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- PDB-8pkv: Kelch domain of KEAP1 in complex with a ortho-dimethylbenzene lin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pkv
タイトルKelch domain of KEAP1 in complex with a ortho-dimethylbenzene linked cyclic peptide 4 (ortho-WRCDEETGEC).
要素
  • CP5
  • Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / Peptide inhibitor / Inhibitor complex / cyclic peptide / Ubiquitin ligase / NRF2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cellular response to interleukin-4 / inclusion body / regulation of autophagy / actin filament ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cellular response to interleukin-4 / inclusion body / regulation of autophagy / actin filament / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / disordered domain specific binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2-methylphenyl)methanol / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Braun, M.B. / Bischof, L. / Hartmann, M.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2023
タイトル: Computational Prediction of Cyclic Peptide Structural Ensembles and Application to the Design of Keap1 Binders.
著者: Fonseca Lopez, F. / Miao, J. / Damjanovic, J. / Bischof, L. / Braun, M.B. / Ling, Y. / Hartmann, M.D. / Lin, Y.S. / Kritzer, J.A.
履歴
登録2023年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年12月13日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
P: CP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,07330
ポリマ－70,4703
非ポリマー1,60427
水6,900383
1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,49818
ポリマ－34,6251
非ポリマー87317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
P: CP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,57612
ポリマ－35,8452
非ポリマー73110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)162.957, 68.861, 77.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.655, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-703-

NA

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABP

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 34624.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: タンパク質・ペプチド CP5


分子量: 1220.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 410分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-ZK2 / (2-methylphenyl)methanol / 2-メチルベンジルアルコ-ル


分子量: 122.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 1.5 M NH4SO4, 0.2 % PEG 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→42.19 Å / Num. obs: 107030 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 7.07 % / Biso Wilson estimate: 30.97 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.77
反射 シェル解像度: 1.55→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 16859 / CC1/2: 0.495

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→42.19 Å / SU ML: 0.2641 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.5632
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 2141 2 %
Rwork0.1571 104864 -
obs0.1578 107005 96.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4402 0 90 383 4875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054849
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78156648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0565708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6861702
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.590.46891380.48076761X-RAY DIFFRACTION94.36
1.59-1.630.4181400.39746856X-RAY DIFFRACTION94.72
1.63-1.670.29871400.29356831X-RAY DIFFRACTION95.14
1.67-1.720.30421400.23456897X-RAY DIFFRACTION95.43
1.72-1.770.22631400.19556862X-RAY DIFFRACTION95.56
1.77-1.840.21161410.17126906X-RAY DIFFRACTION96.01
1.84-1.910.20831420.1666949X-RAY DIFFRACTION96.25
1.91-20.1991430.16546983X-RAY DIFFRACTION96.56
2-2.10.17091420.14456994X-RAY DIFFRACTION96.77
2.1-2.240.19281440.14357027X-RAY DIFFRACTION97.14
2.24-2.410.17371430.14497037X-RAY DIFFRACTION97.54
2.41-2.650.1871460.1647110X-RAY DIFFRACTION97.88
2.65-3.030.20351450.15737121X-RAY DIFFRACTION98.26
3.03-3.820.17921470.14597194X-RAY DIFFRACTION98.59
3.82-42.190.17531500.14077336X-RAY DIFFRACTION98.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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