PDB-8pmg: Structure of Nal1 indica cultivar IR64, construct 36-458

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pmg

タイトル

Structure of Nal1 indica cultivar IR64, construct 36-458

要素

Protein NARROW LEAF 1

キーワード

PLANT PROTEIN / Serine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryza sativa Indica Group (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.29 Å

データ登録者

Huang, L.Y. / Rety, S. / Xi, X.G.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32071291	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32201042	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32071225	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31870788	中国

引用

ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024
タイトル: The catalytic triad of rice NARROW LEAF1 involves H234.
著者: Ling-Yun Huang / Na-Nv Liu / Wei-Fei Chen / Xia Ai / Hai-Hong Li / Ze-Lin Zhang / Xi-Miao Hou / Philippe Fossé / Olivier Mauffret / Dong-Sheng Lei / Stephane Rety / Xu-Guang Xi /

要旨: NARROW LEAF1 (NAL1) exerts a multifaceted influence on leaf morphology and crop yield. Recent crystal study proposed that histidine 233 (H233) is part of the catalytic triad. Here we report that ...

履歴

登録	2023年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年6月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	17766C 17768C 8pmeC 8pmiC 8pmlC 8pmmC 8pn1C 8pn2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein NARROW LEAF 1

B: Protein NARROW LEAF 1

C: Protein NARROW LEAF 1

D: Protein NARROW LEAF 1

E: Protein NARROW LEAF 1

F: Protein NARROW LEAF 1

ヘテロ分子

281 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.410, 191.031, 90.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Protein NARROW LEAF 1 / Protein GREEN FOR PHOTOSYNTHESIS / Protein QUANTITATIVE TRAIT LOCUS FOR FLAG LEAF WIDTH 4 / qFLW4 / ...Protein GREEN FOR PHOTOSYNTHESIS / Protein QUANTITATIVE TRAIT LOCUS FOR FLAG LEAF WIDTH 4 / qFLW4 / Protein SPIKELET NUMBER 分子量: 46214.238 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Indica Group (イネ) 遺伝子: NAL1, GFP, LSCHL4, SPIKE, Os04g0615000, LOC_Os04g52479, OsJ_16147 プラスミド: pET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: B4XT64
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.05M MES 12% methanol 4% PEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.29→95.516 Å / Num. obs: 33531 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 78.58 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.186 / R_pim(I) all: 0.084 / R_rim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 3.292→3.468 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.362 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1678 / CC_1/2: 0.721 / R_pim(I) all: 0.573 / R_rim(I) all: 1.481 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	BUILT 20200417	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.29→65.6 Å / SU ML: 0.4499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.3839
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2706	1649	4.92 %
R_work	0.2111	31835	-
obs	0.2141	33484	72.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.29→65.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18330	0	223	0	18553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	18940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6417	25741
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0437	2862
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	3329
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5556	6807

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.29-3.39	0.3186	34	0.315	674	X-RAY DIFFRACTION	18.73
3.39-3.5	0.3445	59	0.294	1312	X-RAY DIFFRACTION	36.07
3.5-3.62	0.3172	87	0.2781	1954	X-RAY DIFFRACTION	53.49
3.62-3.77	0.362	72	0.2725	1184	X-RAY DIFFRACTION	33
3.77-3.84	0.325	67	0.2716	1121	X-RAY DIFFRACTION	75.52
3.94-4.15	0.3306	184	0.2376	3477	X-RAY DIFFRACTION	97.39
4.15-4.41	0.2591	193	0.1939	3616	X-RAY DIFFRACTION	99.74
4.41-4.75	0.2537	174	0.1806	3645	X-RAY DIFFRACTION	99.56
4.75-5.23	0.2969	186	0.1835	3647	X-RAY DIFFRACTION	99.53
5.23-5.98	0.2664	197	0.2133	3684	X-RAY DIFFRACTION	99.56
5.98-7.53	0.2609	190	0.2457	3718	X-RAY DIFFRACTION	99.49
7.53-65.6	0.2257	206	0.1858	3803	X-RAY DIFFRACTION	98.16

