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万見
- PDB-8pkz: NMR solution structure of PilF-GSPIIB in the c-di-GMP bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pkz
タイトルNMR solution structure of PilF-GSPIIB in the c-di-GMP bound state
要素ATP-binding motif-containing protein pilF
キーワードMOTOR PROTEIN / PilT class / NMR-structure / ligand binding / GSPII
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ATP-binding motif-containing protein pilF
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法溶液NMR / distance geometry / simulated annealing / torsion angle dynamics
データ登録者Neissner, K. / Woehnert, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Wo 901/12-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR solution structure of GSPIIB of Thermus thermophilus in the c-di-GMP bound state
著者: Neissner, K. / Woehnert, J.
履歴
登録2023年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-binding motif-containing protein pilF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9963
ポリマ－16,2701
非ポリマー7262
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1220 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area9090 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 ATP-binding motif-containing protein pilF / c-di-GMP binding domain of the ATPase enzyme PilF


分子量: 16269.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Each molecule consists of the protein bound to c-di-GMP (residues 147-148).
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
遺伝子: pilF, TT_C1622 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72H73
#2: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic72D 1H-15N HSQC
121isotropic73D HNCO
131isotropic73D HNCA
141isotropic73D HN(CA)CO
151isotropic73D HN(CA)CB
161isotropic23D HBHA(CO)NH
171isotropic23D C(CO)NH
181isotropic23D H(CCO)NH
191isotropic73D (H)CCH-COSY
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic42D 1H-13C HSQC aliphatic
1131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1141isotropic43D 1H-13C NOESY aliphatic
1151isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1162isotropic22D 1H-15N HSQC
1172isotropic23D 1H-15N NOESY
1184isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1193isotropic72D 1H-13C HSQC aliphatic
1203isotropic73D 1H-13C NOESY aliphatic
1215isotropic72D 1H-31P-SFHMQC
1227isotropic72D HNN-COSY
1236isotropic52D 1H-13C HSQC aliphatic
1246isotropic52D 1H-13C HSQC aromatic
1256isotropic53D 1H-13C NOESY aliphatic
1266isotropic53D 1H-13C NOESY aromatic
1276isotropic12D 1H-15N HSQC NH2 only
1286isotropic13D 1H-15N NOESY NH2 only
1296isotropic72D 1H-13C HSQC aliphatic
1306isotropic72D 1H-13C HSQC aromatic
1316isotropic73D (H)CCH-COSY
1326isotropic72D HCN H1'-C1'-N9
1336isotropic72D HCN H8-C8-N9

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution1541 uM [U-13C; U-15N] PilF159-302, 812 uM c-di-GMP, 90% H2O/10% D2O13C_15N_PilF159-302_holo90% H2O/10% D2O
solution2460 ug/uL [U-100% 15N] PilF159-302, 707 uM c-di-GMP, 90% H2O/10% D2O15N_PilF159-302_holo90% H2O/10% D2O
solution3545 uM [U-15N]-Leu/Val-13C PilF159-302, 818 uM c-di-GMP, 90% H2O/10% D2O15N_PilF159-302_holo-13C_methylgroups90% H2O/10% D2Oleucine and valine methylgroups (CD1/CD2) (CG1/CG2) were selectively 13C labelled.
solution4522 uM [U-15N]-Leu/Val-13C-stereospecific PilF159-302, 627 uM c-di-GMP, 90% H2O/10% D2O15N_PilF159-302_holo-13C_methylgroups-stereospecific90% H2O/10% D2Oleucine and valine methylgroups (CD1/CD2) (CG1/CG2) were stereospecifically 13C labelled. For expression a mixture of 10%-13C-labelled and 90%-unlabelled glucose was used to achieve stereospecific labelling.
solution5545 uM [U-100% 15N] PilF159-302, 700 uM c-di-GMP, 90% H2O/10% D2O15N_PilF159-302_unlabelled-c-di-GMP90% H2O/10% D2O
solution6420 uM PilF159-302, 420 uM [U-13C; U-15N] c-di-GMP, 90% H2O/10% D2OPilF159-302_13C_15N-c-di-GMP90% H2O/10% D2O
solution7940 uM [U-100% 15N] PilF159-302, 1122 uM [U-13C; U-15N] c-di-GMP, 90% H2O/10% D2O15N_PilF159-302_13C_15N-c-di-GMP90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
541 uMPilF159-302[U-13C; U-15N]1
812 uMc-di-GMPnatural abundance1
460 ug/uLPilF159-302[U-100% 15N]2
707 uMc-di-GMPnatural abundance2
545 uMPilF159-302[U-15N]-Leu/Val-13C3
818 uMc-di-GMPnatural abundance3
522 uMPilF159-302[U-15N]-Leu/Val-13C-stereospecific4
627 uMc-di-GMPnatural abundance4
545 uMPilF159-302[U-100% 15N]5
700 uMc-di-GMPnatural abundance5
420 uMPilF159-302natural abundance6
420 uMc-di-GMP[U-13C; U-15N]6
940 uMPilF159-302[U-100% 15N]7
1122 uMc-di-GMP[U-13C; U-15N]7
試料状態イオン強度: 200 mM NaCl mM / Label: conditions_1 / pH: 5.8 / 圧: ambient atm / 温度: 318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7002
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO9005
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9504
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6007

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化
手法ソフトェア番号
distance geometry7
simulated annealing8
torsion angle dynamics9
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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