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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pmu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HC7 apo form | ||||||
要素 | DUF3472 domain-containing protein | ||||||
キーワード | LYASE / Mucinase / glycoprotease / cluster of O-glycans | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Taleb, V. / Hurtado-Guerrero, R. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Catal / 年: 2024 タイトル: A family of di-glutamate mucin-degrading enzymes that bridges glycan hydrolases and peptidases 著者: Narimatsu, Y. / Bull, C. / Taleb, V. / Liao, Q. / Companon, I. / Sanchez-Navarro, D. / Durbesson, F. / Vincentelli, R. / Hansen, L. / Corzana, F. / Rovira, C. / Henrissat, B. / Clausen, H. / ...著者: Narimatsu, Y. / Bull, C. / Taleb, V. / Liao, Q. / Companon, I. / Sanchez-Navarro, D. / Durbesson, F. / Vincentelli, R. / Hansen, L. / Corzana, F. / Rovira, C. / Henrissat, B. / Clausen, H. / Joshi, H.J. / Hurtado-Guerrero, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pmu.cif.gz | 91.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pmu.ent.gz | 64.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pmu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pmu_validation.pdf.gz | 441 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pmu_full_validation.pdf.gz | 443.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8pmu_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pmu_validation.cif.gz | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74217.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: GE376_31780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Lithium chloride Tris PEG 8000 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→93.85 Å / Num. obs: 36731 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 1.209 / Num. unique obs: 5728 / CC1/2: 0.644 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→66.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.975 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.438 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.75→66.36 Å
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拘束条件 |
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