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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pk7 | |||||||||
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タイトル | Helical reconstruction of CHIKV nsP3 helical scaffolds | |||||||||
要素 | Non-structural protein 3 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Helical scaffold / Replication complex / Alpha granules / Viral factories | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity ...host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å | |||||||||
データ登録者 | Reguera, J. / Hons, M. / Zimberger, C. / Ptchelkine, D. / Jones, R. / Desfosses, A. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The alphavirus nsP3 protein forms helical tubular scaffolds important for viral replication and particle assembly 著者: Reguera, J. / Hons, M. / Zimberger, C. / Ptchelkine, D. / Jones, R. / Desfosses, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pk7.cif.gz | 47.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pk7.ent.gz | 28.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pk7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pk7_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pk7_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pk7_validation.xml.gz | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pk7_validation.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pk7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57418.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q8JUX6, ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique alphavirus domain. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 220.25 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: his sample was heterogeneous in lenght |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 18.1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -164.175 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.782 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 807973 詳細: The assembly was calculated from the helical reconstruction of nsP3 from PDB 8PHZ subunit A. This was refined on a local refinement map at 2.35 A resolution 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | |||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8PHZ PDB chain-ID: A / Accession code: 8PHZ / Chain residue range: 174-600 / Pdb chain residue range: 174-600 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |