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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pmm | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of Nal1 protein, allele SPIKE from japonica rice, construct 31-458 | |||||||||||||||
要素 | Protein NARROW LEAF 1 | |||||||||||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / Serine protease | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / nucleoplasm / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Oryza sativa Japonica Group (イネ) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Huang, L.Y. / Rety, S. / Xi, X.G. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024 タイトル: The catalytic triad of rice NARROW LEAF1 involves H234. 著者: Ling-Yun Huang / Na-Nv Liu / Wei-Fei Chen / Xia Ai / Hai-Hong Li / Ze-Lin Zhang / Xi-Miao Hou / Philippe Fossé / Olivier Mauffret / Dong-Sheng Lei / Stephane Rety / Xu-Guang Xi / 要旨: NARROW LEAF1 (NAL1) exerts a multifaceted influence on leaf morphology and crop yield. Recent crystal study proposed that histidine 233 (H233) is part of the catalytic triad. Here we report that ...NARROW LEAF1 (NAL1) exerts a multifaceted influence on leaf morphology and crop yield. Recent crystal study proposed that histidine 233 (H233) is part of the catalytic triad. Here we report that unlike suggested previously, H234 instead of H233 is a component of the catalytic triad alongside residues D291 and S385 in NAL1. Remarkably, residue 233 unexpectedly plays a pivotal role in regulating NAL1's proteolytic activity. These findings establish a strong foundation for utilizing NAL1 in breeding programs aimed at improving crop yield. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pmm.cif.gz | 599.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pmm.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8pmm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pmm_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pmm_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pmm_validation.xml.gz | 49.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pmm_validation.cif.gz | 71.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47270.379 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) 遺伝子: NAL1, GFP, LSCHL4, SPIKE, Os04g0615000, LOC_Os04g52479, OsJ_16147 プラスミド: pET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: B4XT64 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4% tacsimate 12% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97869 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97869 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.748→91.459 Å / Num. obs: 107716 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 31.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.748→1.91 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 1.339 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5386 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.374 / Rrim(I) all: 1.391 / % possible all: 61.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→46.84 Å / SU ML: 0.1722 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.0567 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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