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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pmy | ||||||
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タイトル | HEV gt3 P domain in complex with glycan-insensitive nAb p60.15 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / HEV / P domain / non-glycosylated / glycan-insensitive / neutralizing antibody (nAb) | ||||||
機能・相同性 | : / : / Structural protein 2 second domain / Structural protein 2 C-terminal domain / viral capsid / host cell cytoplasm / Capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Paslahepevirus balayani (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.406 Å | ||||||
データ登録者 | Ssebyatika, G. / Krey, T. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A novel class of broadly neutralizing hepatitis E virus-specific human antibodies 著者: Ssebyatika, G. / Dinkelborg, K. / Stroeh, L.J. / Hinte, F. / Corneillie, L. / Hueffner, L. / Guzman, E.M. / Nankya, P.L. / Plueckebaum, N. / Prallet, S. / Mehnert, A.K. / Verhoye, L. / ...著者: Ssebyatika, G. / Dinkelborg, K. / Stroeh, L.J. / Hinte, F. / Corneillie, L. / Hueffner, L. / Guzman, E.M. / Nankya, P.L. / Plueckebaum, N. / Prallet, S. / Mehnert, A.K. / Verhoye, L. / Juergens, C. / Steinmann, E. / Wedemeyer, H. / Viejo-Borbolla, A. / Dao Thi, L.V. / Pietschmann, T. / Luetgehetmann, M. / Meuleman, P. / Dandri, M. / Krey, T. / Behrendt, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pmy.cif.gz | 94.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pmy.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8pmy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pmy_validation.pdf.gz | 439.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pmy_full_validation.pdf.gz | 440.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8pmy_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pmy_validation.cif.gz | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 27166.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider's S2 cells 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #2: タンパク質 | | 分子量: 22868.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paslahepevirus balayani (ウイルス) プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider's S2 cells 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: A0A6C0PR31 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 11% w/v PEG 8000, 0.1M Zinc acetate and 0.1M MES pH 5.5 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.99987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.406→48.64 Å / Num. obs: 21742 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 13.12 % / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.293 / Net I/σ(I): 7.43 |
反射 シェル | 解像度: 2.406→2.492 Å / Num. unique obs: 2122 / CC1/2: 0.482 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.406→48.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU R Cruickshank DPI: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.285 / SU Rfree Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.223
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原子変位パラメータ | Biso mean: 58.19 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.406→48.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.41→2.42 Å
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