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.27547935271	0.399904142822	0.327323725751	1.52184747445	0.280490744752	1.14265030895	0.131721479322	-0.291307954025	0.513385497026	0.0200209187363	-0.0985202758318	0.149020378283	-0.0192459109773	-0.225519315705	0.0140363883856	0.520411530608	0.0894489663259	0.0762294021181	0.629119256593	-0.0913053551899	0.481864504263	22.774	41.227	11.734
2	3.43475679082	-0.317239923122	-1.45123716305	3.44253152112	-0.239544926908	3.30804161003	-0.117690351091	0.55979338605	0.452675320803	-0.989812111824	0.247208543985	0.456130549291	0.591225153742	-0.241492484985	-0.187187688948	0.804433078725	-0.150369818452	-0.0950405767223	0.537720782515	0.0407753693341	0.454702830413	31.347	9.906	-0.835
3	2.73014115264	-2.09298893672	-1.3187251298	2.55290430027	0.894093290253	2.2565070548	0.0274527636671	-0.298055588333	-0.283793905575	0.11065164237	-0.0238525435984	0.34792455483	0.127865393912	-0.145518453799	0.0138156271428	0.446423496433	-0.0915852054692	0.0117018533087	0.50835915347	0.00344344035528	0.369459155247	28.963	22.639	9.584
4	3.11573486319	2.79388881428	0.911772480084	7.50300321297	0.837613009377	1.13611487948	-0.436299707725	0.451082061106	0.0130290347301	-1.26914206052	0.457533258631	0.218865066301	0.244381870993	-0.458110498957	-0.0820231718928	0.62773118158	0.0484990732033	0.135302522344	0.678862892147	-0.0367768882871	0.435851269447	30.35	20.587	10.176
5	2.07519290028	0.310412659873	-1.16159036275	-0.457484035209	-1.01113913394	1.28343993265	-0.240707765465	0.0219668328159	-0.337720628448	-0.254688543507	0.0101725068495	-0.0505775661175	0.838750466253	0.0644337276547	0.178106277262	1.10918359967	0.148143338757	0.0511797595873	0.540832521525	0.00707873894364	0.692564968546	62.281	-3.236	-15.744
6	3.05892820408	3.16920865378	-1.74514032985	5.1428704552	-1.54952281112	2.1700832206	0.193172505024	-0.31369366279	-0.242592237828	0.623452102573	-0.266848229071	-0.359197867925	0.139207401688	0.593392587365	-0.0881593142187	0.869463660087	0.154773300814	-0.0977541590582	0.579577716619	0.0182134381544	0.418633703293	69.022	15.481	-14.151
7	0.888735941413	0.856216962391	1.21989589004	3.31435883311	-1.0470371237	3.35099490671	-1.01686443623	0.620126168279	-0.465572245729	0.0582235297148	0.395991932036	-0.140112351577	0.862085101957	-0.698319042461	0.594593754921	1.17057863729	0.0729111969966	0.147701352417	0.80449978757	-0.0719654677548	0.519129716796	75.841	21.434	-32.251
8	1.06312528539	2.33167167457	-0.471699851109	6.2819325462	-1.56315381024	0.525860926733	-0.392863391643	-0.133963100323	-0.31245611122	-1.96430480456	0.0836978041072	0.0646376637329	0.978003078192	0.467904840457	0.262257325768	1.20809864564	0.113018083744	0.16922984758	0.620511035277	0.00256182970499	0.561197528205	74.001	17.542	-28.941
9	3.60021231135	1.20014536095	-2.07830045622	5.51331619977	-2.12716483125	2.6191526709	-0.207051766923	-0.300425993382	-0.59016560904	0.0475770470108	-0.318548870102	-0.394039152427	0.64401346239	0.859803885227	0.427652540376	0.756919183111	0.204875230002	0.108583552264	0.843534162545	0.0587163671762	0.459642395117	75.147	13.972	-12.29
10	8.40165679511	-2.21023808653	-6.21170302769	4.33529142874	0.672545803013	5.87966725952	-0.411397425126	0.152473730265	-0.410061611232	0.254195579035	0.205806481027	0.693408352177	0.52231078473	-0.0694772784535	-0.166816637419	0.807073280387	0.0477231036598	0.00733541835266	0.763744631696	0.0444991766087	0.572541305335	67.179	13.98	-13.088
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 50:193 )	A	50 - 193
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 194:256 )	A	194 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 257:399 )	A	257 - 399
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 400:457 )	A	400 - 457
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 50:144 )	B	50 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 145:220 )	B	145 - 220
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 221:244 )	B	221 - 244
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 245:302 )	B	245 - 302
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 303:400 )	B	303 - 400
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 401:438 )	B	401 - 438
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 439:457 )	B	439 - 457
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 50:113 )	C	50 - 113
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 114:256 )	C	114 - 256
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 257:387 )	C	257 - 387
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 388:458 )	C	388 - 458
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 50:85 )	D	50 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 86:236 )	D	86 - 236
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 237:387 )	D	237 - 387
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 388:458 )	D	388 - 458
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN E AND RESID 50:129 )	E	50 - 129
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN E AND RESID 130:220 )	E	130 - 220
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN E AND RESID 221:244 )	E	221 - 244
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN E AND RESID 245:399 )	E	245 - 399
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN E AND RESID 400:438 )	E	400 - 438
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN E AND RESID 439:457 )	E	439 - 457
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN F AND RESID 50:85 )	F	50 - 85
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN F AND RESID 86:236 )	F	86 - 236
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN F AND RESID 237:376 )	F	237 - 376
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN F AND RESID 377:457 )	F	377 - 457

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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