999999466855)69.8892742249, -40.234058867, 220.141428444
3given(0.9999999334, 0.000364948050333, -3.67344597941E-6), (0.000364947566419, -0.999999924841, -0.000130882799684), (-3.72121112588E-6, 0.000130881450352, -0.999999991428)-0.0474659692352, 220.007415572, 220.007056079
4given(-0.500121687972, -0.865955122708, 0.000150584682846), (0.865955133946, -0.500121667956, 0.000152428126545), (-5.66852542724E-5, 0.000206632191146, 0.999999977045)260.270397745, 69.7581624536, -0.0318999936502
5given(-0.500120454465, 0.865955586452, -0.000673289368056), (-0.865955847149, -0.500120340927, 0.000339674166237), (-4.25829664685E-5, 0.00075291686348, 0.999999715651)69.8594322518, 260.259927269, -0.0950232503414

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要素

#1: タンパク質
Protein NARROW LEAF 1 / Protein GREEN FOR PHOTOSYNTHESIS / Protein QUANTITATIVE TRAIT LOCUS FOR FLAG LEAF WIDTH 4 / qFLW4 / ...Protein GREEN FOR PHOTOSYNTHESIS / Protein QUANTITATIVE TRAIT LOCUS FOR FLAG LEAF WIDTH 4 / qFLW4 / Protein SPIKELET NUMBER


分子量: 47270.379 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: NAL1, GFP, LSCHL4, SPIKE, Os04g0615000, LOC_Os04g52479, OsJ_16147
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: B4XT64
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nal1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl 100mM NaCl
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 282 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 50000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 49.02 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 700
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
2SerialEM3.8.4画像取得
4RELION4CTF補正
7PHENIX1.21rc1_4903モデルフィッティング
12RELION4３次元再構成
13PHENIX1.21rc1_4903モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 216590
対称性点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72613 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8PME

8pme


Accession code: 8PME / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 87.53 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002419266
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.579226196
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04542910
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00423396
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.12442616
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.25989648924E-13
ens_1d_3CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.80109727356E-13
ens_1d_4BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.08925752795E-11
ens_1d_5EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.47656531559E-13
ens_1d_6FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.14537985155E-11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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