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- PDB-8pkc: Structure of Api m1 in complex with the AM1-4 nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pkc
タイトルStructure of Api m1 in complex with the AM1-4 nanobody
要素
  • AM1-4 nanobody
  • Phospholipase A2
キーワードALLERGEN / antibody / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lama glama (ラマ)
Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Aagaard, J.B. / Gandini, R. / Spillner, E. / Miehe, M.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research0135-00061B デンマーク
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: Nanobody-based IgG formats as blocking antibodies of the major honeybee venom allergen Api m 1
著者: Aagaard, J.B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2023年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2
B: Phospholipase A2
C: AM1-4 nanobody
D: AM1-4 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5826
ポリマ－58,1394
非ポリマー4422
水00
1
A: Phospholipase A2
C: AM1-4 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2913
ポリマ－29,0702
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phospholipase A2
D: AM1-4 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2913
ポリマ－29,0702
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.600, 93.600, 189.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 10 or resid 12...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 10 or resid 12...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 4 through 11 or resid 13...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 4 through 11 or resid 13...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILEILEGLYGLYAA2 - 102 - 10
d_12ens_1GLYGLYGLYGLYAA12 - 2212 - 22
d_13ens_1PHEPHEASPASPAA24 - 11924 - 119
d_14ens_1SERSERGLNGLNAA121 - 127121 - 127
d_15ens_1PHEPHETYRTYRAA129 - 134129 - 134
d_21ens_1ILEILEGLYGLYBB2 - 102 - 10
d_22ens_1GLYGLYGLYGLYBB12 - 2212 - 22
d_23ens_1PHEPHEASPASPBB24 - 11924 - 119
d_24ens_1SERSERGLNGLNBB121 - 127121 - 127
d_25ens_1PHEPHETYRTYRBB129 - 134129 - 134
d_11ens_2GLNGLNGLYGLYCC4 - 114 - 11
d_12ens_2VALVALLEULEUCC13 - 1913 - 19
d_13ens_2LEULEUTHRTHRCC21 - 2921 - 29
d_14ens_2SERSERSERSERCC3131
d_15ens_2TYRTYRLYSLYSCC33 - 4433 - 44
d_16ens_2ARGARGALAALACC46 - 7646 - 76
d_17ens_2SERSERPROPROCC78 - 8978 - 89
d_18ens_2ASPASPSERSERCC91 - 12891 - 128
d_21ens_2GLNGLNGLYGLYDD4 - 114 - 11
d_22ens_2VALVALLEULEUDD13 - 1913 - 19
d_23ens_2LEULEUTHRTHRDD21 - 2921 - 29
d_24ens_2SERSERSERSERDD3131
d_25ens_2TYRTYRLYSLYSDD33 - 4433 - 44
d_26ens_2ARGARGALAALADD46 - 7646 - 76
d_27ens_2SERSERPROPRODD78 - 8978 - 89
d_28ens_2ASPASPSERSERDD91 - 12891 - 128

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.256581908939, -0.959266540436, 0.118209256848), (-0.966269247275, 0.25178940142, -0.0540910260854), (0.0221238734375, -0.128100748365, -0.991514363231)51.3617293703, 35.5933368134, -58.8570198036
2given(-0.217159686744, -0.966231102721, 0.138705178664), (-0.975337408204, 0.209033263779, -0.0708663163352), (0.0394792427791, -0.150673656519, -0.987794937536)51.7005774964, 36.9889795614, -57.8612134398

-
要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 / bvPLA2 / Allergen Api m I / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase


分子量: 15274.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: P00630, phospholipase A2
#2: 抗体 AM1-4 nanobody


分子量: 13795.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.5, 15% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→46.8 Å / Num. obs: 7086 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 39.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1177 / Net I/σ(I): 16.12
反射 シェル解像度: 4.1→4.247 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.9098 / Num. unique obs: 687 / CC1/2: 0.897 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.1→46.8 Å / SU ML: 0.441 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.845
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2957 709 10.01 %
Rwork0.2583 6374 -
obs0.262 7083 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 82.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.1→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4038 0 28 0 4066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00434156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80245600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.64041506
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.958639947851
ens_2d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.10146890133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.1-4.420.34051380.26941237X-RAY DIFFRACTION100
4.42-4.860.25071380.24521238X-RAY DIFFRACTION99.85
4.86-5.560.32821390.26561258X-RAY DIFFRACTION100
5.56-70.31011420.291274X-RAY DIFFRACTION100
7.01-46.80.26351520.23641367X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
121.481039823245.3701893285-33.9548080945
2-1.5762548032628.0634434674-30.6027272099
314.718051838355.3726996889-60.7378568177
4-13.305140040538.51103846-5.63490650182
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 134 )AA2 - 1341 - 133
22chain 'B' and (resid 1 through 134 )BC1 - 1341 - 134
33chain 'C' and (resid 2 through 129 )CE2 - 1291 - 128
44chain 'D' and (resid 2 through 128 )DF2 - 1281 - 127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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