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- PDB-8pm1: Structure of Chloroflexus aggregans flavin based fluorescent prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pm1
タイトルStructure of Chloroflexus aggregans flavin based fluorescent protein (CagFbFP) variant I52V A85Q
要素histidine kinase
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / LOV domain
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PAS fold-4 / PAS fold / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / PAS fold-3 / HPT domain superfamily / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal ...PAS fold-4 / PAS fold / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / PAS fold-3 / HPT domain superfamily / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aggregans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Nikolaev, A. / Remeeva, A. / Gushchin, I.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Two distinct mechanisms of flavoprotein spectral tuning revealed by low-temperature and time-dependent spectroscopy.
著者: Nikolaev, A. / Tropina, E.V. / Boldyrev, K.N. / Maksimov, E.G. / Borshchevskiy, V. / Mishin, A. / Yudenko, A. / Kuzmin, A. / Kuznetsova, E. / Semenov, O. / Remeeva, A. / Gushchin, I.
履歴
登録2023年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histidine kinase
B: histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8014
ポリマ－24,8882
非ポリマー9132
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.817, 110.431, 39.314
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-492-

HOH

21B-508-

HOH

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要素

#1: タンパク質 histidine kinase


分子量: 12443.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus aggregans (バクテリア)
遺伝子: Cagg_3753 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8GAY9, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Calcium acetate hydrate 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 18% w/v Polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→110.43 Å / Num. obs: 37959 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 14 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1833 / CC1/2: 0.447

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→55.215 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.968 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 1866 4.923 %
Rwork0.1972 36039 -
all0.199 --
obs-37905 98.652 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 15.989 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.474 Å20 Å20 Å2
2--0.038 Å2-0 Å2
3----0.512 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→55.215 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1639 0 62 226 1927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0121845
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0210.0161630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6321.6442555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7481.5463807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0945245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.5461018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.70410273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg17.4551093
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02362
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1880.21486
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2899
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.2918
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2360.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1270.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5121.678895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.511.677895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2342.5071125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2342.511126
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3821.87950
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3731.871947
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4162.7291414
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4152.7281415
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.63723.092168
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.23122.1562108
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.5-1.5390.3891560.33426020.33728130.9160.91798.04480.333
1.539-1.5810.3541350.31124940.31327200.910.93696.65440.309
1.581-1.6270.2981190.29524740.29526450.9420.94398.0340.286
1.627-1.6770.3411140.26624270.26925740.9380.95298.71790.252
1.677-1.7320.2391250.25223240.25125110.9610.95697.53090.234
1.732-1.7930.2951130.22622690.22924340.9470.96797.86360.206
1.793-1.860.253980.22221950.22323090.960.96899.30710.199
1.86-1.9360.2511230.2121050.21222520.9610.97398.93430.189
1.936-2.0220.2551150.21320330.21521850.9630.97398.30660.192
2.022-2.120.2321220.20219130.20420580.9620.97698.88240.182
2.12-2.2350.219910.18618780.18819860.9670.9899.1440.17
2.235-2.370.207760.1717990.17218870.9760.98399.36410.155
2.37-2.5340.169890.15916650.15917640.9820.98599.43310.141
2.534-2.7360.223810.16815680.1716550.9680.98399.63750.151
2.736-2.9970.209790.18314630.18415460.9750.9899.74130.168
2.997-3.3490.224730.18313080.18513870.9710.9899.56740.171
3.349-3.8650.194550.17511890.17612450.9780.98299.91970.168
3.865-4.7280.181560.15410120.15510680.9840.9881000.149
4.728-6.6610.208200.1928340.1928540.9790.9871000.185
6.661-55.2150.217260.234860.2295150.950.96799.41750.211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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